馬氏珠母貝est微衛(wèi)星的篩選

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1、第32卷第2期水產(chǎn)學(xué)報(bào)Vol.32,No.22008年3月JOURNALOFFISHERIESOFCHINAMar.,2008文章編號(hào):1000-0615(2008)02-0174-08馬氏珠母貝EST微衛(wèi)星的篩選1,2,313石耀華,洪葵,郭希明,2222王嫣,侯占輝,顧志峰,王愛(ài)民(1.中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶生物技術(shù)研究所,熱帶作物生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,華南熱帶農(nóng)業(yè)大學(xué),海南海口571101;2.海南省熱帶水生生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,海南大學(xué)海洋學(xué)院教育部熱帶生物資源重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,海南?？?70228;3.HaskinShellfishResearch

2、Laboratory,InstituteofMarineandCoastalSciences,RutgersUniversity,6959MillerAvenue,PortNorris,NJ08349,USA)摘要:構(gòu)建了馬氏珠母貝的血液、足、鰓、胃、肝、心臟、外套膜、珍珠囊和感染多毛蟲(chóng)馬氏珠母貝的血液(血感)等9個(gè)組織的cDNA文庫(kù),測(cè)序獲得了6979個(gè)EST序列,從中查找到了268個(gè)重復(fù)序列,隸屬于243個(gè)EST,含微衛(wèi)星的EST數(shù)占EST總數(shù)的3.48%。珍珠囊cDNA文庫(kù)含微衛(wèi)星的序列所占比例最高,為6.16%,血感的最低,為1.65%。雙堿基

3、重復(fù)序列130個(gè),占48.5%,(AT/AT)n類型最常見(jiàn);三堿基類型的83個(gè),占約31%,其中(AAT/ATT)n和(AAG/CTT)n較多;四堿基重復(fù)的有30個(gè),占11.2%,(AAAT/ATTT)n占了該類型的約50%。一共能夠設(shè)計(jì)151對(duì)微衛(wèi)星引物,有130對(duì)可以擴(kuò)增,占合成引物總數(shù)的86.09%,其中,多態(tài)性引物45對(duì)。多態(tài)性EST-SSR的篩選將為馬氏珠母貝的分子遺傳學(xué)研究、種質(zhì)鑒定和野生資源保護(hù)等提供可靠的工具。關(guān)鍵詞:馬氏珠母貝;EST-SSR;分子遺傳學(xué)中圖分類號(hào):Q75;S968.3文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A馬氏珠母貝(Pinctadamart

4、ensiiDunker),又稱靠的分子標(biāo)記,了解人工養(yǎng)殖對(duì)野生群體的干擾合浦珠母貝,是培育海水珍珠的最主要貝類之一。程度,保護(hù)種質(zhì)資源。我國(guó)自1965年成功地開(kāi)展馬氏珠母貝的人工育馬氏珠母貝野生種群遺傳多樣性研究主要采[3-5]苗以來(lái),海水珍珠養(yǎng)殖業(yè)迅速發(fā)展,目前已成為廣用同工酶和RAPD技術(shù),簡(jiǎn)單序列重復(fù)間區(qū)[1]東、廣西和海南沿海部分地區(qū)的支柱產(chǎn)業(yè)。由(inter-simplesequencerepeat,ISSR)也有過(guò)報(bào)[6]于長(zhǎng)期的人工養(yǎng)殖和繁育,育珠貝變小,死亡率增道,但是這些遺傳標(biāo)記多態(tài)性較低或者不穩(wěn)定,加,馬氏珠母貝種質(zhì)已呈現(xiàn)明顯退化現(xiàn)

5、象,因此馬逐漸很少應(yīng)用。微衛(wèi)星(microsatellite,MS),即簡(jiǎn)氏珠母貝新品種選育日益受到重視。優(yōu)良品種的單序列重復(fù)(simplesequencerepeat,SSR),是一類培育需要良好的種質(zhì)資源,但是移種養(yǎng)殖和人工核苷酸短序列的簡(jiǎn)單串聯(lián)重復(fù),廣泛分布于真核[7]育苗養(yǎng)殖貝被釋放或逃逸到自然環(huán)境可能影響野生物的基因組中。微衛(wèi)星標(biāo)記具有高度的多態(tài)[2]生種群的遺傳結(jié)構(gòu)。因此,需要對(duì)馬氏珠母貝性和豐富的信息含量,雜合度可達(dá)100%,每代變[8-9]的野生種群的遺傳多樣性進(jìn)行評(píng)價(jià),篩選穩(wěn)定可異超過(guò)2%;微衛(wèi)星標(biāo)記是共顯性標(biāo)記,能夠收稿日期:200

6、7-05-27資助項(xiàng)目:國(guó)家/八六三0高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃(2006AA10A409);國(guó)家自然科學(xué)基金(40676075;30460105);國(guó)際科技合作重點(diǎn)項(xiàng)目計(jì)(2004DFA07200);博士后科學(xué)基金(2005037627);海南省自然科學(xué)基金(80412)作者簡(jiǎn)介:石耀華(1970-),男,湖北咸寧人,博士,從事水生動(dòng)物養(yǎng)殖育種、遺傳和發(fā)育研究。E-mail:stone70@126.com通訊作者:王愛(ài)民,E-mail:aimwang6@hotmail.com2期石耀華,等:馬氏珠母貝EST微衛(wèi)星的篩選175用于研究等位基因,區(qū)分純合體和雜合

7、體,而且,表1馬氏珠母貝cDNA文庫(kù)的類型微衛(wèi)星是基于特定的已知序列設(shè)計(jì)引物進(jìn)行擴(kuò)增Tab.1ThecDNAlibrariesconstructedfrom的,具有良好的重復(fù)性和保真性,便于實(shí)驗(yàn)室間交9tissuesofP.martensii[10-11]流,是一種很有價(jià)值的遺傳標(biāo)記,AFLP、組織名稱文庫(kù)類型tissuenamelibrarycharacterRAPD等顯性標(biāo)記無(wú)法做到。目前,微衛(wèi)星標(biāo)記血液bloodSMARTcDNA噬菌體文庫(kù)[12]已被廣泛應(yīng)用于動(dòng)植物遺傳多樣性研究、遺傳血感infectedbloodSMARTcDNA質(zhì)粒文庫(kù)圖譜

8、構(gòu)建[13]、品種鑒定、疾病檢測(cè)以及親本分足gastropodSMARTcDNA質(zhì)粒文庫(kù)[14