擬南芥和玉米incrnas的比較基因組分析

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1、分類號(hào)Ｑ２８密級(jí)學(xué)號(hào)１２２０７０碩：ｔ學(xué)位論文（學(xué)術(shù)型）題目擬南芥和玉米ｉｎｃＲＮＡｓ的比較基因組分析作者宿姐指導(dǎo)教師李廣林副教授－級(jí)學(xué)科名稱生物學(xué)二級(jí)學(xué)科名賴細(xì)胞生物學(xué)提交日期二〇—五年五月學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學(xué)位論文是我在導(dǎo)師的指導(dǎo)下進(jìn)行研巧工作所取得的研巧成果？盡我所知，除文中已經(jīng)法明引用的內(nèi)容和致謝的地方外，本論文不包含其他個(gè)人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研宛成果，也不包含本人或他人已申請(qǐng)學(xué)位或其他用途使用過的成果。財(cái)本文的研巧做出重要貢獻(xiàn)的個(gè)人和集

2、體，均己在文中作了明確說明并表示謝意。一本學(xué)位論文若有不實(shí)或者侵犯他人權(quán)利的，本人愿意承擔(dān)切相關(guān)的法律責(zé)任。療艇作者簽名：日撕年月日學(xué)位論文知識(shí)產(chǎn)權(quán)及使用授權(quán)聲明書本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下所完成的學(xué)位論文及相關(guān)成果，知識(shí)產(chǎn)權(quán)婦屬陜西師范大學(xué)。本人完全了解陜西師范大學(xué)有關(guān)保取使用學(xué)位論文的規(guī)定，允許本論文坡査閱和借閱，學(xué)校有權(quán)保留學(xué)檢路文并向國(guó)家有關(guān)部口或機(jī)構(gòu)送交論文的紙質(zhì)版和電子版ｉ，有權(quán)將本論文的全部或部分內(nèi)容窺入有關(guān)務(wù)姬庫進(jìn)斤檢索，可＾＾ｌ采用任何復(fù)制手段保存和匯編本論文。本人保證畢業(yè)離校后，發(fā)表本論文或使用

3、本論文成果時(shí)著名單位仍為陜西師范大學(xué)。保密論文解密后適用本聲明。作者簽名：裔脈日期！年月日摘要一長(zhǎng)鏈非編碼ＲＮＡ一ｎ（ＩｎｃＲＮＡｓ）是類新型的ＲＮＡ分子，其長(zhǎng)度般大于２００ｔ，并且缺乏編碼能力。長(zhǎng)鏈非編碼ＲＮＡ可在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)基因的表達(dá)，它們可作為信號(hào)分子、誘巧分子、引導(dǎo)分子和支架分子來發(fā)揮其對(duì)鞭基因的調(diào)控作用。植物中長(zhǎng)鏈非編碼ＲＮＡ在各種生物過程中都發(fā)揮重要作用，尤其是參與到植物生殖發(fā)育和脅迫響應(yīng)過程中。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，越來越多植物中的ＩｎｃＲＮＡｓ已經(jīng)或者正在被發(fā)現(xiàn)。然而，目前的研

4、究大多集中在ＩｎｃＲＮＡｓ的初歩鑒定和功能方面，尚未見關(guān)于植物ＩｎｃＲＮＡｓ基因自身的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研巧。擬南芥（雙子葉植物）和玉米（單子葉植物）作為科學(xué)研巧的模式生物，目前己經(jīng)在其生理、生化、遺傳發(fā)育、基因組和轉(zhuǎn)錄組，甚至于ＩｎｃＲＮＡｓ方面積累。了大量的數(shù)據(jù)，這為我們?cè)跀M南芥和玉米中進(jìn)行ＩｎｃＲＮＡｓ的系統(tǒng)分衍提供了可能本文擬站在基因組學(xué)和比較基因組學(xué)的角度，對(duì)擬南芥和玉米中的虹ｃＲＮＡｓ，利用序列和保守性、多態(tài)性和進(jìn)化，Ｗ及ＩｎｃＲＮＡｓ的上游啟動(dòng)子等分析手段，來揭示ＩｎｃＲＮＡｓ的轉(zhuǎn)錄調(diào)控和分子進(jìn)化機(jī)制。我們的研究結(jié)果表明

