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《blast簡介及單機(jī)版》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、簡介Blast，全稱BasicLocalAlignmentSearchTool，即"基于局部比對(duì)算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年發(fā)布。Blast能夠?qū)崿F(xiàn)比較兩段核酸或者蛋白序列之間的同源性的功能，它能夠快速的找到兩段序列之間的同源序列并對(duì)比對(duì)區(qū)域進(jìn)行打分以確定同源性的高低。Blast的運(yùn)行方式是先用目標(biāo)序列建數(shù)據(jù)庫（這種數(shù)據(jù)庫稱為database，里面的每一條序列稱為subject），然后用待查的序列（稱為query）在database中搜索，每一條query與database中的每一條subject都要進(jìn)行雙序列
2、比對(duì)，從而得出全部比對(duì)結(jié)果。Blast是一個(gè)集成的程序包，通過調(diào)用不同的比對(duì)模塊，blast實(shí)現(xiàn)了五種可能的序列比對(duì)方式：blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對(duì)，直接比對(duì)蛋白序列的同源性。blastx：核酸序列對(duì)蛋白庫的比對(duì)，先將核酸序列翻譯成蛋白序列（根據(jù)相位可以翻譯為6種可能的蛋白序列），然后再與蛋白庫做比對(duì)。blastn：核酸序列對(duì)核酸庫的比對(duì)，直接比較核酸序列的同源性。tblastn：蛋白序列對(duì)核酸庫的比對(duì)，將庫中的核酸翻譯成蛋白序列，然后進(jìn)行比對(duì)。tblastx：核酸序列對(duì)核酸庫在蛋白級(jí)別的比對(duì)，將庫和待查序列都翻譯成蛋白序列
3、，然后對(duì)蛋白序列進(jìn)行比對(duì)。Blast提供了核酸和蛋白序列之間所有可能的比對(duì)方式，同時(shí)具有較快的比對(duì)速度和較高的比對(duì)精度，因此在常規(guī)雙序列比對(duì)分析中應(yīng)用最為廣泛。可以毫不夸張的說，blast是做比較基因組學(xué)乃至整個(gè)生物信息學(xué)研究所必須掌握的一種比對(duì)工具。下載NCBI提供免費(fèi)下載，網(wǎng)址：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/，可根據(jù)自己得機(jī)器選擇相應(yīng)操作系統(tǒng)的版本。安裝直接解壓縮包即可。解壓縮命令：zcat*.tar.gz
4、tarxvf-使用Blast的運(yùn)行分為兩個(gè)步驟：第一，建
5、立目標(biāo)序列的數(shù)據(jù)庫；第二，做blast比對(duì)。1．運(yùn)行建庫程序formatdb：建庫的過程是建立目標(biāo)序列的索引文件，所用程序是formatdb。程序允許的輸入格式FASTA或者ASN.1格式，通常我們使用FASTA格式的序列作為輸入。用于建庫的FASTA序列是db.seq，formatdb的基本命令是：formatdb-idb.seq[-options]常用的參數(shù)有以下幾個(gè)：-p(T/F)：-p參數(shù)的意義是選擇建庫的類型，"T"表示蛋白庫，"F"表示核酸庫。缺省值為"T"。-o(T/F)：-o參數(shù)的意義是判斷是否分析序列名并建立序列名索
6、引。"T"表示建立序列名索引，"F"表示不建立序列名索引。缺省值為"F"。程序輸出：如果建立的是核酸庫，輸出為db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，如果選擇了參數(shù)"-oT"，還會(huì)同時(shí)輸出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd。蛋白庫和核酸庫的輸出類似，相應(yīng)的輸出文件為：db.seq.phr、db.seq.pin、db.seq.psq和db.seq.psd、db.seq.psi、db.seq.pni、db.seq.pnd。除了這些結(jié)果，程序還會(huì)輸出LOG文件（默
7、認(rèn)為formatdb.log），里面記錄了運(yùn)行時(shí)間、版本號(hào)、序列數(shù)量等信息。幾點(diǎn)需要注意的問題：1、建庫以后，做blast比對(duì)的輸入文件就是建庫所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列。也就是說，建庫以后，原始的序列文件是可以刪除的。2、如果命令行中選擇了"-oT"，并且目標(biāo)序列中含有g(shù)i號(hào)重復(fù)的的序列名時(shí)，程序會(huì)停止建庫并報(bào)錯(cuò)。例如，下列序列文件中出現(xiàn)了重復(fù)的序列名：>gi
8、112385745
9、gb
10、DQ859020.1
11、Oryzasativa(japonicacultivar-group)
12、glutathioneS-transferase2mRNA,completecdsATGGCGGAGGCGGCGGGGGCGGCGGTGGCGCCGGCGAAGCTGGGTCTGTACTCGTACTGGCGGAGCTCGTGCTCGCACCGCGTCCGCATCGCCCTCAACCTCAAAGGATTGGAGTACGAGTACAAGGCGGTGAACCTGCTCAAGGGGGAGCACTCTGATCCAGAATTCATGAAGGTTAATCCTATGAAGTTCGTCCCGGCATTGGTCGAT......CAAGCAGCACTCC
13、CAGACAGACAACCAGATGCCCCTTCCTCTACCTAG>gi
14、112385745
15、gb
16、DQ859020.1
17、Oryzasativa(japonicacultivar-group)glutathioneS
