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《胃癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)差異甲基化—差異表達(dá)基因篩選及驗(yàn)證研究》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫(kù)。
1、分類號(hào)：R730.231單位代碼：10159密級(jí)：公開學(xué)號(hào)：201420603碩士學(xué)位論文中文題目：胃癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)差異甲基化-差異表達(dá)基因篩選及驗(yàn)證研究英文題目：Bioinformatics-BasedIdentificationofMethylated-DifferentiallyExpressedGenesandRelatedPathwaysinGastricCancer論文作者：李浩指導(dǎo)教師：孫麗萍教授學(xué)科專業(yè)：腫瘤學(xué)完成時(shí)間：2018年3月中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文胃癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)差異甲基化-差
2、異表達(dá)基因篩選及驗(yàn)證研究Bioinformatics-BasedIdentificationofMethylated-DifferentiallyExpressedGenesandRelatedPathwaysinGastricCancer論文作者李浩指導(dǎo)教師孫麗萍教授申請(qǐng)學(xué)位醫(yī)學(xué)碩士培養(yǎng)單位第一臨床學(xué)院一級(jí)學(xué)科臨床醫(yī)學(xué)二級(jí)學(xué)科腫瘤學(xué)研究方向胃癌早期診斷基礎(chǔ)研究論文起止時(shí)間2016年3月—2018年3月論文完成時(shí)間2018年3月中國(guó)醫(yī)科大學(xué)（遼寧）2018年3月中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要目的：
3、表觀遺傳學(xué)改變包括DNA甲基化、組蛋白修飾、RNA調(diào)控和染色質(zhì)重塑等，可以通過影響基因突變、表達(dá)調(diào)控、細(xì)胞增殖等調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄活性和表達(dá)。抑癌基因啟動(dòng)子區(qū)高甲基化導(dǎo)致基因失活是表觀遺傳變異的重要機(jī)制之一，與腫瘤發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)。多項(xiàng)研究報(bào)道抑癌基因如P16、RASSF1A、Runx3、PCDH10、hMLH1等啟動(dòng)子區(qū)甲基化與基因表達(dá)沉默密切相關(guān)，參與胃癌發(fā)生及進(jìn)展。目前，用于差異性甲基化、差異性表達(dá)基因篩選的方法有多種，其中生物信息學(xué)分析是利用應(yīng)用數(shù)學(xué)、信息學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的方法研究生物
4、學(xué)問題。相較于基礎(chǔ)生物研究，生物信息學(xué)研究是在全基因組研究基礎(chǔ)上得到的數(shù)據(jù)結(jié)果，更為宏觀。基因芯片（又稱DNA芯片、生物芯片）是生物信息學(xué)分析主要的媒介工具，測(cè)序原理為雜交測(cè)序方法。其中，甲基化芯片使全基因組甲基化分析成為可能，基因表達(dá)譜芯片則可以分析全基因組中腫瘤相關(guān)差異表達(dá)基因。以往利用基因芯片進(jìn)行的研究，通常只是單一的甲基化譜或基因表達(dá)譜分析，或僅聚焦于某一個(gè)基因的甲基化與表達(dá)間關(guān)聯(lián)分析，而將二者相結(jié)合并經(jīng)一致性分析并驗(yàn)證，則有望明確胃癌發(fā)生發(fā)展過程中真正受甲基化調(diào)控的基因，并以此為基礎(chǔ)深
5、入胃癌表觀遺傳調(diào)控研究。本研究擬利用生物信息學(xué)方法，通過甲基化芯片和表達(dá)譜芯片聯(lián)合分析篩選胃癌特異性差異甲基化-差異表達(dá)基因，經(jīng)富集分析和蛋白相互作用分析獲得核心基因并驗(yàn)證；進(jìn)一步，利用胃癌及癌旁對(duì)照組織樣本檢測(cè)明確候選核心基因甲基化-基因表達(dá)相關(guān)性及其與胃癌風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)系。方法：選取GEO數(shù)據(jù)庫(kù)里面的表達(dá)譜芯片（GSE13911andGSE29272）和甲基化芯片（GSE25869andGSE30601），利用GEO2R進(jìn)行胃癌特異性差異甲基化-差異表達(dá)基因篩選，利用GO分析和通路分析進(jìn)行富集分析
6、。使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異基因進(jìn)行蛋白相互作用分析，在相互作用網(wǎng)絡(luò)中尋找其核心基因，并經(jīng)TCGA（腫瘤基因圖譜，TheCancerGenomeAtlas）數(shù)據(jù)庫(kù)和小樣本組織驗(yàn)證。進(jìn)一步，針對(duì)核心基因生長(zhǎng)抑素(somatostatin,SST)，利用139例胃癌癌灶（GC）和遠(yuǎn)端正常（NOR）胃黏膜組織進(jìn)行擴(kuò)大樣本組織驗(yàn)證。采用BGS測(cè)序法檢測(cè)SST基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化，Real-timeRT-PCR法檢測(cè)mRNA表達(dá)。結(jié)果：聯(lián)合篩選得到胃癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的445個(gè)高甲基化-低表達(dá)基因（HyperLG
7、s），主要富集于系統(tǒng)過程和通道活性調(diào)節(jié)；129個(gè)低甲基化-高表達(dá)基因（HypoHGs），I中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文主要富集于細(xì)胞粘附、細(xì)胞增殖和蛋白質(zhì)結(jié)合過程。通路分析顯示HyperLGs與神經(jīng)活性配體-受體相互作用和鈣信號(hào)傳導(dǎo)途徑相關(guān)，而HypoHGs與癌癥通路相關(guān)。在蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中，經(jīng)TCGA和小樣本組織檢測(cè)驗(yàn)證后，CASR、CXCL12和SST被鑒定為具有顯著差異的核心基因。擴(kuò)大樣本檢測(cè)后，發(fā)現(xiàn)胃癌與癌旁對(duì)照組織中，SST啟動(dòng)子區(qū)12、15、16、23和24位點(diǎn)甲基化率存在差異，SST
8、基因表達(dá)差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，SST啟動(dòng)子區(qū)甲基化與基因表達(dá)關(guān)系存在弱相關(guān)。甲基化與病理參數(shù)沒有顯著性差異。結(jié)論：差異甲基化-差異表達(dá)基因聯(lián)合分析有助于解析胃癌發(fā)生發(fā)展的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制。SST啟動(dòng)子區(qū)特異位點(diǎn)高甲基化及其介導(dǎo)的基因表達(dá)沉默具有胃癌預(yù)警價(jià)值。關(guān)鍵詞：胃癌；生物信息分析；甲基化；STRING；SSTII中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文AbstractObjective:EpigeneticchangesincludeDNAmethylation,histonemodification,RNA
