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《虛擬藥物篩選與藥物分子設計教程與實戰(zhàn)》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內容在教育資源-天天文庫。
1、藥物分子設計前沿摘要：近些年來，各種各樣的新型疾病依次出現(xiàn)。因此，尋找可以治愈這些疾病的藥物對人們來說至關重要。隨著計算機技術的高速發(fā)展，運用計算機進行新藥的模擬實驗已經成為一種新的方法。本文就對這些方法做一個總的綜述來介紹這些方法在新藥設計過程中的應用過程。計算機輔助藥物設計方法(CADD)是藥物分子設計的基礎。從2O世紀6O年代構效關系方法(QSAR)提出以后．經過40多年的努力和探索，CADD方法已經發(fā)展成為一門完善和新興的研究領域。計算機輔助藥物設計是應用量子力學、分子動力學、構效關系等基礎理論數(shù)據研究藥物對酶、受體等作用的藥效模型，從而
2、達到藥物設計之目的。計算機輔助藥物設計方法(CADD)大體可以分為三類：基于小分子的藥物分子設計方法、基于受體結構的藥物分子設計方法、計算組合方法。計算機輔助藥物設計是研究與開發(fā)新藥的一種嶄新技術，它大大加快了新藥設計的速度，節(jié)省了創(chuàng)創(chuàng)新藥工作的人力和物力，使藥物學家能夠以理論作指導，有目的地開發(fā)新藥。關鍵詞：藥物分子設計計算機模擬分子模擬活性位點分析法ABSTRACT：Inthosepastyears,avarietyofnewdiseaseswereappeared.So,it’svaryessentialforustofindthedrug
3、sthatcancurethesediseases.Andwiththefastdevelopmentofcomputertechnology,theapplyingofcomputerinthesimulationsofthesenewdrugshasbecomeanewmethod.Inthispaper,Iwilldrawageneraloverviewofthosemethodstointroducetheapplicationsinthedesignprocessofthenewdrugs.ThemethodofComputerAide
4、dDrugDesign(℃ADD)wasthebasis0fdrugsmoleculedesignwhichwasproposedin1960．Duringthelast40years，theCADDmethodhasbeenwidelyappliedasaburgeoningandpotentialresearcharea．TheaimofCADDistodesigndrugaccordingtothepharmacodynamicmodelbetweenthedrugsandtheenzymeorreceptorwhichisappliedt
5、hequantummechanics．moleculardynamics，andquantitativestructure—activityrelationship．TheCADDincludesthreemethods：methodbasingontheligand，methodbasingonthereceptor，andcombinatorialchemistrymethod．TheCADDisanewtechnologytoresearchdrugwhichcanacceleratethespeedofdrugdesign，economi
6、zethemanpowerandmaterialresources．KEYWORDS：Drugmoleculardesign；computersimulation;molecularsimulation；activesiteanalysis引言傳統(tǒng)藥物設計從總體上來講，缺乏成熟完善的發(fā)現(xiàn)途徑，具有很大的盲目性，一般平均要篩選10000種以上的化合物才能得到一種新藥，因此開發(fā)效率很低。隨著計算機技術及計算化學、分子生物學和藥物化學的發(fā)展，藥物設計進入了理性階段，其中藥物分子設計是目前新藥發(fā)現(xiàn)的主要方向。它是依據生物化學、酶學、分子生物學以及遺傳學等
7、生命科學的研究成果，針對這些基礎研究中所揭示的包括酶、受體、離子通道及核酸等潛在的藥物設計靶點，并參考其它類源性配體或天然產物的化學結構特征，設計出合理的藥物分子。運用計算機模擬來進行新藥的分子結構設計主要有三種方法：分子對接設計、遺傳算法以及計算機輔助分子設計方法（CAMD）。一分子對接與藥物設計1原理以及分類分子對接的原理是互補匹配原理，就是將配體分子放置于受體的活性位點處，尋找其合理的取向和構象。在分子對接過程中要特別注意考慮的問題有配體與受體如何匹配，如何確定最佳匹配，如何實現(xiàn)最佳匹配。其中根據分子對接在藥物設計中的用途可將分子對接分為兩
8、類，一類是細致對接，它主要用于改造或設計配體分子，對精度要求較高，如考慮較多的分子柔性、溶劑作用等，有時還需要對親和性作出估計，對速度的
