基于26s rdna d1d3區(qū)和matk基因序列分析的陽春砂分子鑒別

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1、基于26SrDNAD1D3區(qū)和matK基因序列分析的陽春砂分子鑒別作者：黃瓊林,楊錦芬，段中崗，何瑞，詹若挺，徐鴻華，徐暉，陳蔚文【摘要】　　【目的】建立陽春砂不同栽培品種的DNA分子鑒別方法，為陽春砂的優(yōu)良品種選育提供依據(jù)?！痉椒ā恳躁柎荷霸耘喾N長果、圓果、“春選”及海南砂為材料，用相應引物對26SrDNAD1D3區(qū)和matK基因進行聚合酶鏈反應（PCR）擴增和測序，對測序結果進行分析，尋找差異位點，并根據(jù)序列構建系統(tǒng)發(fā)生樹?！窘Y果】測序得到的26SrDNAD1D3序列為739bp，陽春砂與海南砂在該區(qū)域存在4個堿基位點的差異。長果陽春砂與圓果陽春砂序列相同，但它們與“春選”陽春

2、砂存在1個堿基位點的差異，根據(jù)26SrDNAD1D3序列建立的系統(tǒng)發(fā)生樹揭示了“春選”陽春砂與另外2個栽培品種間的區(qū)別。測序得到的matK序列為824bp，陽春砂3個栽培品種的matK序列相同，與海南砂存在1個堿基位點差異。【結論】從分子水平上可鑒別陽春砂的3個栽培品種，“春選”品種比長果（或圓果）品種與海南砂有著更近的親緣關系。【關鍵詞】陽春砂基因序列分析分子鑒定　　Abstract∶ObjectiveToestablishamolecular12identificationmethodforthreecultivarsofAmomumvillosumLour.(AVL),thust

3、oprovidescientificevidencefortheidentification,selectionandbreedingofAVL.MethodsThefragmentsof26SrDNAD1D3regionandmatKgeneofthreecultivarsofAVLandAmomumlongiligulareTLWuwereamplifiedbypolymerasechainreaction(PCR)andwithcorrespondingprimers,andthentheirsequenceswereanalyzed,andphylogenetictreew

4、asconstructedbasedonthesequences.ResultsWeobtained739bpin26SrDNAD1D3sequence.Differencesin4basicsitesof739bpwereshownbetweenAVLandAmomumlongiligulareTLWu.ThetwocultivarsofAVL,ChangguoandYuanguo,hadthesamesequence,buttherewasadifferenceinonebasicsiteofChangguoandYuanguofromChunxuan.Thephylogene

5、tictreebasedon26SrDNAD1D3sequencerevealedthedifferencebetweenChunxuanandtheothertwocultivarsofAVL.Wealsoobtained824bpinmatKgenesequence.ThethreecultivarsofAVLshowedtheconsistentsequence,buttherewasadifferenceinonebasicsiteofthreecultivarsofAVLfromAmomumlongiligulareTLWu.ConclusionWecanidentify

6、thethreecultivarsofAVLthroughthesequencedifferencesatthemolecularlevel,andChunxuanhasaclosergeneticrelationshipwithAmomumlongiligulareTL12Wu．　　Keywords:AMOMUMVILLOSUMLOUR.;SEQUENCEANALYSIS;MOLECULARIDENTIFICATION;　　砂仁為我國“四大南藥”之一，來源于姜科植物陽春砂AmomumvillosumLour.、綠殼砂AmomumvillosumLourvarxanthioide

7、sTLWuetSenjen或海南砂AmomumlongiligulareTLWu的干燥成果果實［1］。中國藥典收載的入藥砂仁的3種藥材中以陽春砂的品質最好，為市場的主流產(chǎn)品［2］。本課題組在陽春砂道地產(chǎn)區(qū)廣東陽春市進行了陽春砂的種質資源調查，發(fā)現(xiàn)當?shù)厮庌r(nóng)在長期的生產(chǎn)實踐中將陽春砂栽培品種主要歸納為長果型和圓果型，除此之外，還有在陽春市砂仁試驗示范場種植的選育品種“春選”陽春砂。初步研究顯示“春選”和長果、圓果陽春砂在生物學性