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《辣椒多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及連鎖圖譜構(gòu)建.pdf》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫(kù)。
1、第38卷第2期湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)V_01．38No．22012年4月JournalofHunanAgriculturalUniversity(NaturalSciences)Apr．2012D0I：10．3724／SP．J．1238．2012．00162辣椒多態(tài)性EST—SSR標(biāo)記開發(fā)及連鎖圖譜構(gòu)建劉峰la,3，謝玲玲，歐陽(yáng)嫻h，王運(yùn)生，一，鄒學(xué)校h(1．湖南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院a．蔬菜研究所；b．西瓜甜瓜研究所，湖南長(zhǎng)沙410125；2．湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)生物安全科學(xué)技術(shù)學(xué)院，湖南長(zhǎng)沙410128；3．中國(guó)農(nóng)業(yè)
2、科學(xué)院蔬菜花卉研究所，北京100081)摘要：采用SSR檢索程序，從辣椒221037條unigenes中篩選到17319個(gè)SSR位點(diǎn)，設(shè)計(jì)了10468對(duì)引物，并對(duì)其進(jìn)行E—PCR多態(tài)性檢測(cè)。結(jié)果表明，1538對(duì)引物具有多態(tài)性，其中554條辣椒EST序列能匹配到番茄基因組上，構(gòu)成了12條辣椒EST—SSR連鎖群，平均每條連鎖群含45．75個(gè)EST—SSR。對(duì)匹配到番茄基因組上的EST—SSR進(jìn)行GO(geneontology)分類，結(jié)果有481條EST序列被分類，其中以初生代謝、細(xì)胞代謝、生物合成過程為主，分別占
3、34．13％、28．35％、25．82％。在KEGGmap中，91條EST序列共涉及到76條代謝途徑(I~GG)，約67條序列參與新陳代謝途徑，32條序列參與次生代謝產(chǎn)物合成途徑。關(guān)鍵詞：辣椒；多態(tài)性；連鎖圖譜；表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)；簡(jiǎn)單重復(fù)序列中圖分類號(hào)：$641．3文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A文章編號(hào)：1007—1032(2012)02—0162—06DevelopmentofpepperEST-SSRsandanSSR-basedlinkagemapLIUFeng，。，XIELing1ing，OUYANGXian，WANG
4、Yun—sheng’。，ZOUXue—xiao(1．a(chǎn)．InstituteofVegetables；b．InstituteofWatermelonandMuskmelon，HunanAcademyofAgriculturalSciences，Changsha410125，China；2．CollegeofBio—SaltyScienceandTechnology,HunanAgriculturalUniversity,Changsha410128，China；3．InstituteofVegetablesand
5、FlowersChineseAcademyofAgriculturalSciences，Beijing100081，China)Abstract：Inthisstudy，17319SSRswereidentifiedfrom221037ESTsofpepperusingSSRfindingsoft．Atotalof10468primerpairsweresuccessfullydesignedand1538primerpairsexhibitedpolymorphismbyE—PCR．Amongthepolym
6、orphicprimer—containingESTs，554ESTscontainingSSRmotifswerematchedontothetomatogenome，forming12linkagegroupswithanaverageof45．75makerspergroup．AnalysisofGO(geneontology)showedthat481ESTswereclassifiedmainlytobeinvolvedinprimarymetabolicprocess，cellularmetabol
7、icprocessandbiosyntheticprocess．IntheKEGGmap，91ESTswereinvolvedin76pathways(KEGG)，67ESTstookpartinmetabolicpathwaysand32participatedinbiosynthesisofsecondmetabolites．Keywords：pepper；polymorphism；linkagemap；expressedsequencetags(EST)；simplesequencerepeats(SSR
8、)目前，DNA分子標(biāo)~E(SSR、RAPD、AFLP、RFLP)含SSR基序的EST序~(EST—SSR)在玉米、大豆、水已成為遺傳變異分析和作物分子輔助育種研究的重稻、小麥等作物中已被大量開發(fā)，并應(yīng)用于遺傳圖要工具_(dá)lJ。SSR(simplesequencerepeats)分子標(biāo)記由譜構(gòu)建和遺傳多樣性分析【4]。于具有信息量高、多等位性、共顯l生、結(jié)果穩(wěn)定等特辣椒(Capsicuma