5、：１．序列特征結(jié)果表明擬南芥和玉米ＩｎｃＲＮＡｓ的長(zhǎng)度分布并不集中，堿基組成和ＧＣ含量也明顯不同；２０８Ｉｎｃ．?dāng)M南芥２７條和玉米６６８條ＲＮＡｓ中只有７５對(duì)ＩｎｃＲＮＡｓ中的十幾個(gè)堿基匹配一ｃｓ；進(jìn)步分析擬南芥親緣關(guān)系較近的５個(gè)物種，只有３０條ＩｎＲＮＡ是５個(gè)物種共有的，共有的ＩｎｃＲＮＡｓ比對(duì)結(jié)果表明ＩｎｃＲＮＡｓ的全局保守性較差，但部分區(qū)段保守性高；３．通過全長(zhǎng)ｃＤＮＡ法我們僅預(yù)測(cè)了擬南芥和玉米中１４和３８條虹ｃＲＮＡｓ的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)ｃ－ｋ。利用兩個(gè)物種ＩｎＲＮＡｓ上游區(qū)域的ＧＣｓｅｗ，在擬南芥和玉米中分別預(yù)測(cè)

6、出２３５６和６６０條ＩｎｃＲＮＡｓ的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)；利用ＰｌａｎｔＣＡＲＥ在擬南芥和玉米ＩｎｃＲＮＡｓ上游分別找到１５９和１４６種順式作用元件，兩物種順式作用元件差異性很小。４＞．３０１１１〇腳乂５可＾１２９條保守性較高的，！分為類，構(gòu)建其進(jìn)化樹結(jié)果表明親緣關(guān)系較近的物種ＩｎｃＲＮＡｓ的同源性也不高，ＩｎｃＲＮＡｓ的進(jìn)化速度較快。：ｃＲＮＡｓＩｎｃＲＮＡｓ結(jié)論擬南芥和玉米中的虹序列分析表明，物種間的保守性很差。即使把２７０８條擬南芥ＩｎｃＲＮＡｓ與其親緣關(guān)系較近的５個(gè)物種進(jìn)行比乾其保守性也是較低的，只有３０條ｃＲＮＡｓ是５個(gè)

7、物種共有的（占１１．１％）。啟動(dòng)子Ｉｎ分析結(jié)果表明，擬南芥和玉米共有的順式作用元件有１４６個(gè)，它們包括環(huán)境脅迫Ｉ相關(guān)順式元件、、激素響應(yīng)相關(guān)元件、光循環(huán)相關(guān)元件、發(fā)育相關(guān)元件、核屯啟動(dòng)、子相關(guān)元件位點(diǎn)結(jié)合相關(guān)元件、其他元件Ｗ及未知功能元件八種，主要參與晝夜節(jié)律生物鐘、與環(huán)境的相互作用、脅迫響應(yīng)、通過激素調(diào)節(jié)植物的生長(zhǎng)和發(fā)育等生物學(xué)過程。我們的研究結(jié)果為今后利用實(shí)驗(yàn)手段驗(yàn)證ＩｎｃＲＮＡｓ基因自身的轉(zhuǎn)錄調(diào)控和功能提供了很好的參考。關(guān)鍵詞：長(zhǎng)非編碼ＲＮＡ，擬南芥Ｉ玉米，保守性，啟動(dòng)子ＩＩＡｂｓｔｒａｃｔＬｏｎｇｎｏ

8、ｎｃｏｄｉｎＲＮＡＩｎｃＲＮＡｉｓｎｅｗｔｅｏｆＲＮＡｓｗｈｉｃｈｈａｖｅａｌ