蛋白芯片分析流程.doc

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1、#流程大放送#蛋白質(zhì)組芯片分析Agonyr蛋白質(zhì)芯片是一種高通量的蛋白功能分析技術(shù)，可用于蛋白質(zhì)表達(dá)譜分析，研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的相互作用，甚至DNA－蛋白質(zhì)、RNA－蛋白質(zhì)的相互作用，篩選藥物作用的蛋白靶點(diǎn)等。應(yīng)用蛋白質(zhì)組芯片可以進(jìn)行基因表達(dá)的篩選、抗原抗體檢測(cè)、蛋白篩選、生化反應(yīng)檢測(cè)、藥物篩選以及疾病診斷等，相比于質(zhì)譜的昂貴報(bào)價(jià)以及數(shù)據(jù)量來(lái)說(shuō)，蛋白質(zhì)組芯片的優(yōu)勢(shì)更加明顯。常規(guī)分析流程：1.芯片預(yù)處理，樣本peak雙向聚類2.過(guò)濾分析，PCA分析，發(fā)現(xiàn)離群樣本，PCA分析是一種降維技術(shù)，可以將多維（即蛋白peak數(shù)）的芯片數(shù)據(jù)投射到低維空間中。相似的樣本所在的點(diǎn)將彼此靠近，可以通過(guò)P

2、CA分析找到那些“離群”的樣本。1.分組差異peak的篩選，根據(jù)實(shí)驗(yàn)樣本的分組情況進(jìn)行差異峰的篩選，并進(jìn)行聚類分析，確定差異峰(蛋白)及不同樣本之間的互作關(guān)系。一般認(rèn)為在聚類圖上距離越近的樣本或差異峰之間的關(guān)系越密切。2.疾病預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建，利用決策樹(shù)，神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，SVM等機(jī)器學(xué)習(xí)方法來(lái)建立了分組診斷的模型，目的在于利用實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)來(lái)篩選出一批靶標(biāo)peak，并以此構(gòu)建模型，以進(jìn)行早期診斷、疾病預(yù)測(cè)和預(yù)后分析。3.peak注釋。功能分析，從基因水平上研究差異peak的功能信息，從不能的處理實(shí)驗(yàn)對(duì)比發(fā)現(xiàn)疾病的分子機(jī)制。