數(shù)據(jù)分析相關(guān)軟件.docx

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1、基因組Denovo測序基因組Denovo測序使用的組裝軟件按原理分，主要有兩類，一類是基于overlapgraph的組裝軟件，有CABOG、ARACHNE、RePS、phrap及newbler等；另一類是基于debruijngraph的組裝軟件，有SOAPdenovo、Velvet、ALLPATHS、ABySS等?；谛乱淮鷾y序的基因組denovo拼接軟件已經(jīng)有很多，其中主要可以分為兩類：（1）基于overlapgraph的拼接軟件，包括CeleraAssembler、Arachne、CAP、PCAP等(2

2、)基于debruijngraph的拼接軟件，包括SOAPdenovo、Velvet、ALLPATHS、ABySS等?；蚪M重測序基因組重測序使用的比對(duì)軟件，主要有Maq、Bowtie、BWA、SOAP2等。轉(zhuǎn)錄組測序分析用于轉(zhuǎn)錄組分析的比對(duì)軟件，主要有兩類：一類是長片段比對(duì)軟件，有GMAP、sim4、BLAT、BLAST等；另一類是短片段比對(duì)軟件，有SOAP2、map、BWA、Bowtie等。短序列比對(duì)軟件宏基因組測序分析組裝軟件：CAP3、TGICL；基因預(yù)測軟件：Glimmer；功能注釋軟件：BLAST

3、；數(shù)據(jù)庫：KEGG,NCBI、String、COG目標(biāo)捕獲測序分析目標(biāo)捕獲測序分析使用的比對(duì)軟件，主要有Maq,Bowtie,BWA,SOAP2等ChIP-Seq分析ChIP-Seq中用來搜索、掃描“Peak”區(qū)域的統(tǒng)計(jì)分析軟件，有PeakSeq、FindPeaks3.1、F-Seq、SISSR、QuEST、MACS、Peakcall、ChIPDiff、CisGenome、ChIP-seqprocessingpipelineDNA甲基化測序分析用來搜索CpG島的軟件有：CpGAnalyzer、CpGclus

4、ter、CpGFinder、CpGIslandExplorer、CpGIslandSearcher等