基于全基因組關(guān)聯(lián)研究技術(shù)篩選雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀相關(guān)候選基因

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1、孫艷發(fā)基于全基因組關(guān)聯(lián)研究技術(shù)篩選雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀相關(guān)候選基因課題來源本研究由國家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(項(xiàng)目編號：2011BAD28瑚3)和國家肉雞產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(C舢熔．42)資助。Theresearchwassupportedbygrants：theNationalKeyTechnologyR&DProgram(2011BAD28803)andtheChinaAgro—industryTechnologyResearchSystem(CARS-42)．孫艷發(fā)基于全基因組關(guān)聯(lián)研究技術(shù)篩選雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀相關(guān)

2、候選基因基于全基因組關(guān)聯(lián)研究技術(shù)篩選雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀相關(guān)候選基因中文摘要產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀是雞重要經(jīng)濟(jì)性狀，受飼糧營養(yǎng)和遺傳因子的協(xié)同作用。隨著分子營養(yǎng)研究的逐步深入，探明影響目標(biāo)性狀的關(guān)鍵調(diào)控基因及分子機(jī)制至關(guān)重要。隨著雞高密度SNP分型芯片的出現(xiàn)以及統(tǒng)計(jì)分析方法的日臻成熟，應(yīng)用全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)挖掘和鑒定雞產(chǎn)肉和肉品性狀的功能基因成為可能。試驗(yàn)選用北京油雞公雞和科寶公司的快大型白羽肉雞母雞雜交構(gòu)建了中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院(CAAS)雞F2資源群體。選取資源群體中6個(gè)半同胞家系，共計(jì)400只雞，包括親本

3、14只，F(xiàn)1代19只，F(xiàn)2代公雞184只、母雞183只。在93日齡時(shí)進(jìn)行屠宰，測定11個(gè)產(chǎn)肉和16個(gè)肉品質(zhì)性狀。使用雞60KSNP分型芯片對個(gè)體gDNA進(jìn)行基因分型。分型結(jié)果經(jīng)過質(zhì)量控制后，剩余328只F2代個(gè)體和42585個(gè)SNPs。使用廣義的線性模型(GLM)和壓縮的混合線性模型(池M)對雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究。模型中以群體結(jié)構(gòu)中的第一主成分為協(xié)變量，批次、性別為固定效應(yīng)。在MLM中，親緣全系矩陣為隨機(jī)效應(yīng)。結(jié)果以MLM分析為主，同時(shí)兼顧GLM模型。同時(shí)，選取GWAS中鑒定的基因在高性狀

4、值組和低性狀值組中進(jìn)行表達(dá)驗(yàn)證。結(jié)果表明：(1)本研究鑒定出11個(gè)產(chǎn)肉性狀的64個(gè)SNPs效應(yīng)位點(diǎn)，達(dá)到全基因組顯著或潛在關(guān)聯(lián)水平(P<2．98x10。6或5．96×10。5)。其中有22個(gè)SNPs效應(yīng)位點(diǎn)在GLM模型中達(dá)到全基因組顯著水平(P<2．98x10擊)。其中4號染色體78．11．84．94Mb(6．83Mb)區(qū)間內(nèi)7個(gè)SNPs與多個(gè)產(chǎn)肉性狀關(guān)聯(lián)，區(qū)間內(nèi)涉及到4個(gè)基因，包括SLIT2、QDPR、AFAPl和刪PJ，它們的功能與產(chǎn)肉性狀密切相關(guān)。此外，WNT信號通路中翅膀重的候選基因RUVBLl，腿

5、肌重候選基因WNT4；其它染色體上影響多個(gè)產(chǎn)肉性狀的候選基因包括．SⅢ、WAPAL、MAPK和EFNA5。(2)本研究發(fā)現(xiàn)33個(gè)SNPs與10個(gè)肉品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)(P<4x10-4)，這些性狀包括胸肌干物質(zhì)含量、腿肌干物質(zhì)含量、胸肌肌內(nèi)脂肪含量、肉色L宰和b幸、皮膚顏色L棗、a宰和b牛，腹脂重和腹脂率。其中8個(gè)重要候選基因的功能與肉品質(zhì)性狀密切相關(guān)，包括胸肌肌內(nèi)脂肪含量的候選基因TYR03和MGSTl，胸肌肉色的獲選基因COLIA2，皮膚顏色的候選基因SPINK5，腹脂重和／或腹脂率的候選基因RET、NPPB、

6、SREBFl和LOC431251。II一揚(yáng)州大學(xué)博士論文(3)4個(gè)胸肌重的候選基因RAB2A、QDPR、EFNA5和OTUD6B在高胸肌重組中顯著下調(diào)表達(dá)(P

7、候選基因FiltrationofCandidateGeneRelatedtoMeatProdutionandQualityTraitsBasedonGenome-wideAssociationStudyTechniqueinChickensAbstractMeatproductionandqualityareimportanteconomictraitsinchickens，whichweresynergisticlyinfluencedbyfeednutritionandgeneticfactor．Wit

8、hthedevelopmentofmolecularnutritionresearch,itisimportanttounderstandthekeyregulatorygeneandmoleculemechanismunderlyingthetargettraits．Thedevelopmentsofhigh-throughputgenotypingplatformsandrelevantstatistical