資源描述：
《核酸定量結構功能預測》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內(nèi)容在學術論文-天天文庫。
1、重慶大學碩士學位論文核酸定量結構功能預測姓名：趙巍申請學位級別：碩士專業(yè)：生物學指導教師：梁桂兆20091202重慶大學碩十學位論文中文摘要摘要隨著人類基因組計劃的完成，生物學研究己進入了后基因組時代，研究重點正從積累數(shù)據(jù)向解釋數(shù)據(jù)轉變。面對急劇膨脹的基因組序列數(shù)據(jù)，傳統(tǒng)的生物學方法已很難滿足需要。目前，生物信息學方法已成為核酸結構功能研究的重要手段。本文通過一種新的途徑，即以廣義堿基性質(zhì)得分(SGBP)結合自交叉協(xié)方差(ACC)，線性判別分析(LDA)和支持向量機(SVM)建模，進行了DNA色譜保留指數(shù)、人類rnjI斟A、脊椎動物啟動子和人類蛋白質(zhì)
2、編碼基因預測或識別，采用自檢驗、交互驗證、外部驗證等方法驗證模型的預測能力。SvM建模所得結果如下。①DNA色譜保留預測：留一法得到的Q2鉀可達到O．851，MSE為O．1123。②miRNA預測：交互驗證J下確率(Acc)可達到77．29％。外部驗證Acc可達到75．12％。靈敏度(Sn)和特異度(Sp)分別為70．51％和82．6l％，馬修斯相關系數(shù)(MCC)為0．5160。③啟動子預測：交互驗證Acc可達到85．12％。外部驗證Acc可達到86．55％。Sn和Sp分別可以達到91．65％和81．47％，MCC為O．7336。④人類的蛋白質(zhì)編碼基
3、因預測：交互驗證Acc可達96．18％，外部驗證Acc可達97．58％，Sn和Sp分別為97．28％和97．64％，MCC為O．9141。SVM建模結果均不同程度相當或者優(yōu)于LDA建模所得結果。研究表明，SGBP．ACC組合方法能夠較好表征核酸序列特征，其含信息量大且易操作，SGBP．ACC．SVM在核酸定量結構功能預測領域具有較好的前景。關鍵詞：廣義堿基性質(zhì)得分(SGBP)，支持向量機(SVM)，線性判別分析(LDA)重慶人學碩士學位論文英文摘要ABSTRACTWitllmecompletionoftheh啪angenomeproject，biol
4、ogicalresearChh弱emeredmepost-genomeem．ResearchfocusisbeiI培movedfbmaccu】[Ilulationofda：tai11t0expl鋤．a(chǎn)tionofda：ta．11lebiologicmemodstmrdlytaucl(1ethewholeproblemwitlltlleexplosionofgeIloIIlicsequences．Atpresent，bioiIlf．omaticsh嬲becomeanimport趾tmethodforquantitatiVepredictionofstr
5、IJcturesand如nctionsofnucleicacids．111tllis、Ⅳork，、№deVelopedanew印pmachbycombimnganewfeaturer印resentationiIⅣolVillgscoresofgeneralizedbasepropertiescombined謝thautocmssc0V撕ance(ACC)，lineardis碰millaJlta11mysis(LDA)andsupponvectormacllines(SVM)topredictchromato鏟aphicre白entiontimeofD
6、NA，a11dtoidenti矽humaIlmiRNAs，Vertebratepromoters，h啪觚exons．TheresultswereValidatedbyselfvalidation，cross—vaJidationandextemalvalidationmethods．ResultsbysVMmodelingareausfollows．①DNAchromato伊印mcretentionpredictionValidatedbyLOOCV：TlleresultsshoWedtherearethehi曲estQzcvofO．85l鋤dlo、
7、VestMSEis0．1123．②miRNAprediction：ThememodSGBP-ACC—SVMgivesallaccuracy(Acc)of77．29％byacrossvalidatioll，鋤Accof75．12％byextemalValidation，asensitiV時(Sn)of70．51％鋤daspecific時(Sp)of82．61％．Andnlemamlewscorrelationcoemcient(MCC)isO．5l60．③promoterprediction：theAccfbmaCrossvali出【tionis85．
8、12％，theAcc，Sn，SpandMCC五∞mtestsetsare86．55％，91．65％，81．4
