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《實驗二序列相似性查詢工具的使用》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在工程資料-天天文庫。
1、實驗二序列相似性搜索軟件一BLAST的使用一、實驗?zāi)康模赫莆招蛄邢嗨菩圆樵児ぞ咭籅LAST使用方法和技巧，理解與序列相似性查詢相關(guān)的兒個基本概念。二、實驗原理：BLAST是基本的局部對位排列搜索工具，它通過搜索序列數(shù)據(jù)庫來找出最優(yōu)的無空位局部對比，從數(shù)據(jù)庫中找出與查詢序列的某些子序列相似的子序列。三、實驗器材：計算機(jī)，NCBI、EMBL生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的核昔酸序列、BLAST序列相似性搜索軟件。四、實驗內(nèi)容：應(yīng)用上次或本次實驗查找到的不同物種的不同基因組的核苛酸序列，在NCB1數(shù)據(jù)庫屮進(jìn)行核背酸序列的BLA
2、ST相似性捜索。五、實驗步驟：1、打開NCBI網(wǎng)站的主頁，然后點擊網(wǎng)頁左側(cè)工具欄屮的Sequenceanalysis項，進(jìn)入到序列分析的主頁面。2、然后點擊序列分析工具欄屮的BLAST選項，進(jìn)入相似性搜索的界面，然后選擇核昔酸序列搜索軟件BLASTno3、在進(jìn)入核昔酸序列相似性搜索的界血后,在界血上EnterQuerySequence后血的方框中輸入需要進(jìn)行相似性搜索的序列，然后點擊BLAST檢索按鈕，就可以進(jìn)行搜索。4、在進(jìn)入搜索結(jié)果的界面后，就可以得到搜索結(jié)果的可視化圖像和搜索得到的相關(guān)序列。六、實驗要
3、求：每個組每個同學(xué)至少用4條核苜酸序列進(jìn)行BLAST相似性搜索。將相似性搜索結(jié)果中的可視化圖像和搜索的相關(guān)序列拷貝下來作為實驗內(nèi)容。七、實驗結(jié)果：例1：（物種名、基因名）Distribiitionof106HitsontheChieTVSequeizeDQ469731Phytophthoracapsiciisolate59Eacytochromecoxidase..S=914E=0ColorkeyforalignmentscoresSequencesproducingsignificantalignment
4、s:(Clickheaderstosortcolumns)AccessionDescriptionMaxscoreTotalscoreQuerycoverage一；valueDO832717.1Phytophthorasoiaemitochondrion,completeqenome215215100%2e-53U17009.2PhytophthorainfestansmitochondrionIcompleteqenome192192100%2e-46AY898628JPhytophthorainfest
5、anshaplotypelibmitochondrion(completeqenom192192100%2e-46AY898627.1PhYtophthorainfestanshaplotypeIlamitochondrion,completeqenom192192100%2e-46AY894835JPhytophthorainfestanshaplotypelamitochondrion,completeqenome192192100%2e-46DQ832718,1Phytophthoraramorumm
6、itochondrion,completeqenome18318395%le-43BX324223,23ZebrafishDNAsequencefromcloneCH211-217F24inlinkaqeqroup24L041.031%0.88Legendforlinkstootherresources:LUUniGeneGEOStructuredNapViewr實驗結(jié)果:l.(冬蟲夏草，18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S)Distributionof101BlastHitsontheQueryS
7、equence⑵ABO44644Paecilomycessp.97014genefor18SrRNA,ITS1,5.8SrR??S=1077E=0scoresQuery100100200200300300400400500500600600L?dpz翌^bChemBioAssnyLegendforlinkstootherresources:Si-qih-nci??-producing^i?niiicantaligrweiiMaxTotalQueryE_MaxAccessionDescriptionLinks
8、scorescorecoveragevalueidenlPaecilomycessinensis18SribosomalRNAgene.partialsequence;internaltranscribedspacerL.5.8SribosomalEQ918290.1RNAgene,andinternaltranscribedspacer2,completesequence:and2BSribosomalRNAg
