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《基于配對信息的dna從頭測序組裝算法研究》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內容在學術論文-天天文庫。
1、碩士學位論文基于配對信息的DNA從頭測序組裝算法研究ALGORITHMRESEARCHOFDNADENOVOASSEMBLYBASEDONMATE-PAIR趙瑋哈爾濱工業(yè)大學2011年6月中圖分類號：TP319學校代碼：10213
UDC：621.3密級：公開工學碩士學位論文基于配對信息的DNA從頭測序組裝算法研究碩士研究生：趙瑋導師：權光日教授申請學位：工學碩士學科：計算機科學與技術所在單位：計算機科學與技術學院答辯日期：2011年6月授予學位單位：哈爾濱工業(yè)大學ClassifiedIndex:TP319
U.D.C:621
2、.3DissertationfortheMasterDegreeinEngineeringALGORITHMRESEARCHOFDNADENOVOASSEMBLYBASEDONMATE-PAIRCandidate：ZhaoWeiSupervisor：Prof.QuanGuangriAcademicDegreeAppliedfor：MasterofEngineeringSpecialty：ComputerScienceandTechnologyAffiliation：SchoolofComputerScienceandTechn
3、ologyDateofDefence：June,2011Degree-Conferring-Institution：HarbinInstituteofTechnology哈爾濱工業(yè)大學工學碩士學位論文摘要進入二十一世紀以來，新一代測序技術的出現使得到全基因組的拼接組裝算法備受關注。以Roche公司454，Illumina公司Solexa，ABI公司SOLiD為代表的新一代測序技術產生的數據存在測序片段短、錯誤率高等缺點，使得傳統的拼接組裝軟件不再適用。但是由于其高通量、低成本的優(yōu)點，尤其在細菌等微生物從頭測序中取得的成功極大的
4、鼓舞了人們對新一代測序技術的研究熱情。全基因組組裝算法研究是全基因組拼接組裝算法的一個重要環(huán)節(jié)，研究并開發(fā)可運行在個人計算機上的獨立的組裝算法是非常有必要的。面向新一代測序數據的全基因組拼接組裝算法分為兩個重要的部分，第一個部分是將新一代測序技術產生的DNA片段拼接成contig的過程，稱之為拼接階段。第二個部分是將拼接階段產生的contigs組裝成scaffold的過程，稱之為組裝階段。本文所要研究的就是全基因組的從頭測序組裝階段的算法，為達到這個目標，本文在研究新一代測序技術原理的基礎上，提出了快速篩選配對信息的算法與co
5、ntig組裝算法。通過配對信息庫的構造過程，得到了所有contig上面所存在的配對信息，設計了兩個映射結構獲得任意兩條contig之間的關聯關系，提出了獨特的數據結構來保存任意兩條contig之間的配對信息數目，最終完成了從頭測序組裝算法的設計與實現。提出了快速篩選有效配對信息的算法以及contig組裝算法，該算法是可運行在個人計算機上的串行算法。設計了節(jié)省內存的數據結構，提高了算法的速度。充分利用了測序數據的生物學特征，在不考慮contig之間有重疊的情況下成功組裝了72%的contig。關鍵詞：DNA序列；從頭測序；全基因
6、組組裝；配對信息-I-哈爾濱工業(yè)大學工學碩士學位論文AbstractAsenteringintothe21stcentury,theemergenceofthenext-generationsequencing
platformsledtoresurgencetheresearchinthewhole-genomeassemblyalgorithmsand
software.DNAsequencingdatafromtheRoche454,IlluminaSolexa,andABISOLiD
platformswhichrep
7、resentthenext-generationsequencingplatformstypicallypresent
shortreadlengths,higherrorrateandothershortcomings.Theseshortcomingsleadto
thetraditionalgenomeassemblyalgorithmsandsoftwarenolongerapplicable.However,
duetoitshighthroughput,lowcost,andespeciallyitssuccess
8、inthedenovo
sequencingofthebacteriawhichgreatencouragepeople’spassionoftheresearchtothe
next-generationsequencingtechnology.Scaffoldingalg
