資源描述：
《基于DNA微陣列的甲基化定量檢測方法研究》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、中文摘要論文題目：基于DNA微陣列的甲基化定量檢測方法研究碩士研究生：鄭文莉?qū)熜彰宏懽婧杲淌趯W(xué)校名稱：東南大學(xué)DNA甲基化是一種霞要的表現(xiàn)遺傳現(xiàn)象，在細(xì)胞分化、發(fā)育及增殖過程中起著十分霞要的作用．近來研究發(fā)現(xiàn)，腫瘤細(xì)胞中基因組總體甲摹化水平的降低和某些基因啟動子區(qū)發(fā)生過甲基化是腫瘤最早，也是最常見的分子改變之一。異常DNA甲基化與腫瘤抑制基因的轉(zhuǎn)錄失活密切相關(guān)，這種現(xiàn)象在腫瘤中非常普遍。因此，異常DNA甲基化的檢測可以作為腫瘤診斷和預(yù)后的～個有用的分子標(biāo)記。近年來相關(guān)的研究方法發(fā)展迅速，而基因芯片／微陣列的出現(xiàn)為DNA甲基化的高通量檢測提供了強(qiáng)有力的技術(shù)平臺。
2、本文基于微陣列的思路，發(fā)展了兩種DNA甲基化定量分析的方法：1．基于微陣列的E-cadherin基因啟動子區(qū)域甲基化定量分析DNA甲基化的定量分析對于腫瘤的早期診斷和預(yù)后分析十分重要，而E-cadherin基因是一重要的抑癌基因，在多種腫瘸發(fā)生過程中表達(dá)下調(diào)，已有實(shí)驗(yàn)證實(shí)其表達(dá)抑制與其啟動子區(qū)域異常甲基化密切相關(guān)。我們基于生物芯片技術(shù)發(fā)展了對該基因啟動子區(qū)CpG島甲基化定量分析的方法。靶序列來自、5例正常人外周血與15例自血病樣本，經(jīng)咂硫酸氫鹽修飾后，甲基化的胞嘧啶保持不變，而未甲基化的胞嘧啶在PCR擴(kuò)增后則轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏?。根?jù)這種變化，我們設(shè)計了5組寡聚核苷酸探
3、針。然后，利用完全甲基化的陽性克隆與非甲基化的陰性克隆制各標(biāo)準(zhǔn)曲線，通過比對來判斷樣本中E-cadherin基因的甲基化狀態(tài)，微陣列結(jié)果通過MSP和克隆測序得以驗(yàn)證。結(jié)果表明，該微陣列能很好地榆測樣品中E-cadherin基因的甲基化狀態(tài)。所有樣本均發(fā)生了一定程度的甲基化，一半以上的樣本甲基化程度在50％以上，并且發(fā)現(xiàn)了潛在的甲基化熱點(diǎn)位置。因此，該微陣列能很好地應(yīng)用于樣本眾多個CpG位點(diǎn)的甲基化檢測，相對MSP而言．該方法能更全面的獲得特定片斷內(nèi)的甲基化信息，相比克隆測序而言，則具備快速敏感的優(yōu)勢。2．基于在膜原位亞硫酸氫鹽翻轉(zhuǎn)的多樣本甲基化定量分析多樣本的甲基
4、化定量分析一直是甲基化研究中的難點(diǎn)，而對多個樣本逐一進(jìn)行必要的亞硫酸氫鹽翻轉(zhuǎn)處理則增加了實(shí)驗(yàn)的操作難度。在此，我們開發(fā)了一種新方法，即在尼龍膜上固定樣本后直接在膜原位亞硫酸氫鹽處理，然后與標(biāo)記地高辛的特異性探針雜交，通過化學(xué)發(fā)光的方法獲取雜交信號，構(gòu)建陽性與陰性參照建立標(biāo)準(zhǔn)曲線后，即可應(yīng)用于后續(xù)的甲基化定量分析，獲取多樣本的甲基化信息。作為嘗試性實(shí)驗(yàn)，本實(shí)驗(yàn)中所用樣本為pUCl9質(zhì)粒DNA。在甲基化酶處理出不同甲基化模式后點(diǎn)于膜上．根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計成功檢測并實(shí)現(xiàn)了定量化，表明該方法在不依賴液帽亞硫酸氫鹽處理和PCR擴(kuò)增的情況下，能夠簡單有效地進(jìn)行cpG位點(diǎn)的甲基化定量
5、分析，并完全能夠?qū)崿F(xiàn)大規(guī)模樣本甲基化定量分析。這種方法無需復(fù)雜的實(shí)驗(yàn)操作過程，快速簡單是其最大的優(yōu)點(diǎn)，同時實(shí)驗(yàn)結(jié)果也證實(shí)該方法具有高靈敏度的特點(diǎn)。關(guān)鍵詞：基因芯片廠傲陣列甲基化定量分析白血病E-(mdherin亞硫酸氫鹽翻轉(zhuǎn)-111-東南』=學(xué)碩士學(xué)位論文英文摘要(Abstract)Title：Twomicrour珂-ImsedmethodsforquantitativeanalysisofDNAmethylationCandidateMaster：ZhengWen-liSupervisor：Prof&jsorLUZu-HongNameoftheUniversit
6、y：SoutheastUniversityAberrantDNAmethylationofCpGsiteisamongtheearliestandmostfrequentalterationsincancer．cpGislandhypermathylatiouiscloselyassociatedwithtranscriptionalinactivationofclassictumorsuppressorgenes，whichisacommonfeatureinhumancarcinomas．Therefore，thedetectionofpromoterhype
7、rmethylationofcancer-relatedgenemaybeusefulforcanccTdiaBnosisofthedctectionofi'ccurltTicc．Recently，avarietyofmethodsaredevelopedtoevaluatethemethylationstatusofgenes．Ontheotherbend，theadventofmicroarraytechnologyhasdriventhedevelopmentofaccessible，high-throughputandinexpensivetoolsfor
8、detec
