ssr標(biāo)記背景知識(shí)

《ssr標(biāo)記背景知識(shí)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫(kù)。

1、額可獲得信息：SSR基因定義，分類，常見(jiàn)的重復(fù)單元種類；SSR標(biāo)記的原理及應(yīng)用領(lǐng)域（定制化）；在動(dòng)植物基因組中的分布情況；SSR引物來(lái)源；傳統(tǒng)SSR分子標(biāo)記分析技術(shù)路線（要與高通量的技術(shù)路線對(duì)比，找出高通量的優(yōu)勢(shì)）；SSR簡(jiǎn)單序列重復(fù)（simplesequencerepeat）SSR的產(chǎn)生是在DNA復(fù)制或修復(fù)過(guò)程中DNA滑動(dòng)和錯(cuò)配或者有絲分裂、減數(shù)分裂姐妹染色單體不均等交換的結(jié)果。原理：微衛(wèi)星的突變率在不同物種、在同一物種的不同位點(diǎn)和同一位點(diǎn)的不同等位基因間存在很大差異。但盡管它們分布于基因組的位置不同，但其兩端序列多是保守的單拷貝序列，因而可以根據(jù)這兩端的序列設(shè)計(jì)一對(duì)特

2、意引物，通過(guò)PCR技術(shù)將其間的核心微衛(wèi)星DNA序列擴(kuò)增出來(lái)，利用電泳分析技術(shù)就可獲得其長(zhǎng)度多態(tài)性。顯然，在采用SSR技術(shù)分析微衛(wèi)星DNA多態(tài)性時(shí)必須知道重復(fù)序列兩端的DNA序列的信息。如不能直接從DNA數(shù)據(jù)庫(kù)查尋則首先必須對(duì)其進(jìn)行測(cè)序【為什么要用二代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行物種SSR標(biāo)記分析】?！≡u(píng)論

3、22012-05-0911:45fmy029

4、三級(jí)簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SimpleSequenceRepeat，SSR)　　簡(jiǎn)單重復(fù)序(SSR)也稱微衛(wèi)星DNA，其串聯(lián)重復(fù)的核心序列為1一6bp，其中最常見(jiàn)是雙核苷酸重復(fù)，即(CA)n和(TG)n每個(gè)微衛(wèi)星DNA的核心序列結(jié)構(gòu)相同，重復(fù)單位數(shù)

5、目10一60個(gè)，其高度多態(tài)性主要來(lái)源于串聯(lián)數(shù)目的不同。SSR標(biāo)記的基本原理：根據(jù)微衛(wèi)星序列兩端互補(bǔ)序列設(shè)計(jì)引物，通過(guò)PCR反應(yīng)擴(kuò)增微衛(wèi)星片段，由于核心序列串聯(lián)重復(fù)數(shù)目不同，因而能夠用PCR的方法擴(kuò)增出不同長(zhǎng)度的PCR產(chǎn)物，將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行凝膠電泳，根據(jù)分離片段的大小決定基因型并計(jì)算等位基因頻率。在真核生物中，存在許多2-5bp簡(jiǎn)單重復(fù)序列，稱為“微衛(wèi)星DNA”其兩端的序列高度保守，可設(shè)計(jì)雙引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，揭示其多態(tài)性?！　SR具有以下一些優(yōu)點(diǎn)：(l)一般檢測(cè)到的是一個(gè)單一的多等位基因位點(diǎn)；(2)微衛(wèi)星呈共顯性遺傳，故可鑒別雜合子和純合子；(3)所需DNA量少【進(jìn)行SS

6、R分子標(biāo)記研究的優(yōu)點(diǎn)】。SSR的分類　　根據(jù)SSR核心序列排列方式的不同，可分為3種類型：　　完全型(perfect)。指核心序列以不間斷的重復(fù)方式首尾相連構(gòu)成的DNA。如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT　　不完全型(imperfect)。指在SSR的核心序列之間有3個(gè)以下的非重復(fù)堿基,但兩端的連續(xù)重復(fù)核心序列重復(fù)數(shù)大于3。如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT　　復(fù)合型(compound)。指2個(gè)或2個(gè)以上的串聯(lián)核心序列由3個(gè)或3個(gè)以上的連續(xù)的非重復(fù)堿基分隔開(kāi),但這種

7、連續(xù)性的核心序列重復(fù)數(shù)不少于5。如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA　　3種類型中完全型是SSR標(biāo)記中應(yīng)用較多的一種類型?！　SR在植物基因組中的分布　1.SSR廣泛分布于各種真核生物的基因組中，大約每隔10～50kb就存在一個(gè)SSR。2.哺乳動(dòng)物中的SSR的數(shù)量大約為植物中的5～6倍。在植物中，平均23.3kb就有一個(gè)SSR；雙子葉植物中的SSR數(shù)量大于單子葉植物，前者兩個(gè)SSR之間的平均間距為21.2kb，后者為64.6kb；3.核DNA中的SSR數(shù)量多于細(xì)胞質(zhì)DNA中的SSR，絕大多數(shù)單堿基重復(fù)型及2堿基重復(fù)型SSR存在于非編碼區(qū)（最常

8、見(jiàn)），3堿基重復(fù)型多位于編碼區(qū)。微衛(wèi)星的利用價(jià)值　　由于核心序列重復(fù)數(shù)的不同，等位的SSR位點(diǎn)可呈現(xiàn)出多態(tài)性（SSLP，simplesequencelengthpolymorphism）。大多表現(xiàn)為共顯性遺傳，有的表現(xiàn)為顯性遺傳。由于SSRDNA兩側(cè)序列（離開(kāi)20bp以上）表現(xiàn)出保守特征，所以可設(shè)計(jì)出上下游PCR引物，擴(kuò)增出包含SSR的DNA序列。原理微衛(wèi)星分析應(yīng)用（定制化信息分析內(nèi)容）常用于：遺傳圖譜構(gòu)建；種質(zhì)鑒定；遺傳多樣性分析；標(biāo)記輔助選擇（MAS，marker-assistantseletion，marker-aidedseletion）；基因定位；數(shù)量性狀基因座

9、（QTL）分析；系譜分析；親源關(guān)系鑒定等?！　SR引物的來(lái)源　　1.借鑒其他近緣種序列。　　2.通過(guò)篩選文庫(kù)、二代測(cè)序開(kāi)發(fā)自己的SSR引物?！　?.通過(guò)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)查詢，從已有序列中搜尋包括SSR的序列并設(shè)計(jì)引物。　　傳統(tǒng)SSR分析實(shí)驗(yàn)的主要技術(shù)環(huán)節(jié)　　提取DNA；PCR擴(kuò)增；電泳及顯色；電泳膠板帶型的照相、記錄；數(shù)據(jù)分析處理。　　其中，PCR產(chǎn)物分離的電泳方法主要有：高濃度瓊脂糖電泳（4%膠只能分辨4-6bp差異）；變性聚丙烯酰胺序列膠電泳；非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳?！　∮捎跀U(kuò)增的片段短(一般小于300bp)，基因間的差異小