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《手把手教你使用ipp》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、入門Imageproplus（IPP）的主要用途是分析測量圖象。本人使用該程序進行生物圖象分析有一段時間，寫此帖的主要目的還是與大家交流使用心得，并總結(jié)一下使用方法。如果你是剛接觸IPP，最好先從本帖看起，并同時打開你電腦上的IPP程序照著操作。學(xué)會一個軟件需要花一段時間的，兩分鐘不可能學(xué)會。兩小時也太短。但我相信，照著我這幾個帖子作下來，至少是可以用IPP干一點事情了。打開IPP后的界面是這樣的，該從何處下手呢？既然是處理圖片，當(dāng)然是先要打開一張要處理的圖片嘛這張照片中的黃色部分是免疫組化染色的陽性表達成分。處理目標(biāo)是通
2、過測量圖片中黃色部分的"黃"度來反映相應(yīng)蛋白表達的的“量”。對該圖片進行觀察，可以看到圖片中主要有三種主要顏色，一是染成藍色的細胞核，二是呈現(xiàn)出黃色的胞漿，三是細胞間的空隙區(qū)域，呈現(xiàn)出淺藍色，是為背景。所以首先要把圖片中呈現(xiàn)黃色的區(qū)域給挑選出來，這部分區(qū)域是我們最感興趣的地方，叫作AOI（areaofinterest）。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能夠準(zhǔn)確地選取AOI就是使用IPP的關(guān)鍵操作。一旦準(zhǔn)確地選取了AOI，下面的測量分析就好辦了。對不同的圖片，需靈活地使用各種適當(dāng)?shù)腁OI工具，就這張圖片來說，AOI是
3、黃色區(qū)域，因此用顏色分類的AOI工具是最有效的。點擊measure---count/size,彈出分類測量窗口。在窗口中選中manual，再點擊selectcolor，彈出顏色選擇窗口segmentation，這個工具是IPP最有特色的顏色選取工具之一。用好這個工具是使用IPP的要點于目標(biāo)顏色鮮明的圖片，用吸管工具是最簡單的。點一下吸管圖標(biāo)，在目標(biāo)區(qū)域點一下，就可以選中該點的顏色，當(dāng)然一下是不可能完全選中所需要指定的全部區(qū)域，可以在未選中的地方接著再點，這樣多次選取，直到把想選中的區(qū)域全部選中為止。在這張示例圖中，選中的藍
4、色細胞核部分被標(biāo)上了紅色。用紅框圈起來的四個工具按紐分別是：吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里則是吸管位置的選取顏色。圖片中被標(biāo)上紅色的區(qū)域被定義為一個class，其中每一個獨立的小區(qū)塊被定義為這個class中的一個object。以此圖為例，圖中深藍色的部分是細胞核，因此所有的細胞核都被選中成一個class，其中每一個細胞核就是一個object。選取完AOI后，點擊close回到count/size窗口，下一步就可以對選中的object進行測量操作了。點擊count/size窗口中的measure菜單，
5、點selectmeasure，這是選擇要進行何種測量操作，在彈出的測量選擇窗口左側(cè)列出了各種可用的測量選項，最常用的測量有：area面積density（mean）平均光密度diameter直徑IOD（integratedopticaldensity）累積光密度在相應(yīng)的項目上點一下，該測量項目就被選到中間的窗口中了，同時關(guān)于該測量的詳細說明會顯示在最右邊。如果想取消某個已選中的測量項目，則在左邊窗口中該項目上再點擊一下就可以了。選好了待測量的區(qū)域，也指定了測量項目，就可以進行測量統(tǒng)計了，點擊一下測量選擇窗口的OK紐，關(guān)閉這個
6、窗口，就回到了count/size窗口，再點擊一下count按紐，就可以看到程序在進行測量，稍等幾秒鐘即可讀取測量數(shù)據(jù)。分別點擊count/size窗口中view菜單中的measurementdata和statistics，就分別彈出這兩個數(shù)據(jù)窗口。前者是這個calss中每一個object的測量數(shù)據(jù)，后者是這些測量數(shù)據(jù)的統(tǒng)計參數(shù)，如總數(shù)、平均值、累加、標(biāo)準(zhǔn)差等。本例中得到的就是每個細胞核的面積、平均光密度值、直徑、累積光密度值。統(tǒng)計數(shù)據(jù)則可得到這張圖片中所有細胞核的平均面積、平均光密度值，平均直徑、累積光密度值，當(dāng)然還有細
7、胞核的數(shù)目，就是所有object的數(shù)目。測量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)入EXCEL處理起來最方便。只要在數(shù)據(jù)菜單中點file-DDEtoEXCEL。數(shù)據(jù)就傳到EXCEL的sheet1里去了。在這個示例圖片的統(tǒng)計數(shù)據(jù)中，samples為圖中所有細胞核的個數(shù)，第一列為area，其中的Mean值為各個核的平均面積，后面就是平均灰度、平均直徑，這些是有意義的測量統(tǒng)計數(shù)值。但IOD卻是SUM值更有意義。訂正：在上述操作中漏掉了一個重要步驟，就是要轉(zhuǎn)換圖象intensity格式。在默認的intensity格式中，是圖片灰度，越黑數(shù)值越小，越白數(shù)值越大。而
8、實際上我們測量的染色強度是光密度，染色越深，光密度值越大。如果不進行光密度單位的轉(zhuǎn)換，測量的數(shù)值將完全是錯誤的。轉(zhuǎn)換光密度單位的方法如下：點擊：measure--carliberation--intensity，調(diào)出intensity校正窗口。然后在窗口中點new按紐，再點一下下面的stdoptical
