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1、關(guān)于antheprot生物的化學(xué)，就是蛋白質(zhì)與核酸的化學(xué)。對(duì)蛋白質(zhì)的研究是生物化學(xué)領(lǐng)域一個(gè)非常重要的部分。近年來，通過實(shí)施基因組計(jì)劃，得到了大量的蛋白序列數(shù)據(jù)，但是，面對(duì)如此眾多的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)，其分析工作是一個(gè)非常困難的工作。用人工的方法是不可能完成如此大量的分析工作的。運(yùn)用計(jì)算機(jī)，利用一定的運(yùn)算規(guī)則，進(jìn)行蛋白序列分析是唯一的方法。蛋白序列分析軟件包ANTHEPROT4.3正是這樣的一個(gè)程序。蛋白序列分析軟件包ANTHEPROT4.3是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（InstituteofBiologyandChemistryofPro
2、teins）用十多年時(shí)間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個(gè)人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測(cè)。感謝軟件的編寫者，他們將此軟件包免費(fèi)提供給此領(lǐng)域的同行使用，這對(duì)于我國的科學(xué)技術(shù)人員來說，實(shí)在是一件好事。因?yàn)橐粋€(gè)功能再多再好的專業(yè)應(yīng)用軟件，如果作為商業(yè)軟件進(jìn)行銷售的話，往往使大多數(shù)需要使用此軟件的科技人員因?yàn)榭蒲薪?jīng)費(fèi)的問題，無緣使用，這點(diǎn)在我國尤為突出。軟件分為三個(gè)版本，分別用于Unix系統(tǒng)，DOS系統(tǒng)與WINDOWS95或98系統(tǒng)，讓我以用于WINDOWS系統(tǒng)的版
3、本為例，介紹一下這個(gè)軟件的基本用法。軟件包為一個(gè)自解壓執(zhí)行文件，文件名Anthe4_3c.exe，大小為1.9兆。執(zhí)行此文件，輸入解壓后存放的目錄名，便可將所有文件解壓在此目錄下。主程序名為Anthewin，在桌面上建立它的快捷圖標(biāo)，雙擊快捷圖標(biāo)便打開了ANTHEPROT4.3主窗口。通過主程序，我們可以載入蛋白序列，對(duì)序列進(jìn)行編輯、打印、拷貝、改變?cè)O(shè)定等操作，更重要的是，我們可以在此調(diào)用各種所需的分析工具，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。一．序列編輯功能ANTHEPROT4.3的主窗口便是其序列編輯窗口：可以使用按鍵或菜單中的File/Open命令打
4、開各種序列文件，程序識(shí)別的文件類型包括：單序列文件格式：*.SEQ，（ANTHEPROT3.3支持以下格式的單序列文件：DNA/Strider格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR格式與IG/Stanford格式);含有多個(gè)蛋白序列的蛋白數(shù)據(jù)庫文件：*.BAS，(以Pearson/Fasta格式添加序列，上限為30條序列或32K文件大小);ClustalV或ClustalW文件：*.ALN含有ClustalW格式的多隊(duì)列；含有多隊(duì)列的Multalin4.1格式文件：*.MUL；在Prosite蛋白數(shù)據(jù)庫中查
5、尋出Site結(jié)果的文件：*.SIT，蛋白質(zhì)原子空間結(jié)構(gòu)的PDB格式文件：*.PDB；使用IBCP（http://wwww.ibcp.fr/predict.html）服務(wù)器預(yù)測(cè)蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)所獲得的結(jié)果文件格式：*.CNS；序列可以從ANTHEPROT編輯窗口以鍵盤輸入，或者以*.SEQ等文件格式載入，也可以從其它文件復(fù)制粘貼到編輯窗口。最簡單的序列格式為Pearson/Fasta格式，為文本格式文件，帶有>開始的為序列蛋白的名稱，其后便是蛋白序列。下面為一個(gè)此格式的例子：>MBNVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRL
6、FKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG程序支持的一些編輯功能如下：l取消，恢復(fù)（Undo）：Ctrl+Z。l查找Ctrl+T。l支持復(fù)制與粘貼。l可以自定義字符顏色，背景色與打印字體。l可打印序列文件。輸入或載入序列后，便同時(shí)打開了一個(gè)圖像窗口，以彩圖的形式顯示出蛋白序列。不同的蛋白殘基以不同的顏色表示。下面便是打開一個(gè)序列后的主程序窗口的
7、例子：二．工具欄與基本功能當(dāng)序列格式識(shí)別后，Methods菜單便被激活，相應(yīng)的快捷按鍵也出現(xiàn)在工具欄中。這些按鍵依次為：打開文件按鍵；存儲(chǔ)文件按鍵；打印按鍵；更改字體與格式按鍵；更改設(shè)定顏色按鍵；進(jìn)行蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)；在蛋白序列中查找符合PROSITES數(shù)據(jù)庫的特征序列；繪制出蛋白序列的所有理化特性曲線；在Internet或本地蛋白序列數(shù)據(jù)庫中查找類似序列；計(jì)算蛋白序列分子量，比重與各蛋白殘基百分組成；計(jì)算蛋白序列滴定曲線與等電點(diǎn)；選定一個(gè)片段后，繪制HelicalWheel圖；進(jìn)行點(diǎn)陣圖（DotPlot）分析；計(jì)算信號(hào)肽潛在的斷裂位點(diǎn)
8、；打開一個(gè)簡單的幫助文件；退出程序。三．基本分析工具介紹除了通過單擊快捷按鍵的方式進(jìn)行各種蛋白序列分析，通過菜單進(jìn)行各種操作也非常方便。下面讓我將一些主要分析工具的功能介紹一下：
