計算機應(yīng)用作業(yè)

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1、計算機應(yīng)用作業(yè)馬雪山02生技0214021201．翻譯第一篇核酸研究，2001，29期，編號1344-3452001年牛津大學(xué)出版ICB數(shù)據(jù)庫：對細(xì)菌進(jìn)行鑒定和分類的gyrB數(shù)據(jù)庫KanakoWatanabe,JamesNelson,ShigeakiHarayamaandHiroakiKasai海洋生物技術(shù)學(xué)會，釜石實驗室3-75-1，釜石，郵編026-0001，日本2000年9月5號收到;2000nian11月1號校正接受[文摘]細(xì)菌分類和鑒定數(shù)據(jù)庫（ICBhttp://www.mbio.co.jp/icb）含有細(xì)菌DNA旋轉(zhuǎn)酶B亞基（gyrB）的最新信息。此數(shù)據(jù)庫計劃

2、為在進(jìn)化和分類學(xué)上有標(biāo)志性意義的gyrB提供一個共享交流的平臺。根據(jù)在幾個不同分類學(xué)水平上的研究和一個有關(guān)引物選擇及背景信息的詳細(xì)比對，認(rèn)為850多種物種的核酸和氨基酸序列數(shù)據(jù)是正確可用的。[簡介]小亞基核糖體RNA(SSUrRNA)是當(dāng)前細(xì)菌分子分類學(xué)選定的分子，該方法也為幾個專業(yè)數(shù)據(jù)庫支持（1，2）。然而，一些編碼蛋白的基因要比rRNA的數(shù)據(jù)更優(yōu)越。更高水平的序列變異（3）可以分析系統(tǒng)發(fā)生時DNA翻譯成蛋白序列的能力，從而區(qū)分物種的血緣遠(yuǎn)近關(guān)系以及得到更多的準(zhǔn)確序列信息（4）。細(xì)菌分類和鑒定數(shù)據(jù)庫(ICB)想為使用編碼蛋白的基因進(jìn)行細(xì)菌鑒定和分類提供一個交流點。該數(shù)據(jù)

3、庫集中為支持序列數(shù)據(jù)比對提供廣泛資源，并在開始明確致力于一種可引起松散閉合環(huán)狀DNA分子發(fā)生負(fù)超螺旋（5）的屬于II型菌源異構(gòu)酶的DNA螺旋酶B亞基（gyrB）。1995年以來，隨著普遍引物的應(yīng)用（6），幾個雜志支持說gyrB是適合細(xì)菌發(fā)展史的一個基因，因為其有幾個本質(zhì)特征如限制平行轉(zhuǎn)移和存在于所有細(xì)菌種群。過去的五年中，相當(dāng)多的gyrB序列數(shù)據(jù)被測出，ICB數(shù)據(jù)庫致力于使這些數(shù)據(jù)以一種實用的格式為科學(xué)界共享。[數(shù)據(jù)資源]大部分的ICB數(shù)據(jù)庫的序列數(shù)據(jù)來自主要的序列存儲數(shù)據(jù)庫[GenBank(7),EMBLDataLibrary(8)andDDBJ(9)]。另一些使我們積

4、累的。本數(shù)據(jù)庫有850多個gyrB序列及其同源基因parE。PCR擴增和序列引物數(shù)據(jù)由MBI提供或參考了其數(shù)據(jù)。[數(shù)據(jù)庫內(nèi)容]最初，ICB數(shù)據(jù)庫只有一個對收集的基本gyrB序列信息進(jìn)行查找和BLAST的功能（10），并主要關(guān)注其在細(xì)菌分類上的狀況（11）。該數(shù)據(jù)庫現(xiàn)已擴大可為使用者提供這些數(shù)據(jù)實際應(yīng)用的關(guān)鍵資源。我們已致力于三個主要方面。在幾個分類學(xué)水平上的gyrB數(shù)據(jù)比對是可用的。氨基酸數(shù)據(jù)比對在主要水平以及對每個細(xì)菌綱是可用的，并且氨基酸和核酸比對對每個種是可用的。所有的比對根據(jù)氨基酸數(shù)據(jù)，對于核酸排列是反向翻譯。所有比對得自ClustalX1.8(12)并人工調(diào)整過

5、。一個關(guān)于gyrB擴增和序列引物的全面分析已經(jīng)完成，其中包括一些gyrB擴增時的引物。也包括幾個未公布的引物。使用者現(xiàn)在選擇合適的引物變得容易了，因為：(i)大腸桿菌的gyrB基因上引物位置的全面圖譜；(ii)引物比對與特殊菌群相反；(iii)對引物化合物的種群分析已成功使用；(iv)gyrB相對于其有關(guān)同源基因parE具有引物特異性。相關(guān)背景信息已加工完用以為使用者在數(shù)據(jù)產(chǎn)生和分析的應(yīng)用方面提供幫助。[數(shù)據(jù)庫的進(jìn)入與用法]ICB數(shù)據(jù)庫在日本釜石的海洋生物技術(shù)學(xué)會，網(wǎng)址是http://www.mbio.co.jp/icb。數(shù)據(jù)可以用五種格式打開。關(guān)鍵字搜索的結(jié)果基于分類、

6、基因和ICB參考分類號。分類瀏覽允許查到特定菌綱、亞綱、屬的數(shù)據(jù)。比對結(jié)果也進(jìn)行了分類，可用html格式瀏覽或用FASTA格式下載。BLAST（10）可分析整個數(shù)據(jù)庫。內(nèi)容和引物資源包含在靜態(tài)html格式文本中超聯(lián)接到主頁上。ICB數(shù)據(jù)庫的使用者在引用這里的文章時出版物應(yīng)注明本出處。[備注]聯(lián)系方式：電話：+81193266538；傳真：+81193266584；Email:hiroaki.kasai@kamaishi.mbio.co.jp[參考文獻(xiàn)]1Maidak,B.L.,Cole,J.R.,Lilburn,T.G.,Parker,C.T.,Saxman,P.R.,S

7、tredwick,J.M.,Garrity,G.M.,Li,B.,Olsen,G.J.,Pramanik,S.,Schmidt,T.M.andTiedje,J.M.(2000)TheRDP(RibosomalDatabaseProject)continues.NucleicAcidsRes.,28,173–174.Updatedarticleinthisissue:NucleicAcidsRes.(2001),29,173–174.2VandePeer,Y.,DeRijk,P.,Wuyts,J.,Winkelmans,T.an