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1、.基因家族分析套路(一)近年來,測序價格的下降,導(dǎo)致越來越多的基因組完成了測序,在數(shù)據(jù)庫中形成了大量的可用資源。如何利用這些資源呢?今天小編帶你認識一下不測序也能發(fā)文章的思路--全基因組基因家族成員鑒定與分析(現(xiàn)在這一領(lǐng)域可是很熱奧);一、基本分析內(nèi)容n數(shù)據(jù)庫檢索與成員鑒定n進化樹構(gòu)建n保守domain和motif分析.n基因結(jié)構(gòu)分析.n轉(zhuǎn)錄組或熒光定量表達分析.二、數(shù)據(jù)庫檢索與成員鑒定1、數(shù)據(jù)庫檢索1)首先了解數(shù)據(jù)庫用法,學(xué)會下載你要分析物種的基因組相關(guān)數(shù)據(jù)。一般也就是下面這些數(shù)據(jù)庫了nBrachypodiumdb:http://www.brachy
2、podium.org/nTAIR:http://www.arabidopsis.org/nRice?Genome?Annotation?Project?:http://rice.plantbiology.msu.edu/.nPhytozome:http://www.phytozome.net/nEnsemble:http://ensembl.gramene.org/genome_browser/index.html?nNCBI基因組數(shù)據(jù)庫:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=2)已鑒定的家族成員獲取。.
3、..????如何獲得其他物種已發(fā)表某個基因家族的所有成員呢,最簡單的就是下載該物種蛋白序列文件(可以從上述數(shù)據(jù)庫中下載),然后按照文章中的ID,找到對應(yīng)成員。對于沒有全基因組鑒定的,可以下列數(shù)據(jù)庫中找:???a.?NCBI:?nucleotide?and?protein?db.?????b.?EBI:?http://www.ebi.ac.uk/.?????c.?UniProtKB:http://www.uniprot.org/uniprot/2、比對工具。一般使用blast和hmmer,具體使用命令如下:nLocal?BLASTformatdb–i?d
4、b.fas–p?F/T;blastall–p?blastp(orelse)?–i?known.fas–d?db.fas–m?8?–b?2(or?else)?e?1e-5?–o?alignresult.txt.-b:output?two?different?members?in?subject?sequences?(db).nHmmer?(hidden?Markov?Model)?search.?Thesame?as?PSI-BLAST?in?function.?It?has?a?higher?sensitivity,?but?the?speed?isl
5、ower.Command:hmmbuild--informatafaknown.hmmalignknown.fa;??hmmsearchknown.hmmdb.fas>align.out.3、過濾。nIdentity:?至少50%.nCover?region:?也要超過50%或者蛋白結(jié)構(gòu)域的長度....ndomain:?必須要有完整的該蛋白家族的。工具pfamdb?(http://pfam.sanger.ac.uk/)?和NCBI?Batch?CD-?search.?(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrp
6、sb/bwrpsb.cgi).nEST?支持n?Blast?and?Hmmer同時檢測到4、通過上述操作獲得某家族的所有成員基因家族分析套路(二)本次主要講解在基因家族分析類文章中,進化部分分析的內(nèi)容。主要是進化樹的構(gòu)建與分析。一、構(gòu)建進化樹的基本步驟1、多序列比對.?Muscle?program.2、Model?選擇.?分別針對蛋白序列和核酸序列的模型選擇程序。ProtTest?program?for?protein?and?ModelTest?or?Jmodetlest?for?DNA(http://user.qzone.qq.com/580017
7、04/blog).3、算法選擇。三種.?NJ,?ML?and?BI.4、軟件選擇。?MEGA?(bootstrap?least?1000?replicates),?phyML?and?Mrbayes?(http://user.qzone.qq.com/58001704/main)....5、進化樹修飾.?MEGA:?view->options?and?subtree->?draw?options.?Also?can?be?decorated?in?word?(http://user.qzone.qq.com/58001704/main)二、具體步驟?2
8、.1?多序列比對。一般采用muscle。因為?MUSCLE?is?one?of?the?bes