變應(yīng)性鼻炎相關(guān)的長(zhǎng)鏈非編碼rna表達(dá)譜分析

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1、萬(wàn)方數(shù)據(jù)中圖分類號(hào)＆Z魚主：22UDC610碩士學(xué)位論文學(xué)校代碼!Q至三三密級(jí)公玨變應(yīng)性鼻炎相關(guān)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA表達(dá)譜分析Genome--WideAnalysisofLongNoncodingRNAExr。AllqR"RhinitisxpresstoninAllerRtcRhtnitiS作者姓名：學(xué)科專業(yè)：研究方向：學(xué)院(系、所)：指導(dǎo)教師：黃葉紅臨床醫(yī)學(xué)耳鼻咽喉科學(xué)湘雅醫(yī)院蔣衛(wèi)紅副教授論文答辯日期型塾墮：2寥答辯委員會(huì)主席燮蘭∑中南大學(xué)二O一四年五月萬(wàn)方數(shù)據(jù)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明，所呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知，除了論文中

2、特別加以標(biāo)注和致謝的地方外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過(guò)的研究成果，也不包含為獲得中南大學(xué)或其他教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過(guò)的材料。與我共同工作的同志對(duì)本研究所作的貢獻(xiàn)均已在論文中作了明確的說(shuō)明。申請(qǐng)學(xué)位論文與資料若有不實(shí)之處，本人承擔(dān)一切相關(guān)責(zé)任。作者簽名：重-etj!蘭日期：盟年墮月孚日學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者和指導(dǎo)教師完全了解中南大學(xué)有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定：即學(xué)校有權(quán)保留并向國(guó)家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交學(xué)位論文的復(fù)印件和電子版；本人允許本學(xué)位論文被查閱和借閱；學(xué)校可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，可以采用復(fù)印、縮印或其它手段保存和匯

3、編本學(xué)位論文。保密論文待解密后適應(yīng)本聲明。作者簽名：重型竺日期：且年墮月彳日導(dǎo)師簽名牡日期：趟年』月』日萬(wàn)方數(shù)據(jù)本課題受以下基金資助：>科技部“十一五”國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目子項(xiàng)目(項(xiàng)目批準(zhǔn)號(hào)：2004BA720A19．01)>湖南省自然科學(xué)基金(項(xiàng)目編號(hào)：llJJ4080)>湖南省科技廳項(xiàng)目(項(xiàng)目編號(hào)：2012RS4024)本研究在湘雅醫(yī)院醫(yī)學(xué)中心實(shí)驗(yàn)室及湘雅醫(yī)院耳鼻咽喉科實(shí)驗(yàn)室完成，由湘雅醫(yī)院醫(yī)學(xué)中心實(shí)驗(yàn)室及湘雅醫(yī)院耳鼻咽喉科實(shí)驗(yàn)室提供相關(guān)設(shè)備和技術(shù)支持。特此致謝!萬(wàn)方數(shù)據(jù)碩士學(xué)位論文中文摘要摘要變應(yīng)性鼻炎相關(guān)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA表達(dá)譜分析目的探討長(zhǎng)鏈非編碼RNA(LongNo

4、ncodingRNA，lncRNA)在變應(yīng)性鼻炎與正常鼻粘膜中是否存在表達(dá)差異，并篩選出差異顯著的長(zhǎng)鏈非編碼RNA。方法1)分別提取變應(yīng)性鼻炎和正常鼻粘膜組織總RNA，質(zhì)量檢測(cè)后合成雙鏈cDNA，PCR擴(kuò)增建立cDNA文庫(kù)，用IlluminaHiSeqTM2000測(cè)序得到原始序列數(shù)據(jù)。運(yùn)用軟件Tophat、Cufflinks構(gòu)建轉(zhuǎn)錄本。運(yùn)用blast與non—codingRNA、kegg、nr、cog、swissprot等數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，識(shí)別出已知的lncRNA和mRNA；利用CPC基于framefinder禾lblast進(jìn)行SVM預(yù)測(cè)，得到預(yù)測(cè)的新的非編碼RNA。2)運(yùn)用RPKM

5、法分別計(jì)算IncRNA和mRNA表達(dá)量，基于差異倍數(shù)運(yùn)用聚類分析篩選出多對(duì)樣本均有差異表達(dá)的lncRNA禾ImRNA。3)qRT—PCR對(duì)部分差異表達(dá)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA進(jìn)行驗(yàn)證。4)運(yùn)用關(guān)系式數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)RDAS計(jì)算差異表達(dá)的lncRNA和所有mRNA的關(guān)聯(lián)性，得到與差異表達(dá)的IncRNA共表達(dá)的mRNA。5)運(yùn)用數(shù)據(jù)庫(kù)KEGG、BioCarta對(duì)共表達(dá)的mRNA進(jìn)行Pathway分析，得到共表達(dá)的mRNA參與的生物學(xué)途徑。結(jié)合生物學(xué)途徑結(jié)果和關(guān)聯(lián)性結(jié)果了解lncRNA的調(diào)控作用。萬(wàn)方數(shù)據(jù)碩士學(xué)位論文中文摘要結(jié)果1)本研究首次應(yīng)用RNA—Seq測(cè)序技術(shù)得到變應(yīng)性鼻炎和正常鼻粘膜

6、的lncRNA表達(dá)譜和111】}ⅢA表達(dá)譜。2)3對(duì)樣本中均有差異表達(dá)的lncRNA共173種，120種上調(diào)，53種下調(diào)；已知的lncRNA63種，49種上調(diào)，14種下調(diào)；新的lncRNA110個(gè)，71種上調(diào)，39種下調(diào)。3對(duì)樣本中均有差異表達(dá)的mRNA共437種，其中365種高表達(dá)，72種低表達(dá)。3)經(jīng)qRT—PCR驗(yàn)證長(zhǎng)鏈非編碼RNANONHSAT250987、NONHSATl76469、NONHSAT309646、NONHSATl40585、NONHSAT201926表達(dá)呈下調(diào)趨勢(shì)；長(zhǎng)鏈非編碼RNANONHSAT26156、NONHSAT292828、NONHSAT312

7、751、NONHSATl57109表達(dá)呈上調(diào)趨勢(shì)；結(jié)果與RNA．seq預(yù)測(cè)結(jié)果相一致。4)關(guān)聯(lián)性分析得到與85種差異表達(dá)的lncRNA共表達(dá)的rnRNA，共379種。5)經(jīng)Pathway分析得到共表達(dá)的mRNA的17條生物學(xué)途徑。結(jié)論變應(yīng)性鼻炎患者鼻粘膜lncRNA的表達(dá)與正常鼻粘膜比較存在顯著性差異。圖8幅，表1張，參考文獻(xiàn)81篇關(guān)鍵詞：變應(yīng)性鼻炎；RNA—seq測(cè)序；長(zhǎng)鏈非編碼RNA；pathway分析分類號(hào)：R765．22萬(wàn)方數(shù)據(jù)碩士學(xué)位論文英文摘要Genome--WideAnalys