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《基于平衡分割的并行序列比對(duì)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫(kù)。
1、西安電子科技大學(xué)碩士學(xué)位論文基于平衡分割的并行序列比對(duì)姓名：劉淼申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：計(jì)算機(jī)軟件與理論指導(dǎo)教師：霍紅衛(wèi)20070101摘要雙序列比對(duì)是序列分析常用的方法之一，也是多序列比對(duì)和數(shù)據(jù)庫(kù)搜索的基礎(chǔ)。為此，產(chǎn)生了很多解決雙序列比對(duì)問(wèn)題的各種數(shù)學(xué)方法，其中，最基本、最有效且得到普遍認(rèn)可的方法是動(dòng)態(tài)規(guī)劃法。而動(dòng)態(tài)規(guī)劃由于其時(shí)間和空間復(fù)雜度的龐大，在實(shí)際使用中受到了限制。因此，對(duì)于該序列比對(duì)算法，當(dāng)前重點(diǎn)解決的問(wèn)題是，在保持生物敏感性的基礎(chǔ)上如何降低算法的運(yùn)行的時(shí)間和空間。對(duì)雙序列比對(duì)人們從不同角度提出了很多算法，其中最快的空
2、間最優(yōu)并行算法．空間復(fù)雜度為0((m+櫛)，P))，但是時(shí)間消耗為o((m+力)2／P)。p表示處理器的個(gè)數(shù)；最快的時(shí)間最優(yōu)算法，時(shí)間復(fù)雜度為0(m?i／P)，但是空間消耗為D(掰+以，P)·本文通過(guò)對(duì)現(xiàn)有的雙序列比對(duì)串并算法進(jìn)行研究分析，提出了一種基于平衡分割并行序列比對(duì)算法。它可以達(dá)到時(shí)間和空間兩者的最優(yōu)，時(shí)問(wèn)復(fù)雜度為D(m”／P)，空間復(fù)雜度為0((m+月)／P)。這種算法采用數(shù)據(jù)劃分技術(shù)，利用高性能計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，如集群式系統(tǒng)，有效地提高了雙序列比對(duì)的時(shí)間空間效率。關(guān)鍵詞：序列比對(duì)并行算法平衡分割A(yù)bstf-actPaifwi
3、sesequencealignmentisoneofcomllfiOi3methodsinanalyzingsequence，whichalsoisthebaseofmultiplesequencealignmentanddatasearch．Sotonow,manymethodsonsolvingpairwisesequencealignmentareavailable，thereinto，thedynamicprogrammingisthemostbasic，effectivemethod．Butitislargeintime
4、andspacecomplexity,itisrestrictedinpractical．Sothekeyproblemtobesolvedistoreducethetimeandspacecomplexitywhenmaintainaccuracytosequencealignment．Therearemanypairwisesequencealignmentalgorithms．Thefastknownparallelspace-optimalalgorithmforpairwisesequencealignmemtakeso
5、ptimalspaceD“m+櫛)／p)，but0“m+刀)2／P)time．Themostspacesavingtime-optimalalgorithmtakes0(mr／／P)time，but0(蹦十月／P)spacerInthearticle，wepresentanalgorithmthatrequires0(Ⅲ”／P)timeand0((m+n)／p)space．Thenewsequencealignmentmethodbasedonbalanceddividingandparallel．Itreducestimeand
6、spacecomplexitybyintroducingdatadividingtechnique，usingHighPerformancecomputersystemsuchasgroupsystem．Keywords：sequencealignmentparallelalgorithmbalanceddividing創(chuàng)瓤性聲明本人聲明所呈交的論文是我個(gè)人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知。除了文中特別加以標(biāo)注和致謝中所羅列的內(nèi)容以外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過(guò)的研究成果；也不包含為獲得西安電子科技大學(xué)
7、或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過(guò)的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的任何貢獻(xiàn)均已在論文中做了明確的說(shuō)明并表示了謝意。申請(qǐng)學(xué)位論文與資料若有不實(shí)之處，本人承擔(dān)一切相關(guān)責(zé)任。本人簽名：型盎日期進(jìn)2：』：墨』關(guān)于論文使用授權(quán)的說(shuō)明本人完全了解西安電子科技大學(xué)有關(guān)保留和使用學(xué)位論文的規(guī)定，即：研究生在校攻讀學(xué)位期間論文工作的知識(shí)產(chǎn)權(quán)單位屬西安電子科技大學(xué)。本人保證畢業(yè)離校后，發(fā)表論文或使用論文工作成果時(shí)署名單位仍然為西安電子科技大學(xué)。學(xué)校有權(quán)保留送交論文的復(fù)印件，允許查閱和借閱論文；學(xué)?？梢怨颊撐牡娜炕虿糠謨?nèi)容，可以允許采用影印
8、、縮印或其它復(fù)制手段保存論文。(保密的論文在解密后遵守此規(guī)定)本學(xué)位論文屬于保密，在——年解密后適用本授權(quán)書。本人簽名：導(dǎo)師簽名：主!f鏨率生z巴日期塑Z：!塹日期垃!Z?！?蘭!f第一章緒論1．1概述20世紀(jì)后期，生物科學(xué)技術(shù)迅猛發(fā)展，無(wú)論從數(shù)量
