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1、計算機的計算能力----以生物信息學(xué)為例李紹華信息學(xué)院計算機科學(xué)與技術(shù)系20世紀(jì)三個重大的科技工程:1.曼哈頓計劃(原子彈研制)2.阿波羅登月計劃3.人類基因組計劃(HGP):美英法德日中六國HumanGeneProgram的目的:完成人基因組24條染色體上5萬左右基因的作圖和30億堿基的DNA全序列的測定。得到以下數(shù)據(jù):遺傳圖、物理圖、全序列圖??啥ㄎ慌c疾病有關(guān)的基因?新藥設(shè)計和疫苗制備?;蛑邪巳祟惖倪z傳密碼;基因測序的完成,意味著密碼已“偷到”,可這個密碼里寫的是什么呢?生物信息學(xué)研究熱點計算問題研究思路ccgtacgta
2、cgtagagtgctagtctagtcgtagcgccgtagtcgatcgtgtgggtagtagctgatatgatgcgaggtaggggataggatagcaacagatgagcggatgctgagtgcagtggcatgcgatgtcgatgatagcggtaggtagacttcgcgcataaagctgcgcgagatgattgcaaagragttagatgagctgatgctagaggtcagtgactgatgatcgatgcatgcatggatgatgcagctgatcgatgtagatgcaataagtcgatg
3、atcgatgatgatgctagatgatagctagatgtgatcgatggtaggtaggatggtaggtaaattgatagatgctagatcgtaggtagtagctagatgcagggataaacacacggaggcgagtgatcggtaccgggctgaggtgttagctaatgatgagtacgtatgaggcaggatgagtgacccgatgaggctagatgcgatggatggatcgatgatcgatgcatggtgatgcgatgctagatgatgtgtgtcagtaagtaagcgatgcg
4、gctgctgagagcgtaggcccgagaggagagatgtaggaggaaggtttgatggtagttgtagatgattgtgtagttgtagctgatagtgatgatcgtag…………………………………基因序列中包含著有機體的大量信息gcgtacgtacgtagagtgctagtctagtcgtagcgccgtagtcgatcgtgtgggtagtagctgatatgatgcgaggtaggggataggatagcaacagatgagcggatgctgagtgcagtggcatgcgatgtcgatgatagcg
5、gtaggtagacttcgcgcataaagctgcgcgagatgattgcaaagragttagatgagctgatgctagaggtcagtgactgatgatcgatgcatgcatggatgatgcagctgatcgatgtagatgcaataagtcgatgatcgatgatgatgctagatgatagctagatgtgatcgatggtaggtaggatggtaggtaaattgatagatgctagatcgtaggtagtagctagatgcagggataaacacacggaggcgagtgatcggtaccgg
6、gctgaggtgttagctaatgatgagtacgtatgaggcaggatgagtgacccgatgaggctagatgcgatggatggatcgatgatcgatgcatggtgatgcgatgctagatgatgtgtgtcagtaagtaagcgatgcggctgctgagagcgtaggcccgagaggagagatgtaggaggaaggtttgatggtagttgtagatgattgtgtagttgtagctgatagtgatgatcgtag…….通過對生物數(shù)據(jù)的分析可以獲得基因序列中所包含的有機體的大量重要信
7、息分子生物學(xué)是一門信息科學(xué)。。。--LeroyHood,ISB生物信息的海量性近20年來,分子生物學(xué)發(fā)展的一個顯著特點是生物信息的劇烈膨脹,且迅速形成了巨量的生物信息庫。近年來GenBank中的DNA堿基數(shù)目呈指數(shù)增加,大約每14個月增加一倍。到1999年12月其數(shù)目已達(dá)30億,它們來自47000種生物。2000年4月DNA堿基數(shù)目是60億。2001年初這一數(shù)目已達(dá)110億。預(yù)計2005年達(dá)到300億。各種生物的EST序列已達(dá)600多萬條,其中人類的EST序列已超過300萬條,估計覆蓋人類基因90%以上;UniGene的數(shù)目約達(dá)7
8、萬個;自1999年初單核苷酸多態(tài)性(SNPs,SingleNucleotidePolymorphisms)數(shù)據(jù)庫出現(xiàn)以來,到2000年3月20日SNP的總數(shù)是26569,現(xiàn)在已超過350萬計算機運算速度:18個月增長一倍;DNA序列數(shù)