轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組比較研究進展

《轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組比較研究進展》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。

1、萬方數(shù)據(jù)萬方數(shù)據(jù)萬方數(shù)據(jù)生物化學(xué)與生物物理進展Pmg．Bi眥h哪．Biophys．·10l·消除了．最早大規(guī)模進行兩點差異比較探索的是2001年Ideker等【10】的工作．Ideker對在有和無半乳糖的條件下酵母mRNA和蛋白質(zhì)表達水平的比較研究發(fā)現(xiàn)，對于在網(wǎng)絡(luò)中具有物理相互作用的基因，基因和蛋白質(zhì)表達水平差異的相關(guān)性明顯較強．Gri伍n等【n】對之進行了進一步的分析，得到兩者的SpeamaIl秩相關(guān)系數(shù)為0．21，表明mRNA變化和蛋白質(zhì)的變化呈弱正相關(guān)．對糖、乙醇代謝和能量產(chǎn)生相關(guān)基因的mRNA和蛋白質(zhì)水平變化的分析，發(fā)現(xiàn)不同通路的mRNA和蛋白質(zhì)表達差異的相關(guān)性是不同的．

2、washb啪等【-2】對在營養(yǎng)充足和限制的介質(zhì)中培養(yǎng)的酵母進行分析，發(fā)現(xiàn)mRNA改變量和蛋白質(zhì)改變量的Speannan秩相關(guān)系數(shù)只有O．45．其中甲硫氨酸生物合成途徑相關(guān)蛋白幾乎完全是正相關(guān)的，表明rI武NA和蛋白質(zhì)表達水平的對應(yīng)關(guān)系研究不應(yīng)該是所有基因的分析，而應(yīng)該是基于通路中各基因的分析．對用ErbB特異的生長因子heregulinb1刺激后，ErbB．2受體酪氨酸激酶過表達的哺乳動物腔上皮細胞系的研究表明，其43個對應(yīng)基因的蛋白質(zhì)和mRNA表達差異在統(tǒng)計學(xué)上表現(xiàn)出顯著的強相關(guān)性n=0．81，尸≮0．001)．說明mRNA表達水平的改變以及蛋白質(zhì)表達水平改變有較強的正相關(guān)性【

3、131．此外，Lian等【-8】雖然研究的是鼠骨髓分化程序中的多個時相，但用于比較的只有兩個點，因而也可以算是差異的比較研究．其研究結(jié)果表明，有80％的基因mRNA和蛋白質(zhì)豐度的變化方向是相同的，定量相關(guān)性達到rI)_0．58(51個基因)．從總體上來說，轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組表達水平差異的相關(guān)性較好，大部分基因轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組變化方向是相同的，而在特定代謝通路，細胞過程的基因以及在網(wǎng)絡(luò)中具有物理相互作用的基因，轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的相關(guān)性更高【9】．但也有少量報道發(fā)現(xiàn)相關(guān)性很低【191．同樣，研究表明某些基因的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組表達水平差異是明顯不同的．比如，Gri伍n等【n]對酵母的研究

4、發(fā)現(xiàn)，定位在線粒體上的蛋白質(zhì)所對應(yīng)的基因及蛋白質(zhì)合成相關(guān)的基因呈現(xiàn)負相關(guān)．white等【-3】在研究人類上皮細胞系時雖然得到了相關(guān)系數(shù)達到0．81的結(jié)果，但也發(fā)現(xiàn)有些基因mRNA和蛋白質(zhì)豐度的變化方向是相反的，如EGFR和YWHAB基因．1．3多點時序比較時序研究一般是著眼于在某種外界刺激或某種狀態(tài)變化過程中，不同時間點的mRNA和蛋白質(zhì)表達水平的變化過程．2003年Yoon等【14】對Eco如細胞密度增大過程中mRNA和蛋白質(zhì)表達的動態(tài)變化進行了詳細的研究．所研究57個基因的mRNA和蛋白質(zhì)表達水平的動態(tài)變化中，Ir瓜NA和蛋白質(zhì)表達水平的變化大部分是相似的，只有7個基因有差異

5、．大部分時序變化研究結(jié)果表明，轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的變化趨勢比較相似-4，刎，但在肺癌研究中得到了蛋白質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組差異較大的結(jié)果[21】．1．4多點非時序比較除了上述3類基于同類型的組織、細胞等單個點、差異點或時序的研究外，還有另外一個類型的研究．這類研究關(guān)注點在于相關(guān)細胞、細胞器的比較．由于這類研究沒法按差異或時序的方式考慮，因此，其分析方式比較特殊．而且，由于這方面的研究一般樣本量較大，因此可以根據(jù)這些數(shù)據(jù)求出單個基因的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的相關(guān)性，再進行綜合分析．2002年，Chen掣-5】對76個肺腺癌和9個正常肺組織進行了轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的平行研究，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在所研究的2DE膠

6、上165個點(98個基因)中，有28個點(21個基因)具有統(tǒng)計學(xué)上顯著的相關(guān)性(r>0．2445，P

7、，Nishizuka等【16】利用cDNA和oligo基因芯片以及反相溶解物芯片(reVerse-phaselysatemicroamlys)對人類NCI一60的60個癌細胞系進行了轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的研究，得到19個在cDNA和oli90基因芯片中相關(guān)性很好的基因．這19個基因的cDN撕rotein總體相關(guān)性為0．52，oligo／protein的總體相關(guān)性為0．40．萬方數(shù)據(jù)萬方數(shù)據(jù)萬方數(shù)據(jù)萬方數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組比較研究進展作者：吳松鋒，朱云平，賀福初作者單位：軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院