基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的昆蟲特異性序列及非編碼rna基因的發(fā)現(xiàn)

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1、DISCoVERYoFINSECTSPECIFICSEQUENCESANDNoNCoDINGRNAFRoMTRANSCRIPToMEDATAJuanXueADissertat，ionSubmittedtoNanjingAgriculturalUniversityInPartialFulfillmentoftheRequirementsFortheMasterDegreeofAgricultureScienceSupervisedbyProf．FeiLiDepartmentofEntomologyCollegeofPla

2、ntProtectionNanjingAgriculturalUniversity,Nanjing210095，P．R．ChinaJune2012ne1原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立進(jìn)行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個人或集體己經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品成果。對本文的研究做出重要貢獻(xiàn)的個人和集體，均已在文中以明確方式標(biāo)明。本人完全意識到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者(需親筆)簽名：穰訓(xùn)z年6月7日學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者完全了

3、解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)南京農(nóng)業(yè)大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編學(xué)位論文。保密口，在——年解密后適用本授權(quán)書。本學(xué)位論文屬于不保密“(請?jiān)谝陨戏娇騼?nèi)打“寸’)學(xué)位論文作者(需親筆)簽名：葛蛹導(dǎo)師(需親筆)簽名：紗fz年‘月7日珈1年6月7日目錄摘要??????????????????????．．IABSTRACT??????????????????

4、??．．III第一章文獻(xiàn)綜述???????????????????11．1物種進(jìn)化及新基因的產(chǎn)生??????????????．11．1．1物種進(jìn)化及自然選擇?????????????．．11．1．2新基因的發(fā)現(xiàn)?．．D"I?????????????．31．1．3新基因產(chǎn)生的機(jī)制??????????????．31．1．4研究新基因產(chǎn)生的意義?????????????51．2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的研究????????????????51．2．1轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序的定義??．．?????????51．2．2研究轉(zhuǎn)錄組的方法及流程???

5、?????????．61．2．3轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)發(fā)展史及其原理??????????．71．2．4轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)存在的問題及展望?????????．．81．3非編碼RNA研究概況???????????????．．91．3．1非編碼RNA的定義???????．．??????．．91．3．2發(fā)現(xiàn)非編碼RNA的技術(shù)路線???????????．101．3．3非編碼RNA的分類??????????????101．3．4非編碼RNA的調(diào)控機(jī)制及其功能??．?．．??．．．??．．．101．3．5非編碼RNA研究歷史及其研究意義????

6、??．??．．．111．3．6常用非編碼RNA數(shù)據(jù)庫????????????．．121．4本論文研究的目的及意義??????????????13第二章鱗翅目特異性基因的發(fā)掘及G0分析??．????????．．152．1材料和方法??????????????????152．1．1數(shù)據(jù)???????????．??????．．152．1．2數(shù)據(jù)庫及軟件????????．．??????．．152．1．3生物信息分析流程??????????????162．2結(jié)果與分析?????．．．????．???．．????162．2．1轉(zhuǎn)錄

7、組數(shù)據(jù)注釋及分析．．????．．．．??????．．162．2．2特異性基因的發(fā)現(xiàn)??????．???????．．212．2．3Blast2Go分析???．．???????．．????22第三章同翅目特異性基因的發(fā)掘及G0分析???．???????．．3l3．1材料和方法??．???????????．????．313．1．1數(shù)據(jù)?．．．??．??．．??．????．．．．???．313．1．2數(shù)據(jù)庫及軟件????????????．???313．1．3生物信息分析流程???．??????．?．??．．．323．2結(jié)果與分

8、析?????????．????????．．323．2．1轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深度分析????．．????????．．32基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的昆蟲特異性序列及非編碼RNA基因的發(fā)現(xiàn)3．2．2特異性基因的發(fā)現(xiàn)??????????????373．2．3Blast2Go分析???????????????38第四章昆蟲轉(zhuǎn)錄組中非編碼RNA基因的預(yù)測???