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1、碩士學(xué)位（畢業(yè)）論文利用GWAS對(duì)深縣豬繁殖性狀的研究學(xué)位申請(qǐng)人：宋志芳指導(dǎo)教師：曹洪戰(zhàn)教授學(xué)科專(zhuān)業(yè)：動(dòng)物遺傳育種與繁殖學(xué)位類(lèi)別：農(nóng)學(xué)碩士授予單位：河北農(nóng)業(yè)大學(xué)答辯日期：二〇一八年五月二十八日分類(lèi)號(hào)：S828單位代碼：10086密級(jí)：公開(kāi)學(xué)號(hào)：20152140287利用GWAS對(duì)深縣豬繁殖性狀的研究StudyonthereproductivetraitsofShenxianpigbyusingGWAS學(xué)位申請(qǐng)人：宋志芳指導(dǎo)教師：曹洪戰(zhàn)教授學(xué)科專(zhuān)業(yè)：動(dòng)物遺傳育種與繁殖學(xué)位類(lèi)別：農(nóng)學(xué)碩士授予單位：河北農(nóng)業(yè)大學(xué)答辯日期：二〇一八年五月二十八日縮略詞表中文名稱(chēng)縮寫(xiě)
2、英文名稱(chēng)全基因組關(guān)聯(lián)分析GWASGenome-wideassociationstudy單核苷酸多態(tài)性SNPSinglenucleotidepolymorphisms脫氧核糖核酸DNADeoxyribonucleicacid數(shù)量性狀基因座QTLQuantitativetraitlocus擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性AFLPAmplifiedfragmentlengthpolymorphism限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性RFLPRestrictivefragmentlengthpolymorphism表達(dá)序列標(biāo)簽ESTExpressedsequencetag隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性RAP
3、DExpressionsequencelabel多區(qū)間作圖MIMMultipleintervalmapping多性狀作圖MTMMultipletraitmapping標(biāo)記輔助選擇MASMarker-assistedselection連鎖不平衡分析LDLinkagedisequilibrium傳遞不平衡檢驗(yàn)TDTTransmission/disequilibriumtest簡(jiǎn)單序列重復(fù)SSRSimplesequencerepeats一般線(xiàn)性模型GLMGenerallinearmodel主成分分析PCAPrincipalcomponentanalysis分位點(diǎn)
4、-分位點(diǎn)圖Q-QplotQuantile-quantileplot豬的染色體SSCSusscrofachromosome總產(chǎn)仔數(shù)TNBTotalnumberborn產(chǎn)活仔數(shù)NBANumberbornalive初生重BWBirthweight初生窩重LWBLitterweightbornalive斷奶重WWWeaningweight斷奶窩重TWWTotalweaningweightoflitter乳頭數(shù)TNTeatnumber哈迪-溫伯格平衡檢驗(yàn)HWEHardy-weinbergequilibrium混合線(xiàn)性模型MLMMixedlinearmodel多維標(biāo)度
5、分析MDSMultidimensionalscalinganalysis基因組控制GCGenomiccontrol分別比較當(dāng)狀態(tài)一致IBSIdentity-by-state結(jié)構(gòu)關(guān)聯(lián)SAStructuredassociation質(zhì)量控制QCQualitycontrol變異系數(shù)CVCoefficientofvariation摘要繁殖性狀是豬生產(chǎn)中重要的性狀之一，與養(yǎng)殖場(chǎng)的經(jīng)濟(jì)效益密切相關(guān)。雖然繁殖性狀容易測(cè)量，但其遺傳力小，采用傳統(tǒng)育種方法取得的遺傳進(jìn)展慢。深縣豬的繁殖性能較好且變異系數(shù)大，但影響其繁殖性狀的變異機(jī)理還未被研究。隨著SNP芯片的不斷研發(fā)和基因組
6、計(jì)劃的發(fā)展，高密度SNP芯片被越來(lái)越多地用于畜牧研究中。因此本研究采用IlluminaPorcine80KSNP芯片對(duì)河北省的唯一地方豬種深縣豬的總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、初生重、初生窩重、斷奶重、斷奶窩重和乳頭數(shù)等繁殖性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，以期篩選到顯著影響深縣豬繁殖性狀的SNPs位點(diǎn)，豐富深縣豬的分子育種研究工作。選擇具有完整繁殖記錄的68頭純種深縣豬，采集血樣，利用IlluminaPorcine80KSNP芯片進(jìn)行基因分型，將表型數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控后，采用混合線(xiàn)性模型方法分析。為降低關(guān)聯(lián)結(jié)果的假陽(yáng)性，需要對(duì)研究群體進(jìn)行群體分層校正，然后采用Bon
7、ferroni方法校正關(guān)聯(lián)結(jié)果的P值，并對(duì)所有顯著SNPs位點(diǎn)進(jìn)行單倍型分析。取得的結(jié)果如下：1、通過(guò)對(duì)深縣豬各繁殖性狀的描述性統(tǒng)計(jì)，得出總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、初生重、初生窩重、斷奶重、斷奶窩重和總?cè)轭^數(shù)的平均值分別為13.82頭、12.41頭、1.05kg、12.44kg、6.15kg、76.27kg和15.99個(gè)，變異系數(shù)分別為25.33%、26.99%、20%、30.95%、20%、28.96%和7.44%。2、通過(guò)對(duì)各繁殖性狀的表型相關(guān)分析，得出產(chǎn)活仔數(shù)和總產(chǎn)仔數(shù)均與初生窩重和斷奶窩重的表型相關(guān)均達(dá)到了極顯著水平。3、質(zhì)控后共得到了61404個(gè)SNP
8、s位點(diǎn)，分布于每條染色體上。4、Bonferroni校正后的基因組
