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《草魚載脂蛋白A-Ⅰ-1基因3 非編碼區(qū)SNPs篩選及其與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析.pdf》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、第”卷第1期2012年2月大連海洋大學(xué)學(xué)報(bào)JOURNALOFDALIANOCEANUNIVERSITYV01．27No．1Feb．20l2文章編號(hào)：2095—1388(2012101-0012—06草魚載脂蛋白A—I一1基因3，非編碼區(qū)SNPs篩選及其與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析劉小獻(xiàn)1”，白俊杰2，于凌云2，李勝杰2(I．大連海洋大學(xué)水產(chǎn)與生命學(xué)院。遼寧大連I16023；2．中國水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所，農(nóng)業(yè)部熱帶亞熱帶水產(chǎn)資源利用與養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，廣州510380)摘要：采用PCR產(chǎn)物直接測序法和PCR-RFLP法對(duì)草魚EST文庫中載脂蛋白A—
2、I-1基因(ApoproteinA-I一1，apoA—I一1)3’非編碼區(qū)進(jìn)行SNPs篩選，在珠江水系草魚Ctenopharyngodon濁如養(yǎng)殖群體144個(gè)樣本中發(fā)現(xiàn)2個(gè)SNPs位點(diǎn)。C792T位點(diǎn)的CC型占46．53％，CT型占50．69％，Tr型占2．78％；G851A位點(diǎn)的GG型占77．08％，GA型占20．83％，從型占2．08％。采用一般線性模型對(duì)2個(gè)SNPs位點(diǎn)與草魚4個(gè)生長性狀——體質(zhì)量、體長、體高和頭長進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表明：C792T位點(diǎn)r11'型個(gè)體的體質(zhì)量、體長、體高和頭長均值高于CT型和CC型個(gè)體的生長性狀指標(biāo)值，但未
3、達(dá)到顯著水平(P>0．05)；G851A位點(diǎn)GG型個(gè)體的體質(zhì)量、體長、體高和頭長均值高于GA型和從型個(gè)體的生長性狀指標(biāo)值，且GG型個(gè)體的體長和頭長均值與GA型和AA型個(gè)體均存在顯著差異(P<0．05)。將2個(gè)SNPs位點(diǎn)不同基因型組合成6種雙倍型，關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明，雙倍型D3(Tr伽，一GG伽。．)個(gè)體的體質(zhì)量均值最高，D6型(ccc，92T—AA。。。)個(gè)體的體質(zhì)量均值最低，且二者在體長、體高、頭長均值間存在顯著差異(P<0．05)。推測C792T位點(diǎn)TT型為有利基因型；G851A位點(diǎn)GG型為有利基因型，AA型為不利基因型。本研究結(jié)果為草魚分
4、子輔助育種提供了候選標(biāo)記，為加快草魚育種進(jìn)程奠定了基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞：草魚；SNP；載脂蛋白A—I；apoA—I一1；生長性狀；雙倍型；關(guān)聯(lián)分析中圖分類號(hào)：凹89文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A草魚Ctenopharyngodonidella隸屬于鯉形目、鯉科、雅羅魚亞科、草魚屬，是中國淡水養(yǎng)殖四大家魚之一，有著重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。由于草魚親魚的個(gè)體大、性成熟周期長，給其良種選育帶來了困難，目前尚未獲得遺傳改良的品種或品系。利用DNA遺傳標(biāo)記進(jìn)行輔助選育已成為動(dòng)物育種過程中的重要方法¨J。篩選并利用與草魚經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，可有效提高選擇效率，縮短育種年限，對(duì)加快培育
5、具有優(yōu)良經(jīng)濟(jì)性狀的草魚養(yǎng)殖品系具有重要的意義。魚類能量主要來源于脂類，脂類代謝在魚類的能量代謝及生長過程中有著重要的作用。載脂蛋白A—I(ApoproteinA—I，簡稱apoA—I)是硬骨魚類血漿蛋白中高密度脂蛋白(High—densitylipopro—tein，HDL)的重要組成成分，在逆向轉(zhuǎn)運(yùn)膽固醇過程中具有重要作用悼1，對(duì)魚類生長存在潛在的作用。一些學(xué)者在對(duì)鯉、虹鱒和斑點(diǎn)叉尾鲴的研究中發(fā)現(xiàn)，apoA—I還存在潛在的抗菌活性，具有部分免疫功能，對(duì)魚類的健康生長具有一定的保護(hù)作用舊。4J。本試驗(yàn)中，作者采用PCR產(chǎn)物直接測序法和PCR—R
6、FLP法對(duì)草魚EST文庫中載脂蛋白A—I一1基因(ApoproteinA—I—l，apoA—I—1)3’jE編碼區(qū)SNPs位點(diǎn)進(jìn)行篩選，以期為草魚分子標(biāo)記輔助育種提供候選標(biāo)記。1材料與方法1．1材料試驗(yàn)用草魚取自廣東省佛山市三水白金水產(chǎn)種苗有限公司，為同批繁殖且同塘養(yǎng)殖的20月齡草收稿日期：2011—04—06基金項(xiàng)目：現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)資金資助項(xiàng)目(CARS-46-03)；國家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃項(xiàng)目(2011AAl00403)；國家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(2012BAD26802)作者簡介：劉小獻(xiàn)(1986-)，女，碩士研究生。E-mai
7、l：littlebearliu@126．tom通信作者：白俊杰(1957-)，男，研究員。E-mail：jjbai@163．net第1期劉小獻(xiàn)，等：草魚載脂蛋白A—I—l基因3’非編碼區(qū)SNPs篩選及其與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析13魚群體，樣本數(shù)量為144尾，體質(zhì)量均值為l292．5g。親本來自珠江水系。Tat／DNA聚合酶、buffer和dNTP購自華美生物工程公司，限制性內(nèi)切酶BseGI和MspI購自Fer-mentas公司，瓊脂糖、去離子甲酰胺丙烯酰胺和N，N一亞甲雙丙烯酰胺等購自廣州威佳科技有限公司。1．2方法1．2．1DNA的提取采用尾靜脈
8、活體取血，抗凝劑(ACD)與血液體積比為6：1，使用天根生化科技(北京)有限公司(TIANGEN)血液基因組提取試劑盒提取DNA，樣本于一20℃下保存
