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1、蛋白質(zhì)編碼序列的特征值對(duì)蛋白質(zhì)折疊速率的影響Effectofthecharacteristicvaluesofproteincodingsequencesonproteinfoldingrates李欣穎大連交通大學(xué)DALIANJIAOTONGUNIVERSITY分類號(hào):學(xué)校代號(hào):10150UDC:密級(jí):學(xué)號(hào):20122310碩士學(xué)位論文蛋白質(zhì)編碼序列的特征值對(duì)蛋白質(zhì)折疊速率的影響Effectofthecharacteristicvaluesofproteincodingsequencesonproteinfoldingrates學(xué)生姓名:李欣穎導(dǎo)師及職稱:白鳳蘭教授學(xué)科門
2、類:理學(xué)專業(yè)名稱:應(yīng)用數(shù)學(xué)研究方向:計(jì)算分子生物學(xué)申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別:碩士論文答辯日期:學(xué)位授予單位:大連交通大學(xué)大連交通大學(xué)學(xué)位論文獨(dú)創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知,除了文中特別加以標(biāo)注和致謝及參考文獻(xiàn)的地方外,論文中不包含他人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果,也不包含為獲得大連交通大學(xué)或其他教言機(jī)構(gòu)的學(xué)#或證名而使用過的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的任何貢獻(xiàn)均已在論文中作了明確的說明并表示謝意。本人完全意識(shí)到本聲明的法律效力,申請(qǐng)學(xué)位論文與資料若有不實(shí)之處,由本人承擔(dān)一切相關(guān)責(zé)任。學(xué)位論文作者簽名:大連交通
3、大學(xué)學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者完全了解大連交通大學(xué)有關(guān)保護(hù)知識(shí)產(chǎn)招及保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定,即:研究生在校攻讀學(xué)位期間論文工作的知識(shí)產(chǎn)權(quán)單位屬大連交通大學(xué),本人保證畢業(yè)離校后,發(fā)表或使用論文工作成果時(shí)署名單位仍然為大連交通大學(xué)。學(xué)校有權(quán)保留并向國(guó)家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件及其電子文檔,允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)大連交通大學(xué)可以將本學(xué)位論女的全部或部分由寇編入學(xué)校有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)和收錄到《中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)》、《中國(guó)優(yōu)秀碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)》進(jìn)行信息服務(wù),也可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存或匯編本學(xué)位論文。(保密的學(xué)位論文在解密后應(yīng)遵守此規(guī)定
4、)學(xué)位論文作者簽名:導(dǎo)師簽名:摘要摘要蛋白質(zhì)折疊對(duì)蛋白質(zhì)的功能起著重要作用。只有蛋白質(zhì)折疊成為正確的天然結(jié)構(gòu),才能完成蛋白質(zhì)的功能。蛋白質(zhì)正常的折疊能使生物的各項(xiàng)機(jī)能正常的運(yùn)行。如果蛋白質(zhì)進(jìn)行了錯(cuò)誤的折疊,就會(huì)使生物體的機(jī)能改變,以至于會(huì)導(dǎo)致某些疾病。近年來,蛋白質(zhì)折疊速率的預(yù)測(cè)研究受到越來越多的研究者青睞,因此探究影響蛋白質(zhì)折疊速率的因素就顯得十分重要。影響蛋白質(zhì)折疊速率的因素有很多,蛋白質(zhì)的不同類別和形態(tài)對(duì)折疊速率的影響也不同。本文根據(jù)蛋白質(zhì)中的一些特征值對(duì)折疊速率的影響進(jìn)行了相關(guān)研究,主要工作包括以下兩個(gè)方面:1、根據(jù)蛋白質(zhì)的性質(zhì)把蛋白質(zhì)分為全α類蛋白質(zhì),全β類蛋白
5、質(zhì)和混合類蛋白質(zhì),以及未分類蛋白質(zhì)。根據(jù)氨基酸分子在蛋白質(zhì)中的作用,從物理化學(xué)性質(zhì)中選取對(duì)它們有效的特征值,計(jì)算出這些特征值的參數(shù)和在蛋白質(zhì)序列中氨基酸的平均屬性。利用多元線性回歸和Jackknife檢驗(yàn)方法,分析不同類別蛋白質(zhì)的折疊速率在實(shí)驗(yàn)值與預(yù)測(cè)值之間的相似性。利用該方法分析了混合特征值與蛋白質(zhì)折疊速率之間的相關(guān)性,得到了較好的結(jié)果。2、由于蛋白質(zhì)的二態(tài)和多態(tài)的折疊機(jī)制有很大的差別,因此把蛋白質(zhì)分為二態(tài)和多態(tài)進(jìn)行分析研究。選取了65個(gè)氨基酸序列的蛋白質(zhì),通過計(jì)算獲取平均遠(yuǎn)距離接觸NL和序列的復(fù)雜度???,并進(jìn)行多元線性回歸分析。用Jackknife方法檢驗(yàn),得出相關(guān)
6、系數(shù)R和T值。經(jīng)過實(shí)驗(yàn)得出平均遠(yuǎn)距離接觸NL和序列的復(fù)雜度???對(duì)二態(tài)和多態(tài)的蛋白質(zhì)有一定的影響。關(guān)鍵詞:蛋白質(zhì)折疊速率;氨基酸;多元線性回歸;Jackknife方法檢驗(yàn)I大連交通大學(xué)理學(xué)碩士學(xué)位論文AbstractProteinfoldingplaysanimportantroleinbiology.Onlywhenproteinsfoldintothenaturalstructureoftheright,theycancompletethefunctionoftheprotein.Proteinfoldingcanmakethenormalbiologicalfunc
7、tionoperatingnormally.Whentheproteinfoldingiswrong,itwillcausethebiologicalfunctiondisorderandevencausesomediseases.Inrecentyears,thestudyofproteinfoldingratepredictionhasattractedmoreandmoreresearchersofallages,soitisveryimportanttostudythefactorsthatinfluenceprote