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《鳥(niǎo)巢蕨轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序及分析》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫(kù)。
1、園藝學(xué)報(bào)2014，（4111）：2329–2341http://www.ahs.ac.cnActaHorticulturaeSinicaE-mail:yuanyixuebao@126.com鳥(niǎo)巢蕨轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序及分析*賈新平，孫曉波，鄧衍明，梁麗建，葉曉青（江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)生物技術(shù)研究所，江蘇省農(nóng)業(yè)生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，南京210014）摘要：采用新一代高通量測(cè)序技術(shù)IlluminaHiSeq2000對(duì)鳥(niǎo)巢蕨轉(zhuǎn)錄組（Aspleniumnidus）進(jìn)行測(cè)序，共獲得29254595個(gè)序列讀取片段（reads），包含了5908586517個(gè)堿基序列（bp）信息
2、。對(duì)reads進(jìn)行序列組裝，共獲得42907個(gè)單基因簇（Unigene），平均長(zhǎng)度936bp，序列信息達(dá)到了40.16Mb。數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列同源性比較表明，24993個(gè)Unigene與其他物種的已知基因具有不同程度的同源性。鳥(niǎo)巢蕨轉(zhuǎn)錄組中的Unigene根據(jù)GO功能大致可分為細(xì)胞組分、分子功能和生物學(xué)過(guò)程3大類51個(gè)分支，其中有大量的Unigene與代謝進(jìn)程、結(jié)合活性、催化活性和細(xì)胞進(jìn)程相關(guān)。將Unigene與COG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，根據(jù)其功能大致可分為24類。KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)作為參考，依據(jù)代謝途徑可將Unigene定位到116個(gè)代謝途徑分支。SSR位點(diǎn)查找發(fā)現(xiàn)
3、，從42907個(gè)Unigene中共找到6067個(gè)SSR位點(diǎn)。SSR不同重復(fù)基序類型中，出現(xiàn)頻率最高的為AG/CT，其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。針對(duì)這些序列，設(shè)計(jì)了20對(duì)引物進(jìn)行了擴(kuò)增效率和多態(tài)性檢測(cè)，其中7對(duì)引物在不同蕨類材料中表現(xiàn)出多態(tài)性。關(guān)鍵詞：鳥(niǎo)巢蕨；轉(zhuǎn)錄組；生物信息學(xué)；功能注釋；SSR中圖分類號(hào)：S68文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A文章編號(hào)：0513-353X（2014）11-2329-13SequencingandAnalysisoftheTranscriptomeofAspleniumnidus*JIAXin-ping，SUNXiao-bo，DE
4、NGYan-ming，LIANGLi-jian，andYEXiao-qing（ProvincialKeyLaboratoryofAgroBiology，InstituteofAgro-biotechnology，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，Nanjing210014，China）Abstract：ThetranscriptomeofAspleniumniduswassequencedbyIlluminaHiSeq2000platformthatisanewgenerationofhigh-throughputs
5、equencingtechnologytostudytheexpressionprofilingandpredictthefunctionalgenes.Thetargetsamplesequencing，atotalof29254595readsfragmentcontains5908586517bpinsequenceinformationweregenerated.Atotalof42907unigenescontains40.16Mbinsequenceinformationwereformedbyinitialsequencesplicing，w
6、ithanaveragereadlengthof936bp.24993unigeneswereannotatedusingBLASTXsearchesagainsttheNrandSwissProtdatabases.Inthisstudy，allassembledunigenescanbebroadlydividedintobiologicalprocesses，cellularcomponentsandmolecularfunctioncategoriesof51branchesbygeneontology，includingmetabolicproc
7、ess，binding，catalyticactivityandcellularprocess.UnigeneswerefurtherannotatedbasedonCOGcategory，whichcouldbegroupedinto24functionalcategories.KEGGpathwayanalysisshowedthatunigenescanbebroadlydividedinto116classesaccordingtothefunction.Therewere6067SSRin42907unigeneswere收稿日期：2014–07
8、–21；修回日期：2014–09–15基金項(xiàng)目：江蘇省農(nóng)業(yè)科技自主
