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《豬嵴病毒全基因組序列分析及熒光定量pcr檢測方法的建立》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文豬嵴病毒全基因組序列分析及熒光定量PCR檢測方法的建立學(xué)院：農(nóng)業(yè)與生物學(xué)院學(xué)科專業(yè)：預(yù)防獸醫(yī)學(xué)學(xué)號：1101509078作者：王長松指導(dǎo)教師：華修國教授日期：2013年1月萬方數(shù)據(jù)DissertationSubmittedtoShanghaiJiaoTongUniversityfortheDegreeofMasterANALYSISOFTHEFULLGENOMEANDESTABLISHMENTOFFLORESCENCEQUANTITATIVEPCRDETECTIONOFPORCINEKOBUVIRUSAuthor：Changsong
2、WangAdvisor：ProfessorXiuguoHuaMajor：PreventiveVeterinaryMedicineSchoolofAgricultureandBiologyShanghaiJiaoTongUniversityShanghai200240,ChinaJanuary,2013萬方數(shù)據(jù)萬方數(shù)據(jù)萬方數(shù)據(jù)上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文豬嵴病毒全基因組序列分析及熒光定量PCR檢測方法的建立摘要豬嵴病毒(Porcinekobuvirus，PKoV)屬微小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)，嵴病毒屬（Kobuvirus），為單股正鏈RN
3、A病毒。雖然PKoV與豬群中臨床癥狀的關(guān)系尚不確定，但是由于陽性率較高，可能與其他病毒一起發(fā)生混合感染而導(dǎo)致疾病。目前國內(nèi)外針對豬嵴病毒的研究甚少，因此有必要對其進(jìn)行相關(guān)基礎(chǔ)研究。本文主要從PKoV流行病學(xué)調(diào)查、全基因組序列分析、熒光定量PCR檢測方法的建立及初步應(yīng)用等方面進(jìn)行，結(jié)果如下:根據(jù)GenBank上發(fā)表的PKoV全基因組序列，在3D保守區(qū)設(shè)計特異性引物，對上海周邊地區(qū)采集的116份豬糞樣品進(jìn)行PCR檢測。結(jié)果顯示PKoV陽性率為38.8%(45/116)。在三個豬場（分別位于青浦區(qū)、閔行區(qū)和奉賢區(qū)）中，陽性率分別為46.7%(21/45)、35.
4、1%(13/37)和32.4%(11/34)，結(jié)果證實(shí)PKoV在上海周邊地區(qū)豬群中廣泛存在。利用SPSS13.0軟件對實(shí)驗統(tǒng)計結(jié)果進(jìn)行分析，結(jié)果表明仔豬可能比育肥豬更容易感染PKoV，并且可能與腹瀉有關(guān)。利用MEGA4.0軟件進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析，結(jié)果表明在上海地區(qū)PKoV存在基因多樣性。根據(jù)已知的PKoV全基因組序列設(shè)計10對引物，進(jìn)行全基因組序列擴(kuò)增并進(jìn)行序列分析。結(jié)果顯示：病毒的基因組長度為8210nt,僅III萬方數(shù)據(jù)上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文含有一個由7467個核苷酸組成的開放閱讀框（openreadingframes,ORF），編碼一個多聚蛋白為24
5、88aa。通過與參考毒株基因組序列Y-1-CH(GU292559)和S-1-HUN(EU787450)的比較，發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)蛋白區(qū)比非結(jié)構(gòu)蛋白區(qū)具有更多的基因突變。應(yīng)用Simplot軟件對PKoV進(jìn)行全基因組序列的基因重組分析，結(jié)果表明該毒株可能發(fā)生了早期的部分基因重組，可能是PKoV基因多樣性的一個重要基礎(chǔ)。根據(jù)PKoV的全基因組序列設(shè)計引物，通過對反應(yīng)條件的優(yōu)化，建立了SYBRGreenI熒光定量PCR檢測方法，并與常規(guī)RT-PCR檢19測方法進(jìn)行了比較。結(jié)果顯示，在模板濃度7.02×10~7.02×10拷貝/μL范圍內(nèi)建立的標(biāo)準(zhǔn)曲線，熒光閾值（Ct）與其呈
6、現(xiàn)較好的線性關(guān)21系(r=0.9975)，融解曲線特異，檢測靈敏度下限達(dá)7.02×10拷貝/μL，3而常規(guī)RT-PCR方法的檢測下限為7.02×10拷貝/μL，重復(fù)性變異系數(shù)?。?1%）、穩(wěn)定性高，能特異地檢測PKoV，適合于PKoV感染的臨床監(jiān)測或流行病學(xué)調(diào)查等相關(guān)研究。對116份豬糞樣品的檢測結(jié)果進(jìn)一步表明該方法（檢出64份）比常規(guī)RT-PCR方法（檢出45份）的靈敏度高。關(guān)鍵詞：豬嵴病毒，流行病學(xué)調(diào)查，序列分析，熒光定量PCRIV萬方數(shù)據(jù)上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文ANALYSISOFTHEFULLGENOMEANDESTABLISHMENTOFREAL
7、-TIMEPCRDETECTIONOFPORCINEKOBUVIRUSABSTRACTPicornavirusesaresmall,non-envelopedviruseswithasingle-stranded,positive-sensegenomicRNA.Porcinekobuvirus(PKoV)isamemberofthegennusKobuvirusofthefamilyPicornaviridae.AlthoughtherelationshipbetweenthePKoVandtheclinicalsymptomisunclear,theh
8、ighdetectionrateofPKoVinpigsacros
