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《ntsys-pc2.02圖解使用說明》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、NTsys-pc2.02圖解使用說明Editbymycobio2004.111數(shù)據(jù)的錄入方法：1.1利用Ntedit直接錄入數(shù)據(jù)0、1二元數(shù)據(jù)中的數(shù)據(jù)缺失記為2。其中列標(biāo)可以寫為樣品編號(hào)，在No.rows欄中寫入0、1數(shù)據(jù)總數(shù)，No.cols欄中寫入樣品總數(shù)。文件另存為*.nts格式。1.2從excel表中直接讀入數(shù)據(jù)Excel表中輸入數(shù)據(jù)格式如下圖。A1必須為1，B1為0、1數(shù)據(jù)總數(shù)，C1為樣品總數(shù)。打開Ntedit程序，選擇從Excel表輸入，結(jié)果見上圖。文件另存為*.Nts格式1.3Ntsys-pc可以直接運(yùn)行*
2、.phy格式的文件（由phylip和phytool產(chǎn)生）1.4DNA序列數(shù)據(jù)Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人較少。建議大家使用phylip或者其他的軟件。DNA序列數(shù)據(jù)在Excel中輸入格式如下：1.5其他數(shù)據(jù)的Excel輸入如下2聚類分析Ntsys-pc2.02界面如下以下以圖中數(shù)據(jù)為例介紹聚類過程：2.1首先用similarity程序組中的SimQual計(jì)算形似系數(shù)矩陣。Coefficient通常選用SM或DICE，結(jié)果輸出到另一文件。2.2以上步的結(jié)果作為inputfile利用Clustering程序組中
3、的SHAN或者Njoin進(jìn)行計(jì)算，聚類分法選用UPGMA，ties選用FIND，Maximumno.tiedtrees至少大于樣品數(shù)。Njoin程序組界面如下，rootingmethod可以選用Outgroup，但需輸入外元。2.3將SHAN或NJoin方法得到的treefile文件輸入到Graphics程序組中的treeplot程序中計(jì)算得到樹圖如下利用options可以對(duì)樹圖進(jìn)行描述與處理.在此略去.2.4一致性分析：可以用Clustering中的consens程序進(jìn)行，兩個(gè)不同文件分別輸入；同一文件中不同的進(jìn)化樹
4、之間的分析，則只輸入到inputtree1file即可。通常多選用MAJRUL方法2.5其他數(shù)據(jù)的聚類方法與此類似，在此不再贅述。這是很久以前整理的，最早貼在這里，有興趣的可以看看。http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=1354147&sty=1NTSYSpc軟件的使用：(1)利用NTSYS軟件計(jì)算品種間遺傳距離1．將已賦值好的Excel文件放于桌面，假設(shè)命名為A.xls，保存為Microsoftoffice5.0/95工作薄形式。Excel文件格式設(shè)成軟件識(shí)別的模式，即A
5、1=1，表示出現(xiàn)等位基因；B1=132，表示等位基因數(shù)，C1=189表示品種數(shù)；D1=0表示不出現(xiàn)等位基因。從A3開始，在第一列標(biāo)上所有的SSR引物，從B2開始，第二行標(biāo)上所有的品種名，由此得到一個(gè)數(shù)據(jù)矩陣。2．雙擊NTSYS軟件，選擇file→editfile，選擇A.xls文件，將出現(xiàn)NTedit1.2編輯器，點(diǎn)擊file→salefileas選項(xiàng)，將導(dǎo)入的Excel文件轉(zhuǎn)換為軟件識(shí)別的格式，命名為A-1.NTS文件。3．點(diǎn)擊Ntsyspc2.1界面的“Similarity”，點(diǎn)擊“Geneticdistance”
6、；在Inputdatafile中輸入A-1.NTS；在Outputfile中輸入A-2.NTS，點(diǎn)擊Compute；則計(jì)算好的遺傳距離放在A-2.NTS文件中。4．點(diǎn)擊Ntsyspc2.1界面的output&transf→output→Inputfile，選擇A-2.NTS，即可查看到品種間的遺傳距離。(2)利用NTSYS軟件構(gòu)建樹狀圖1．雙擊NTSYS-PC，點(diǎn)擊similarity→Qualitativedata→Inputdatafile,選擇A-1.NTS文件，在Outputfile中輸入B-2文件，點(diǎn)擊Com
7、pute；2．點(diǎn)擊clustering→SHAN→inputfile，選擇B-2→Outputfile中輸入B-2文件→Incaseofties改為Find→compute計(jì)算完成。3．點(diǎn)擊Graphics→treeplot→inputfile，選擇B-3→compute，即可出現(xiàn)聚類圖。4．點(diǎn)擊TreePlot界面上的Options→plotOptions；會(huì)出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框，里面可對(duì)聚類圖進(jìn)行頁面顯示等相關(guān)操作。點(diǎn)擊TreePlot界面上的Edit項(xiàng)，可進(jìn)行復(fù)制等操作樓主的結(jié)果正是我想要的，我的問題就在于最開始的ex
8、cel數(shù)據(jù)怎么input的問題，總是提示我格式不對(duì)什么的～～我不知你是怎么做的,你按照以下的方法試試,DDE和OLE格式可能與microsoftoffice的版本有關(guān),使用OLE方式應(yīng)該就沒有什么問題了.如果還不行那就是軟件的問題了.4．5．6．7．2.5其他數(shù)據(jù)的聚類方法與此類似，在此不再贅述。應(yīng)樓主的要求,將前些天的帖子按標(biāo)準(zhǔn)
