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1、今年以來我們在上級黨組織的領導和區(qū)精神文明辦的關心支持指導下堅持以鄧小平理論和三個代表重要思想為指導認真落實科學發(fā)展觀轉錄組測序結題報告篇一：轉錄組測序問題集錦 轉錄組測序問題集錦 轉錄組是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合，轉錄組測序(RNA-seq)是最近發(fā)展起來的利用深度測序技術進行轉錄分析的方法,可以對全轉錄組進行系統(tǒng)的研究?！ ocheGSFLXTitanium、IlluminaSolexaGAIIx和ABSOLID4均可以對轉錄組進行測序，RocheGSFLXTitanium與IlluminaSolexaGAIIx和ABS
2、OLID4相比，擁有更長的讀長和較小的數據量，適用于表達量較高基因的RNA全長測序。但是對低表達豐度的基因，可能需要多次測序才能得到足夠的數據，成本比較高，而IlluminaSolexaGAIIx和ABSOLID4數據讀取量大，能夠得到較高的覆蓋率，可以較好的降低成本。若是位置基因組序列的物種，則RocheGSFLXTitanium測序更有優(yōu)勢，其較長的讀長便于拼接，獲得更好的轉錄本數據?！ ∞D錄組測序可以供研究者在轉錄本結構研究（基因邊界鑒定、可變剪切研究等），轉錄本變異研究（如基因融合、編碼區(qū)SNP研究），非編碼區(qū)域功能研究（Non-codingR
3、NA研究、miRNA前體研究等），基因表達水平研究以及全新轉錄本發(fā)現等方面進行深入研究。緊緊圍繞中心工作以創(chuàng)建區(qū)級文明單位活動為載體切實加強思想道德建設和企業(yè)文化建設深入開展群眾性的精神文明創(chuàng)建活動今年以來我們在上級黨組織的領導和區(qū)精神文明辦的關心支持指導下堅持以鄧小平理論和三個代表重要思想為指導認真落實科學發(fā)展觀 研究轉錄組的方法有哪些？ 目前研究轉錄組的方法主要三種，基于雜交技術的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片，基于sanger測序法的SAGE(serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和MPSS(massi
4、velyparallelsignaturesequencing)，基于第二代測序技術的轉錄組測序，又稱為RNA-Seq?！ ∞D錄組測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢? ?。?）可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度，同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題； ?。?）靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本； ?。?）可以對任意物種進行全基因組分析，無需預先設計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析，同時能夠檢測未知基因，發(fā)現新的轉錄本，并準確地識別可變剪切位點及cSNP，UT
5、R區(qū)域?！ 。?）檢測范圍廣，高于6個數量級的動態(tài)檢測范圍，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本?！ ∞D錄組測序有什么樣的樣品要求？ ?。?）樣品純度要求：OD值應在1.8至2.2之間；電泳檢測28S:18S至少大于 1.8。緊緊圍繞中心工作以創(chuàng)建區(qū)級文明單位活動為載體切實加強思想道德建設和企業(yè)文化建設深入開展群眾性的精神文明創(chuàng)建活動今年以來我們在上級黨組織的領導和區(qū)精神文明辦的關心支持指導下堅持以鄧小平理論和三個代表重要思想為指導認真落實科學發(fā)展觀 （2）樣品濃度：totalRNA濃度不低于400ng/μg?！ 。?）totalRNA樣品請置
6、于-20℃保存；請?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據?！ 。?）樣品請置于1.5ml管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。 mRNA的純化分離方法？ 進行mRNA研究中，首先需要對樣本進行總RNA抽提，抽提得到的RNA除含有mRNA外，還含有rRNA和tRNA，為防止這兩類RNA對轉錄組研究的影響，因此我們需要對mRNA進行分離純
7、化。真核細胞的mRNA分子最顯著的結構特征是具有5’端帽子結構（m7G）和3’端的Poly(A)尾巴。絕大多數哺乳類動物細胞mRNA的3’端存在20-30個腺苷酸組成的Poly（A）尾，通常用Poly（A+）表示。這種結構為真核mRNA的提取，提供了極為方便的選擇性標志，寡聚（dT）纖維素或寡聚（U）瓊脂糖親合層析分離純化mRNA的理論基礎就在于此。mRNA的分離方法較多，其中以寡聚（dT）-纖維素柱層析法最為有效，已成為常規(guī)方法。此法利用mRNA緊緊圍繞中心工作以創(chuàng)建區(qū)級文明單位活動為載體切實加強思想道德建設和企業(yè)文化建設深入開展群眾性的精神文明創(chuàng)建
8、活動今年以來我們在上級黨組織的領導和區(qū)精神文明辦的關心支持指導下堅持以鄧小平理論和三個代表重要
