蛋白預(yù)測(cè)-轉(zhuǎn)錄后修飾及其相互作用

蛋白預(yù)測(cè)-轉(zhuǎn)錄后修飾及其相互作用

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1、轉(zhuǎn)錄后修飾預(yù)測(cè)Post-translationalmodificationprediction蛋白質(zhì)合成后的分泌及加工修飾不論是原核還是真核生物,在細(xì)胞漿內(nèi)合成的蛋白質(zhì)需定位于細(xì)胞特定的區(qū)域,有些蛋白質(zhì)合成后要分泌到細(xì)胞外,這些蛋白質(zhì)叫做分泌蛋白。在細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)起作用的蛋白質(zhì)一般靠擴(kuò)散作用而分布到它們的目的地。如內(nèi)膜含有參與能量代謝和營養(yǎng)物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)的蛋白質(zhì);外膜含有促進(jìn)離子和營養(yǎng)物質(zhì)進(jìn)入細(xì)胞的蛋白質(zhì);在內(nèi)膜與外膜之間的間隙稱為周質(zhì),其中含有各種水解酶以及營養(yǎng)物質(zhì)結(jié)合蛋白。真核生物細(xì)胞結(jié)構(gòu)更為復(fù)雜,而且有多種不同的細(xì)胞器,它們又具有各不相同的膜結(jié)構(gòu),因此合成好的蛋白質(zhì)還要面臨跨越不同的

2、膜而到達(dá)細(xì)胞器械,有些蛋白質(zhì)在翻譯完成后還要經(jīng)過多種共價(jià)修飾,這個(gè)過程叫做翻譯后處理。運(yùn)輸標(biāo)簽---信號(hào)肽信號(hào)肽是未成熟蛋白質(zhì)中,可被細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)識(shí)別的特征氨基酸序列。蛋白質(zhì)在核蛋白體合成后要靶向輸送到其執(zhí)行功能的目標(biāo)地點(diǎn)。穿過合成所在細(xì)胞到其他組織細(xì)胞中的蛋白質(zhì)統(tǒng)稱為分泌性蛋白質(zhì)。分泌性蛋白上有一段疏水性氨基酸較多的肽段,稱為信號(hào)肽(signalpeptide),其作用是把合成的蛋白質(zhì)移向細(xì)胞膜并與胞膜結(jié)合,然后把合成蛋白送出胞外。信號(hào)肽一級(jí)結(jié)構(gòu)特征一般由10多個(gè)至40多個(gè)氨基酸殘基組成,大致分為三個(gè)區(qū)段。N端有帶正電荷的氨基酸,如賴氨酸和精氨酸,稱為堿性氨基末端。中間較大的或

3、更多的以中性氨基酸為主組成疏水核心區(qū),常見有亮氨酸、異亮氨酸等。C端含有小分子如甘、丙、絲氨酸較多,是被信號(hào)肽酶剪切的部位,稱為加工區(qū)。信號(hào)肽預(yù)測(cè)結(jié)果酶切位點(diǎn)信號(hào)肽信號(hào)肽確定Cd133(p00533)有的非分泌性蛋白,雖然C分和S分都高于域值,SignalP根據(jù)其Y分和S分平均值仍能作出準(zhǔn)確判斷對(duì)于典型的非分泌蛋白,整個(gè)序列的各項(xiàng)分?jǐn)?shù)都很低,看圖確定是否為分泌性蛋白的依據(jù)練習(xí)烯醇化酶x56832是在線粒體膜上,用信號(hào)肽軟件分析一下該基因編碼蛋白信號(hào)肽,分析一下結(jié)果。Cd133(p00533)是細(xì)胞膜表面蛋白,用信號(hào)肽軟件分析該蛋白信號(hào)肽序列。在ncbi上檢索x56832找出編碼蛋

4、白MAMQKIFAREILDSRGNPTVEVDLHTAKGRFRAAVPSGASTGIYEALELRDGDKGRYLGKGVLKAVENINNTLGPALLQKKLSVVDQEKVDKFMIELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGNPDLILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKYGKDATNVGDEGGFAPNILENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLDFKSPDDPARHITGEKLGELYKSFIKNYPVVSI

5、EDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDLTVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQIKTGAPCRSERLAKYNQLMRIEEALGDKAIFAGRKFRNPKAK變成fasta格式烯醇化酶x56832蛋白質(zhì)翻譯后加工修飾1.氨基端和羧基端的修飾2.共價(jià)修飾許多的蛋白質(zhì)可以進(jìn)行不同的類型化學(xué)基團(tuán)的共價(jià)修飾,修飾后可以表現(xiàn)為激活狀態(tài),也可以表現(xiàn)為失活狀態(tài)。(1)磷酸化:磷酸化多發(fā)生在多肽鏈絲氨酸,蘇氨酸的羥基上,偶爾也發(fā)生在酪氨酸殘基上,這種磷酸化的過程受細(xì)胞內(nèi)一

6、種蛋白激酶催化,磷酸化后的蛋白質(zhì)可以增加或降低它們的活性,例如:促進(jìn)糖原分解的磷酸化酶,無活性的磷酸化酶b經(jīng)磷酸化以后,變居有活性的磷酸化酶a。而有活性的糖原合成酶I經(jīng)磷酸化以后變成無活性的糖原合成酶D,共同調(diào)節(jié)糖元的合成與分介。S:CH2OHCH(NH2)COOHY:T:CH3CH(OH)CH(NH2)COOH(2)糖基化:質(zhì)膜蛋白質(zhì)和許多分泌性蛋白質(zhì)都具有糖鏈,這些寡糖鏈結(jié)合在絲氨酸(S)或蘇氨酸(T)的羥基上,例如紅細(xì)胞膜上的ABO血型決定簇。也可以與天門冬酰胺(N)連接。這些寡糖鏈?zhǔn)窃趦?nèi)質(zhì)網(wǎng)或高爾基氏體中加入的(3)羥基化:膠原蛋白前α鏈上的脯氨酸和賴氨酸殘基在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中受

7、羥化酶、分子氧和維生素C作用產(chǎn)生羥脯氨酸和羥賴氨酸,如果此過程受障礙膠原纖維不能進(jìn)行交聯(lián),極大地降低了它的張力強(qiáng)度。(4)二硫鍵的形成:糖基化修飾位點(diǎn)去uniprot上查詢一個(gè)序列P00533生長因子受體數(shù)據(jù)庫中的糖基化位點(diǎn)以FASTA格式輸入糖基化位點(diǎn)用顏色表示出來另一種表達(dá)方式以列表形式給出結(jié)果結(jié)果說明glycosylatedsites+Potential>0.5++Potential>0.5ANDJuryagreement(9/9)ORPotential>0.75+++Po

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