基因流分析流程

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1、基因流計算文檔說明一.基因流大小估算群體結(jié)構(gòu)模式是海島結(jié)構(gòu)模式，基因流在群體間是隨機的、均一的而幾群體也耍達到漂變■遷移平衡，遷移個體來自所有其他群體屮隨機的一個遺傳變異群體。該模型的基本思想是假設1個群體分化為無限多個亞群體，亞群體在空間呈離散分布，每個亞群體接受一小部分來自整個群體的遷移個體。遷移率與遷移基因頻率在任一世代內(nèi)假設為常數(shù)。島嶼模型中的Nm為每代遷入的冇效個體數(shù)，即基因流的佔計值。其計算公式為：N嚴右Wright,S.Thegeneticalstructureofpopulations.A

2、nnEugen,1951.15（4）:p.323-54.二.長期基因流流向計算采用MIGRATE-N軟件中Bayesianinference的策略估算群體間基因流流向，對于群體A和群體B之間基因流流向來說，存在四種可能的模型：1）基因流在A和B之間雙向流動；2）基因流從A流向B；3）基因流從B流向A；4）兩者為同一群體。該軟件通過分別計算前三種模型的marginallikelihood值，再轉(zhuǎn)換為BayesFactors進行比較來確定各模型的可能性。（1）軟件運行命令MIGRATIONRATEANDPOP

3、ULATIONSIZEESTIMATIONusingMarkovChainMonteCarlosimulationPDFoutputenabled[Letter-size]Version3?6?4ProgramstartedatFriAug809:40:362014Settingsforthisrun:DDatatypecurrentlysetto:DNAsequencemcxielIInput/OutputformatsPParameters[start,migrationmcxiel]SSearchs

4、trategyWWriteaparmfileQQuittheprogramTochangethesettingstypetheletterforthemenutochangeStarttheprogramwithtypingYesorY=>□parmfile為參數(shù)文件，具體設置詳見（3）。（2）輸入文件格式MIGRATE-N軟件支持多種輸入格式，但此類軟件運行時間均非常'漫長，在利用檢測到的全基因組SNP作基因流流向估計時，為減少運行時間，我們通常把所冇位點SNP連成DNA序列來進行運算，在此我們僅介紹D

5、NA序列模式的輸入文件格式：22MakebelievedatasetusingSimulateddata(2loci)50463popleisACACCCAACACGGCCCGCGGACAGGGGCTCGAGGGATCACTGACTGGCACzwoACACAAAACACGGCCCGCGGACAGGGGCTCGAGGGGTCACTGAGTGGCACdrueATACCCAGCACGGCCGGCGGACAGGGGCTCGAGGGAGCACTGAGTGGAACeisACGCGGCGCGCGAACGAAGACCAA

6、ATCTTCTTGATCCCCAAGTGTCzwoACGCGGCGCGAGAACGAAGACCAAATCTTCTTGATCCCCAAGTGTCdrueACGCGGCGCGAGAACGAAGACCAAATCTTCTTGATCCCCAAGTGTC2pop2vierCAGCGCGCGTATCGCCCCATGTGGTTCGGCCAAAGAATGGTAGAGCGGAGfuefCAGCGCGAGTCTCGCCCCATGGGGTTAGGCCAAATAATGTTAGAGCGGCAvierTCGACTAGATCTGCAGC

7、ACATACGAGGGTCATGCGTCCCAGATGTGfuefTCGACTAGATATGCAGCAAATACGAGGGGCATGCGTCCCAGATGTG第一行：分為4列數(shù)據(jù)信息，第一列留空，第二列為群體數(shù)冃，第三列為位點數(shù)目，笫四列為數(shù)據(jù)注釋；笫二行：列數(shù)與位點數(shù)目等同，每列為該位點所含堿基數(shù)；第三行：群體1信息，列出群體內(nèi)個體數(shù)及群體名字；第四行起：每個位點該群體內(nèi)個體信息。(3)運行參數(shù)主要為parmfile參數(shù)文件的設置，該設置町以在命令行中修改，也可以直接采用文本編輯器直接編輯。①設置輸入輸

8、岀文件路徑INPUT/OUTPUTFORMATS(forBayesianapproach)[approachcanbechangedinSEARCHStrategy]INPUT:infileYES1Datafilenameis2Useautomaticseedforrandomisation?3TitleoftheanalysisisOUTPUT:5Printindicationsofprogres