蘋果高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建與重要果實(shí)品質(zhì)性狀qtl定位

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1、分類號(hào)：?jiǎn)挝淮a：密級(jí)學(xué)號(hào)：博士學(xué)位論文蘋果高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建與重要果實(shí)品質(zhì)性狀定位研究生：孫瑞指導(dǎo)教師：韓振海教授合作指導(dǎo)教師：張新忠教授王憶副教授申請(qǐng)學(xué)位門類級(jí)別：農(nóng)學(xué)博士專業(yè)名稱：果樹學(xué)研究方向：果樹種質(zhì)資源與分子育種所在學(xué)院：農(nóng)學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院年月ChinaAgricultureUniversityPh.D.DissertationHigh-densitygeneticlinkagemapconstructionandQTLindentificationforimportantfruitqu

2、alitytraitsinapplePh.D.Candidate:SunRuiSupervisor:ProfessorHanZhenhaiProfessorZhangXinzhongAssociateProfessorWangYiMajor:PomologyResearchField:GermplasmResourceandMolecularBreedingofFruitTreeCollegeofAgronomyandBiotechnologyChinaAgriculturalUniversityMay

3、,2015獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學(xué)位論文是我個(gè)人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知，除了文中已經(jīng)注明引用和致謝的內(nèi)容外，論文中不包含本人和其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不包含為獲得中國農(nóng)業(yè)大學(xué)或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的任何貢獻(xiàn)均已在論文中作了明確的說明并表示了謝意。學(xué)位論文作者簽名：時(shí)間：丨年月對(duì)日關(guān)于學(xué)位論文使用授權(quán)的說明本人完全了解中國農(nóng)業(yè)大學(xué)有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定。本人同意中國農(nóng)業(yè)大學(xué)有權(quán)保存及向國家有關(guān)部門和機(jī)構(gòu)送

4、交論文的紙質(zhì)版和電子版，允許論文被查閱和借閱；本人同意中國農(nóng)業(yè)大學(xué)將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容授權(quán)匯編錄入《中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫》或《中國優(yōu)秀碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫》進(jìn)行出版，并享受相關(guān)權(quán)益。保密的學(xué)位論文在解密后應(yīng)遂守此協(xié)議）學(xué)位論文作者簽名：％、時(shí)間：年夕月日導(dǎo)師簽名‘：：爲(wèi)廣時(shí)間：年月日摘要分子標(biāo)記和遺傳連鎖圖譜是蘋果等多年生木本植物進(jìn)行分子育種的有力工具，本試驗(yàn)以‘紅玉’、‘金冠’以及‘紅玉’‘金冠’雜交群體為試材，利用測(cè)序和重測(cè)序分子生物技術(shù)手段，進(jìn)行了蘋果高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建和標(biāo)記

5、的開發(fā)。測(cè)序釆用五和分別進(jìn)行酶切。構(gòu)圖時(shí)，分群閾值設(shè)置為，采用回歸算法和函數(shù)計(jì)算遺傳距離。最終，得到了一張由個(gè)標(biāo)記和個(gè)單株組成的遺傳連鎖圖譜。其中，有個(gè)標(biāo)記定位在了‘紅玉’的連鎖圖譜上，圖譜總長為標(biāo)記密度為標(biāo)記；有個(gè)標(biāo)記定位在了‘金冠’的連鎖圖譜上，圖譜總長為標(biāo)記密度為標(biāo)記。利用該連鎖圖譜，對(duì)蘋果重要的品質(zhì)性狀進(jìn)行了定位。共得到個(gè)顯著的位點(diǎn)，其中與果實(shí)酸度相關(guān)的有個(gè)，定位在個(gè)，個(gè)，和上；個(gè)與單果重相關(guān)的分別位于和硬度相關(guān)的個(gè)均在上；而與糖含量相關(guān)的個(gè)位點(diǎn)定位在和上。在上述個(gè)中，貢獻(xiàn)率大于的主效有個(gè)。位于

6、上與蘋果酸，檸檬酸和總酸相關(guān)的均與標(biāo)記緊密連鎖。和的峰值均為，貢獻(xiàn)率為和，而的峰值為，貢獻(xiàn)率為。與檸檬酸相關(guān)，定位在峰值標(biāo)記為，可以解釋的表型變異。與乙酸相關(guān)的位點(diǎn)，貢獻(xiàn)率為，連鎖標(biāo)記為。，與果糖相關(guān)，位于，距離其最近的標(biāo)記為。和與果實(shí)硬度相關(guān)，其中的值為，可解釋的表型變異為，連鎖標(biāo)記為和。位于標(biāo)記和之間，貢獻(xiàn)率為。隨后對(duì)其中個(gè)區(qū)間并能夠?qū)?yīng)到參考基因組上的進(jìn)行了候選基因蹄選。最終，得到果實(shí)酸度候選基因個(gè)，單果重候選基因個(gè)以及硬度候選基因個(gè)。對(duì)果實(shí)酸度候選基因進(jìn)行表達(dá)分析，發(fā)現(xiàn)￥的基因表達(dá)變化與蘋果果實(shí)

7、酸度變化相一致。為了深入挖掘雙親的變異，分別對(duì)‘紅玉’和‘金冠’進(jìn)行全基因組重測(cè)序。測(cè)序采用測(cè)序平臺(tái)，雙端測(cè)序，讀長為，插入片段約為。在紅玉’中共得到了個(gè)位點(diǎn)，約即有一個(gè)標(biāo)記；在‘金冠’中得到了個(gè)位點(diǎn)，約—個(gè)標(biāo)記。雜合度分析顯示，‘紅玉’的雜合度較高，為每—個(gè)雜合位點(diǎn)，而‘金冠’則為—個(gè)雜合位點(diǎn)。對(duì)遺傳圖譜和重測(cè)序數(shù)據(jù)綜合分析，利用手段，初步證明了紅玉’和之間的染色體重排為的片段復(fù)制后插入了。此外，還分析了雙親候選基因的序列差異，為基因驗(yàn)證打下了基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞：蘋果品質(zhì)，測(cè)序，遺傳連鎖圖譜，重測(cè)序，Abs

8、tactMolecularmarkersandgeneticlinkagemapsareeficienttoolsformoleculebreedinginwoodyperennialssuchasapple.Inthisstudy,&eF1populationderivedfrom‘‘’‘，，，，，’’，heterozygositywith'GoldenDeicious'(237bpperlocus),itishigherin'Jonat