資源描述：
《DNA 序列拼接軟件》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、DNAStar→Seqman(subprogramofDNAStar)----------------------------------Sequencher5.0Demo序列拼接軟件，還具有ORF分析、蛋白翻譯、酶切位點作圖、雜合子識別等分析功能。-------------------------------------百度注冊信息User’sname:序列拼接Password:xulie123456---------------------------------用ContigExpress做序列拼接ContigExpress軟件可用于做序列拼接，主要使用方法如下：解壓縮下載的
2、壓縮文件contig.zip文件，保證文件CExpress.exeContigExpress軟件可用于做序列拼接，主要使用方法如下：解壓縮下載的壓縮文件contig.zip文件，保證文件CExpress.exe,Gexudat.def在同一個目錄下，打開Cexpress.exe應(yīng)用程序，進(jìn)入ContigExpress操作界面。點擊菜單上的“Project”選擇“AddFragments”，一般我們發(fā)給您的是SCF文件，如果您有其它格式的文件，也可以選擇。選擇您存放SCF文件（即我們Email給您的測序結(jié)果的彩圖文件）的目錄，選擇文件并打開，從而添加進(jìn)ContigExpress軟件。
3、在此以A、B兩個序列為例，如果有多個序列的也可以同時添加進(jìn)入。選中要拼接的序列，再選菜單中的“Assemble”下的“AssembleSelectedFragments”命令，或用工具欄上的按鈕。若兩個結(jié)果能夠拼接起來的，會得到一個Assemble1下的contig1的結(jié)果。雙擊contig1，打開拼接后的結(jié)果。此時可能會因為兩條序列的測序結(jié)果誤差，會有不同的地方，在拼接圖片框中的綠色豎杠就表示了這些不同的地方。接著可點擊綠色豎杠找到有誤差的地方，進(jìn)行修改。在修改過程中，遇到有誤差的地方，可以根據(jù)峰形來判斷是多讀還是漏讀來進(jìn)行修改，此時電腦認(rèn)為是漏讀堿基的地方會以點來表示，此處很明
4、顯是A序列上多讀了一個G堿基，可將其刪除。（注：因為軟件本身的問題，只有在拼接過程中是正向的序列才能進(jìn)行修改操作，若在反向上修改堿基，保存時會產(chǎn)生錯誤而直接關(guān)閉程序。所以若要修改反向序列上的堿基，可先保存后，把原有的Assemble1的結(jié)果拆開，點序列圖標(biāo)上的“Name”，所選中的序列上的一個“name”橫欄，使序列按Name的升降次序來排列，把要作為正向的序列放到要作為反向序列上面即可。以此序列為例，將其改變方向后可實現(xiàn)反向拼接。此時反向拼接中，電腦也會將整條序列自動進(jìn)行反向互補(bǔ)。若有多條序列只要讓反向序列在正向序列上即可。建議最好是修改一個堿基后就保存一下，然后拆開了再拼接，這
5、樣可以最大程度地避免誤差。）全部修改完成后，所有的綠色豎杠就消失了，但電腦對那些個別堿基不同，即沒有多讀或漏讀的現(xiàn)象，不會用綠色豎杠標(biāo)出，這樣也就是說，在整個序列中還有誤差存在，所以這時我們就需要用到工具欄上的另一個按鈕“findnextambiguous”，來找序列中因兩條序列堿基不同而出現(xiàn)的N值，需要記住此時也只能在正鏈上進(jìn)行修改。此處依據(jù)峰形可確定A鏈上的C應(yīng)該為A，把它校正即可。經(jīng)過校正和修改之后，兩條序列的重疊部分已經(jīng)完全一致，序列已經(jīng)拼通，可以把整個拼接結(jié)果保存下來，若想拷貝并保存整條序列，可以右擊contig1選取“SelectAll”，再選“Copysequence
6、from…bpto…bp”。然后打開可存放文本的應(yīng)用程序，如記事本，把整個序列粘貼進(jìn)去，保存即可。--------------------------------------Contig重疊群A?contig?(from?contiguous)isasetofoverlappingDNA?segmentsderivedfromasinglegeneticsource.AcontiginthissensecanbeusedtodeducetheoriginalDNAsequence?ofthesource.Thismeaningof?contig?isinaccordancewith
7、theoriginaldefinitionbyStaden(1979).A?contigmap?depictstherelativeorderofalinkedlibraryofcontigsrepresentingacompletechromosomesegment.SemanticdriftTheword?contig?issometimesusedtorefertoonesegmentofacontigintheoriginalsense.A?contig?is
