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《xcms了解和使用》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在工程資料-天天文庫。
1、實用XCMS包用法1.?前期準備數(shù)據(jù)類型：NetCDF,?mzXML,?mzData。所以首先需要把自己的文件通過相應(yīng)的軟件轉(zhuǎn)化成這類文件。數(shù)據(jù)位置：因為xcms會記錄下數(shù)據(jù)所在的位置，并且在數(shù)據(jù)分析過程中會來回從文件夾中讀取數(shù)據(jù)。所以不要再隨意改變數(shù)據(jù)所在的文件的位置。數(shù)據(jù)來源：來源不同的數(shù)據(jù)應(yīng)當分開進行數(shù)據(jù)前處理。比如正離子和負離子模式下得到的數(shù)據(jù)，不同的洗脫梯度下得到的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)存儲：xcms可以根據(jù)數(shù)據(jù)所在的文件夾的來識別不同的數(shù)據(jù)組。比如你想研究某一藥物在兩組病人間的縱向效應(yīng)（longitudinaleffect），
2、然后你可以把你的兩組數(shù)據(jù)分別存入命名為groupA和groupB的文件夾，這樣xcms可以識別這兩個組。每個文件夾內(nèi)你還可以繼續(xù)細分，比如按時間‘day1’，‘day2’等等。xcms會自動給這些數(shù)據(jù)命名為groupA/day1，groupA/day2，等等。（所以這里你要根據(jù)你的數(shù)據(jù)組來把它們存入不同的文件夾）。如果這里描述的不清楚的話，我會在后面的例子里進一步說明。?下面將會以一個詳細的例子來分布解說xcms是如何處理LC-MS數(shù)據(jù)的。2.?數(shù)據(jù)分析2.1???文件讀取cdfpath<-system.file("cdf",
3、package="faahKO")???system.file作用是尋找包里面文件的路徑和全名。這里指的是在叫‘faahKO’的包中找到文件類型為‘cdf’的文件的全名。list.files(cdfpath,recursive=TRUE)文檔實用[1]"KO/ko15.CDF""KO/ko16.CDF""KO/ko18.CDF""KO/ko19.CDF""KO/ko21.CDF"[6]"KO/ko22.CDF""WT/wt15.CDF""WT/wt16.CDF""WT/wt18.CDF""WT/wt19.CDF"[11]"WT
4、/wt21.CDF""WT/wt22.CDF"list.files是讀取該路徑下的文件夾或文件名，并以字符型向量存儲。當然，這兩條代碼對我們都不重要，它們只是單純的為了從這個包里面讀取數(shù)據(jù)。2.2???過濾及譜峰檢測（filtrationandpeakidentification）Library（xcms）每次使用這個包之前先要加載。cdffiles<-list.files(cdfpath,recursive=TRUE,full.names=TRUE)讀取cdf文件，這里如果你要讀取你自己的文件，你只要把cdfpath換成你的
5、文件夾所在的位置就行，比如你的數(shù)據(jù)在文件D:/data,那你把這里的代碼換成cdffiles<-list.files(‘D:/data,recursive=TRUE,full.names=TRUE)就行（當然還有更方便的方法，不過這個就夠用了）。Recursive=TURE的話，它會遞歸讀取到你文件夾里，如果是False的話就只會讀取到文件夾。Full.names=TURE的話，你會得到一個包含路徑的文件名，F(xiàn)alse的話只會得到文件名。[1]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahK
6、O/cdf/KO/ko15.CDF"[2]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko16.CDF"[3]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko18.CDF"?[4]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko19.CDF"?[5]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko2
7、1.CDF"?[6]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/KO/ko22.CDF"?[7]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt15.CDF"?[8]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt16.CDF"?文檔實用[9]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt18.CDF"
8、?[10]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt19.CDF"[11]"C:/Softwares/R3.0.1/R-3.0.1/library/faahKO/cdf/WT/wt21.CDF"[12]"C:/S
