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《16S rDNA高通量測(cè)序分析患子宮炎奶牛子宮內(nèi)菌群的變化》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、分類號(hào)密級(jí)UDC單位代碼10435碩士學(xué)位論文16SrDNA高通量測(cè)序分析患子宮炎奶牛子宮內(nèi)菌群的變化ChangesofUterusBacterialinDairyCowswithMetritisBasedon16SrDNASequencingMethod研究生姓名逄賓賓指導(dǎo)教師曹榮峰教授學(xué)科專業(yè)臨床獸醫(yī)學(xué)研究方向動(dòng)物臨床免疫與疾病防治中國·青島二〇一八年六月ChangesofUterusBacterialinDairyCowswithMetritisBasedon16SrDNASequencingMethodThesissubmittedtoQingdaoAgriculturalU
2、niversityInFulfillmentoftheRequirementfortheDegreeofMasterofAgronomyPangBinbin（CollegeofVeterinaryMedicine）Supervisor:Prof.CaoRongfengQingdao.ChinaJune,2018獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的論文是我個(gè)人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知，除了文中特別加以標(biāo)注和致謝的地方外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不包含為獲得青島農(nóng)業(yè)大學(xué)或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的任何
3、貢獻(xiàn)均已在論文中作了明確的說明并表示了謝意。研究生簽名：時(shí)間：年月日關(guān)于論文使用授權(quán)的說明本人完全了解青島農(nóng)業(yè)大學(xué)有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，即：學(xué)校有權(quán)保留送交論文的復(fù)印件和磁盤，允許論文被查閱和借閱，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。同意青島農(nóng)業(yè)大學(xué)可以用不同方式在不同媒體上發(fā)表、傳播學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容。(保密的學(xué)位論文在解密后應(yīng)遵守此協(xié)議)研究生簽名：時(shí)間：年月日導(dǎo)師簽名：時(shí)間：年月日青島農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要16SrDNA高通量測(cè)序分析患子宮炎奶牛子宮內(nèi)菌群的變化摘要奶牛子宮炎是造成奶牛不孕的常見多發(fā)病，嚴(yán)重影響奶牛業(yè)的發(fā)展。奶牛子宮內(nèi)微生態(tài)體系
4、與子宮炎的發(fā)生發(fā)展和轉(zhuǎn)歸關(guān)系密切。16SrDNA高通量測(cè)序技術(shù)是研究微生物區(qū)系的最新技術(shù)手段，以此分析奶牛產(chǎn)后健康和患子宮炎的子宮內(nèi)菌群豐度及多樣性變化，來進(jìn)一步揭示奶牛子宮炎的發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)歸機(jī)理。試驗(yàn)篩選產(chǎn)后健康和患子宮炎奶牛各3頭，分別在產(chǎn)后1d、7d、14d、21d和35d取子宮內(nèi)容物，提取細(xì)菌基因組DNA，分別用引物515F5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3′和907R5′-CCGTCAATTCMTTRAGTTT-3′擴(kuò)增16SrDNA基因V4+V5區(qū)，構(gòu)建基因文庫，使用HiSeqPE250平臺(tái)進(jìn)行16SrDNA高通量測(cè)序，用OTU聚類、Chaol和Shannon指
5、數(shù)判定菌群豐度，并進(jìn)行α和β多樣性分析。試驗(yàn)共得到30個(gè)內(nèi)容物樣本，29個(gè)經(jīng)PCR檢測(cè)合格。聚類結(jié)果顯示，健康組除1個(gè)樣本外，OTU都在200以上；而子宮炎組除4個(gè)樣本外，OTU都在200以下，結(jié)合Chao1指數(shù)和Shannon指數(shù)的結(jié)果都表明，患子宮炎組奶牛子宮內(nèi)菌群多樣性比健康組低。對(duì)奶牛子宮內(nèi)菌群相對(duì)豐度分析發(fā)現(xiàn)，在門水平上，健康及患子宮炎奶牛子宮內(nèi)有6個(gè)相同的優(yōu)勢(shì)菌門，分別為擬桿菌門、厚壁菌門、梭桿菌門、變形菌門、放線菌門和柔膜菌門?；甲訉m炎奶牛子宮內(nèi)菌群在門水平上的變化特征主要以擬桿菌門和梭桿菌門相對(duì)豐度升高，厚壁菌門和變形菌門相對(duì)豐度降低為主。在屬水平上，健康奶牛子宮內(nèi)有
6、10個(gè)優(yōu)勢(shì)菌屬，患子宮炎奶牛有9個(gè)。其中擬桿菌屬、卟啉單胞菌屬、鹽單胞菌屬、梭桿菌屬、嚴(yán)格厭氧梭菌屬和鹽球菌屬是共有的優(yōu)勢(shì)菌屬；理研菌科-RC9、鏈球菌屬、大腸桿菌志賀菌屬和6-普氏菌屬是健康組特有的；Falsiporphyromonas、Caviibacter和7-普氏菌屬是患病組特有的?；甲訉m炎奶牛子宮內(nèi)菌群在屬水平上的主要變化特征以卟啉單胞菌屬、梭桿菌屬及擬桿菌屬相對(duì)豐度升高，嚴(yán)格厭氧梭菌屬相對(duì)豐度降低為主。聚類進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn)，健康組13個(gè)樣本和患病組4個(gè)樣本為一簇，而患病組11個(gè)樣本和健康組1個(gè)樣本為一簇。進(jìn)一步用PCoA分析發(fā)現(xiàn)，健康組和患病組分別聚集在不同區(qū)域。說明健康組
7、與患子宮炎組奶牛子宮內(nèi)菌群的結(jié)構(gòu)上存在顯著差異。分析產(chǎn)后1~35d奶牛子宮菌群多樣性變化規(guī)律發(fā)現(xiàn)，健康組奶牛子宮內(nèi)菌群1青島農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要多樣性在產(chǎn)后1~14d升高，14~35d降低；患子宮炎組1d和7d子宮內(nèi)菌群多樣性差異不顯著，產(chǎn)后8~13d子宮內(nèi)灌注土霉素，產(chǎn)后14d和21d子宮內(nèi)菌群多樣性差異不顯著，產(chǎn)后35d菌群多樣性與健康組持平。結(jié)果表明，產(chǎn)后1~35d奶牛子宮菌群多樣性先增高后降低，而患子宮炎奶牛產(chǎn)后1~21d子宮菌群多樣性持續(xù)較低
