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《基于結(jié)合位點的輔酶A結(jié)合蛋白家族的分類.pdf》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、物理化學(xué)學(xué)~(WuliHuaxueXuebao1MayActaP．一Chim．Sin．2011，27(5)，1223-12311223[Article]www．whxb．pku．edu．cn基于結(jié)合位點的輔酶A結(jié)合蛋白家族的分類樊迪s劉振明金宏威張亮仁(北京大學(xué)藥學(xué)院，天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室，北京100191)摘要：發(fā)展了一種基于分子相互識別的蛋白質(zhì)分類方法，應(yīng)用數(shù)據(jù)挖掘策略與統(tǒng)計學(xué)聚類，根據(jù)輔酶A(coenzyme．A，CoA)結(jié)合蛋白的結(jié)合模式特征數(shù)據(jù)，通過對比和分析多種分類方法對該體系的分類準確度，對這類體內(nèi)重要的蛋白進行了分類
2、方法學(xué)研究，選擇了最優(yōu)的兩步聚類法．本研究工作設(shè)計和建立了一個分類參數(shù)?？梢院啙嵱行У卦u價出各個結(jié)合特征的顯著性與重要性，并以此為依據(jù)從所有特征中篩選出決定性的特征變量．研究結(jié)果所得到的CoA結(jié)合蛋白的三個分類，都具有顯著的氫鍵與疏水結(jié)合特征CoA可以與多個生物活性關(guān)鍵氨基酸殘基形成氫鍵作用．這些相互作用的共性及分類上的差異，說明了配體與不同受體相互作用過程中結(jié)合模式上的細微差別，對于以CoA結(jié)合蛋白為靶點的選擇性調(diào)控分子設(shè)計具有重要的參考意義與指導(dǎo)作用．關(guān)鍵詞：輔酶A：蛋白質(zhì)分類：結(jié)合模式：聚類分析：泛酰巰基乙胺鏈中圖分類號：O641Clas
3、sificationofCoenzyme-ABindingProteinsBasedonCo-FactorBindingModesFANDi。LIUZhen—Ming’JINHong—WeiZHANGLiang-Ren(StateKeyLaboratoryofNaturalandBiomimeticDrugs，SchoolofPharmaceuticalSciences,PekingUniversity,Beijing100191．R．China)Abstract：Thisstudydevelopedamutualrecognitionofth
4、eproteinsbasedonmolecularclassification。dataminingstrategiesandthestatisticalclusteringmethod．whichwasappliedtostudyandclassifi／clustersofcoenzyme-A(CoA)bindingproteinswiththeirbindingpaRernsextractedbyusingPocket1．0program．SeveraIstrategieshavebeenevaluatedfortheaccuracyoft
5、hesystemanalysisandthetwo-stepclusteringmethodhasbeenshowntobethebest．TheresultsrevealedthattheknownCoAbindingproteinscanbeclusteredintothreegroupsbyusingthisapproach．Thedesignedclassificationcoefficientwasusedefectivelytoidentifythecriticalfeaturesforclassification．Theresul
6、tsshowthatbothhydrogenbondsandhydrophobicjnteractionsarejmpo~antjnalJthreeclustersandthatquiteafewimpo~antresiduesrelatedtobiologicaIactivitiesareinvolvedintheformationofhydrogenbonds．Theclassificationoftheseinteractionsandthediscoveryofthecharacteristicsanddiferencesbetween
7、thethreeclusterswilIhavesomeutilityforthedesignofspecificagonistsandantagonists．KeyWords：Coenzyme—A：Proteinclassification；Bindingmode；Clusteranalysis；PantetheineReceived：December17，2010；Revised：January25，201l；PublishedonWeb：March18，2011．Correspondingauthors．ZHANGLiang—Ren，Em
8、ail：liangren@bjmu．eud．cn；Tel：+86—10—82802567．LIUZhen—Ming，Email：zmliu@bjmu．
