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《vector的操作方法》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在應(yīng)用文檔-天天文庫。
1、Vector的操作方法一）對分子序列的操作我們以一個DNA序列為例，進(jìn)行一系列的常規(guī)分析；最后將此DNA序列翻譯成氨基酸序列，并對此氨基酸序列進(jìn)行各種分析A，DNA序列為豬生長激素的cDNA序列，長為761bp。首先使用VectorNTI的CreateNew命令將此序列導(dǎo)入到VectorNTI的數(shù)據(jù)庫中：1，第一種方法：如果只知道序列時，點(diǎn)擊Molecule才菜單中的CreateNew——UsingSequenceEditor（DNA/RNA……）；2，在出現(xiàn)的“NewDNA/RNAMolecule”對話框中，首先在Genera
2、l填入導(dǎo)入序列的名稱——PGH；3，在DNA/RNAMolecule活頁中，選中LinearDNA，Animal/otherEukaryotes，RepliconType中選Chromosome；4，Description中填入：S.ScrofaGrowthhormonemRNA;5，在SequenceandMaps中點(diǎn)擊“EditSequence”按鈕，將DNA序列復(fù)制后，點(diǎn)“Paste”按鈕-點(diǎn)“OK”－確認(rèn)后就可以完成序列導(dǎo)入。B，如果是一個從GenBank上下載的序列文件，則：點(diǎn)擊“Molecule”菜單-Open-Mo
3、leculefiles命令，找到序列文件，在Fileformat中選中GenBankFiles；點(diǎn)擊OK。（二）常規(guī)操作：當(dāng)序列導(dǎo)入完成后，在桌面出現(xiàn)三個窗口，上左側(cè)的窗口中顯示的是該序列的常規(guī)信息，上右側(cè)窗口則以圖形的格式展示序列的特征區(qū)及酶切圖譜等。下面一個窗口顯示的是序列：默認(rèn)狀態(tài)下以雙鏈形式出現(xiàn)，也可以更改為單鏈顯示。1．選擇序列區(qū)域：在圖形區(qū)域或序列區(qū)域直接拖動鼠標(biāo)左鍵，同時在最下端的狀態(tài)欄中顯示出所選區(qū)域的范圍。2．刪除：選中后直接點(diǎn)擊鍵盤上的Delete鍵，確認(rèn)后即可刪除。3．選中序列片段后，點(diǎn)擊Edit菜單，用其
4、中的命令可以完成對此片段的剪切、復(fù)制、刪除、定義為新的特征區(qū)和用其它序列來代替等。4．當(dāng)點(diǎn)在其一特定位置時，我們也可以在此位置插入新的序列：Edit–New–InsertSequenceas5．當(dāng)希望序列顯示單鏈時，點(diǎn)擊View–ShowBothStrands（三）常規(guī)分析：1．設(shè)計PCRSequencePrimer,Hybridization,Probes：選中設(shè)計引物的模板區(qū)或點(diǎn)擊Analyze中的相應(yīng)命令即可。需要注意的是，在設(shè)計前，首先得將序列存入數(shù)據(jù)庫中，具體設(shè)計由于我們推薦使用Oligo，所以此處不詳述。2．序列基本
5、信息分析：選中序列區(qū)段后，選Analyze–OligoAnalysis,在OligoAnalysis對話框中，點(diǎn)擊Analyze按鈕，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、回文結(jié)構(gòu)及重復(fù)序列等基本信息。3．酶切圖譜分析點(diǎn)擊Analyze菜單中RestrictionSites命令，出現(xiàn)“RestrictionMapSetup”對話框，點(diǎn)擊Add按鈕，填入需要分析的位點(diǎn)，不需要的位點(diǎn)夜可以選中后點(diǎn)Remove按鈕移除。為了顯示正確，我們可以設(shè)定超過一定位點(diǎn)數(shù)量的酶不顯示，可以限定分析的區(qū)域等。點(diǎn)擊OK后程序自動完成酶切分
6、析。4．Motif查找點(diǎn)擊Analyze菜單中的Motifs命令，在出現(xiàn)的MotifsSetup對話框中我們可以添加新的Oligo或從OligoDatabase和OligoList中選取；選中后點(diǎn)擊OK按鈕，程序完成Motif的查找，同時給出相似性的百分比。5．ORF查找點(diǎn)擊Analyze菜單中的ORF命令，在出現(xiàn)的ORFSetup對話框中，填入ORF的最小長度（多少個密碼子）以及其它一些設(shè)定后點(diǎn)擊OK，程序自動完成ORF的查找。6．翻譯翻譯前選中一個ORF或一個區(qū)域，這里我們希望把pGHcDNA基因完全翻譯成蛋白質(zhì)，因此選中最
7、長的一個ORF（7－657bp）。點(diǎn)擊Analyze菜單中的Translate命令中的“IntoNewProtein”-“DirectStrand”,在出現(xiàn)的“NewProteinMolecule”對話框中給出新蛋白質(zhì)的名稱后點(diǎn)擊確定，程序完成翻譯并打開一個新的窗口，顯示氨基酸序列。7．反翻譯選中氨基酸序列片斷，點(diǎn)擊Analyze菜單中的BackTranslate命令，確認(rèn)是“整個序列”還是“僅為選中的序列”后，即可設(shè)定簡并度及組織特異性來完成反翻譯。（三）模擬電泳：模擬電泳是指對DNA片段進(jìn)行酶切分析后，通過電腦模擬電泳過程，
8、將酶切片段分離。該功能有利于評估電泳時間，便于驗(yàn)證實(shí)際電泳結(jié)果的好壞。1．點(diǎn)擊Gel菜單–CreateNew命令：出現(xiàn)GelSetup對話框，首先選擇電泳介質(zhì)的類型－“AgaroseGel”，以及膠的濃度、電壓、膠長和Buffer種類。2．點(diǎn)擊OK后即打開一個電
