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1、比較基因組學(xué)與分子進化Comparativegenomicsandmolecularevolution11/24/2010反向遺傳（水稻吸收鐵為案例）No.4:模式生物基因功能（C.elegans）生物數(shù)據(jù)庫的使用序列獲得和比對分析，，Ｎo.5：基因結(jié)構(gòu)分析和功能預(yù)測(C.elegasns)進化分析－－構(gòu)建進化樹GFP構(gòu)建驗證生物學(xué)功能Ｎo.6:非模式生物功能研究花生No.7:非模式生物功能研究植物寄生線蟲原核細(xì)胞真核細(xì)胞不同點相同點原核細(xì)胞真核細(xì)胞不同點編碼區(qū)是連續(xù)的編碼區(qū)是間隔的、不連續(xù)的相同點都由能夠編碼蛋白質(zhì)的編碼
2、區(qū)和具有調(diào)控作用的非編碼區(qū)組成的原核細(xì)胞與真核細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)比較：Somecases:http://www.wormbase.org/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Somecases:http://www.wormbase.org/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/多序列比對數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫名稱描述網(wǎng)址BLOCKS類隱與模型庫,無空隙http://www.blocks.fhcrc.orgCDD保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫http://www.ncbi.nlm.nih.giv/Structur
3、e/cdd/cdd.shtmlInterpro聯(lián)合了PROSITE,PRINTS,ProDom,Pfam,SMART,TIGRfam的資源http://www.ebi.ac.uk/interpro/index.htmliProClassdatabase來自PIRhttp://pir.georgetown.edu/iproclassMetaFAM聯(lián)合了6個數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫http://metafam.ahc.umn.edu/Pfam隱馬模型庫http://Pfam.wustl.edu/PRINTSSwissProt/Tr
4、EMBL的蛋白指紋http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ProDom利用PSI-BLAST對SwissProt蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)聚類http://prodes.toulouse.inra.fr/prodom/doc/prodom.htmlPROSITE蛋白質(zhì)模體字典http://www.expasy.ch/prositeSMART簡單分子構(gòu)架研究工具h(yuǎn)ttp://smart.embl-heidelberg.de/TIGRFAMs蛋白家族的隱馬模型庫http://tigrblast
5、.tigr.org/web-hmm/PredictfeaturesofalignedobjectsMakepatternsCanmakeaprofileorapatternthatcanbeusedtomatchagainstasequencedatabaseandidentifynewfamilymembersMotif/profilecanbeusedtopredictfamilymembershipofnewsequencesDatabasesofmotif/profilePROSITE(http://www.exp
6、asy.org/prosite)BLOCKS(http://www.blocks.fhcrc.org/blocks/)http://pfam.jouy.inra.fr/http://psort.hgc.jp/http://www.cbs.dtu.dk/http://www.cbs.dtu.dk序列相似性比較和序列同源性分析序列相似性比較：就是將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進行比較，用于確定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列相似的已知序列是什么。完成這一工作只需要使用兩兩序列比較算法。常用的程序包有BLAST、FAST
7、A等；序列同源性分析：是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同物種的序列中進行多序列同時比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關(guān)鍵的一步。完成這一工作必須使用多序列比較算法。常用的程序包有CLUSTAL等；多序列比對工具CLUSTALW/XAMASCINEMADIALIGNHMMTMatch-BoxMultAlinMSAMuscaPileUpSAGAT-COFFEEClustaW/XisageneralpurposemultiplealignmentprogramforDNAorprotein
8、s.ClustalW/XisproducedbyJulieD.Thompson,TobyGibsonofEuropeanMolecularBiologyLaboratory,GermanyandDesmondHigginsofEuropeanBioinformaticsInstitute,Cambrid
