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1、豇豆產(chǎn)量性狀與SSR分子標(biāo)記的關(guān)聯(lián)分析潘磊，李依，余曉露，郭瑞，陳禪友（江漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院／湖北省豆類蔬菜植物工程技術(shù)研究中心，武漢４３００５６）摘要：利用１５６對(duì)多態(tài)性豇豆［Ｖｉｇｎａｕｎｇｕｉｃｕｌａｔａ（Ｌ．）Ｗａｌｐ．］簡(jiǎn)單重復(fù)序列（Ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔ，ＳＳＲ）引物檢測(cè)８３份豇豆種質(zhì)材料基因組，分析群體遺傳結(jié)構(gòu)，并對(duì)１４個(gè)豇豆產(chǎn)量性狀與ＳＳＲ標(biāo)記進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明，群體遺傳結(jié)構(gòu)分析將８３份豇豆樣品劃分為２個(gè)亞群。關(guān)聯(lián)分析則有１０個(gè)ＳＳＲ標(biāo)記位點(diǎn)與８?jìng)€(gè)性
2、狀關(guān)聯(lián)，主要分布在ＬＧ２、ＬＧ３、ＬＧ４、ＬＧ７、ＬＧ１１連鎖群上。這些關(guān)聯(lián)位點(diǎn)在豇豆基因組上分布不均，對(duì)關(guān)聯(lián)性狀的表型變異解釋率為９％（ＣＬＭ００２２）～３３％（ＣＬＭ０３４７）；有１個(gè)標(biāo)記（ＣＬＭ０２５１）與多個(gè)性狀關(guān)聯(lián)；另外也有同一個(gè)性狀與多個(gè)ＳＳＲ標(biāo)記關(guān)聯(lián)，包括葉寬（ＣＬＭ０２５１、ＣＬＭ０８５０），單莢重（ＣＬＭ０３４７、ＣＬＭ０２５１、ＣＬＭ０６１４）。這些與豇豆性狀關(guān)聯(lián)的ＳＳＲ標(biāo)記將為豇豆分子育種和遺傳改良提供依據(jù)。..關(guān)鍵詞：豇豆［Ｖｉｇｎａｕｎｇｕｉｃｕｌａｔａ（Ｌ．）Ｗａｌｐ
3、．］；產(chǎn)量性狀；簡(jiǎn)單重復(fù)序列；關(guān)聯(lián)分析中圖分類號(hào)：Ｓ６４３．４；Ｑ３４３．１＋５；Ｑ３４８文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A：0439－８114（２０15）16－3952-07DOI:10.14088/j.ki.issn0439-8114.2015.16.031收稿日期：２０１５－０５－２８基金項(xiàng)目：湖北省自然科學(xué)基金項(xiàng)目（２０１３ＣＦＢ２１３）；武漢市科技攻關(guān)計(jì)劃項(xiàng)目（２０１３０２１００１０１０４７８）；湖北省豆類蔬菜植物工程技術(shù)研究中心開放基金項(xiàng)目（２０１４－１０）；江漢大學(xué)高層次人才啟動(dòng)基金項(xiàng)目（２０１２０２
4、７）簡(jiǎn)介：潘磊（１９８０－），男，湖北武漢人，講師，博士，從事植物種質(zhì)資源與分子技術(shù)育種研究，（）１３４６９９８８３９０（電子信箱）ｌｅｉｐａｎ＠ｊｈｕｎ．ｅｄｕ．ｃｎ；通信，陳禪友（１９６３－），男，教授，博士，從事植物遺傳育種研究，（）０２７－８４２２５８９９（電子信箱）ｃｃｙ＠ｊｈｕｎ．ｅｄｕ．ｃｎ。豇豆［Ｖｉｇｎａｕｎｇｕｉｃｕｌａｔａ（Ｌ．）Ｗａｌｐ．］是一種重要的豆科（Ｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｅ）蔬菜作物之一，其嫩莢和種子可供食用，是日常飲食中植物蛋白質(zhì)和膳食纖維的重要之一。中國(guó)的豇豆栽
5、培歷史悠久，資源類型多樣，遺傳變異豐富。目前，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院國(guó)家農(nóng)作物種質(zhì)資源保存中心（ｈｔｔｐ：//ｉｃｇｒ．ｃａａｓ．ｎｅｔ．ｃｎ/）已搜集保存了１０００份以上的豇豆種質(zhì)資源；而這些豇豆資源中，生長(zhǎng)習(xí)性以蔓生、半蔓生和矮生類型為主，花色多為紫色或白色，鮮莢顏色有深綠、淺綠、白色、紅色、紫紅色、龍紋等，諸多優(yōu)異農(nóng)藝性狀可用作遺傳改良資源。探究遺傳變異的基礎(chǔ)，挖掘優(yōu)異等位基因或性狀連鎖的遺傳位點(diǎn)，將是豇豆種質(zhì)資源與分子育種中的重要研究方向之一，關(guān)聯(lián)分析（Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓ）為
6、此提供了一個(gè)十分有效的研究方法，關(guān)聯(lián)分析是近年發(fā)展起來的一種高通量分析表型與遺傳多態(tài)性之間關(guān)聯(lián)性的遺傳分析方法，能在群體水平上大量發(fā)掘與目標(biāo)性狀相關(guān)的基因及其等位基因。２００１年關(guān)聯(lián)分析首次用于植物研究［１］，之后逐漸成為植物數(shù)量性狀遺傳研究的熱點(diǎn)之一。關(guān)聯(lián)分析又稱為關(guān)聯(lián)作圖（Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｍａｐｐｉｎｇ），或連鎖不平衡作圖（Ｌｉｎｋａｇｅｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍｍａｐｐｉｎｇ，ＬＤｍａｐｐｉｎｇ），是以基因或者位點(diǎn)之間的連鎖不平衡為基礎(chǔ)，從而篩選鑒定出某一群體內(nèi)的目標(biāo)性狀與遺傳標(biāo)記
7、或候選基因，主要有基于候選基因的關(guān)聯(lián)分析和全基因組關(guān)聯(lián)分析兩種策略［２］。關(guān)聯(lián)分析中多采用混合線性模型（Ｍｉｘｅｄｌｉｎｅｒｍｏｄｅｌ，ＭＬＭ），因?yàn)榇四Ｐ图骖櫲后w結(jié)構(gòu)和系譜關(guān)系，能顯著降低誤差［３］。目前尚未見到豇豆研究應(yīng)用關(guān)聯(lián)分析的報(bào)道，但是豇豆資源的亞群中存在一定的遺傳結(jié)構(gòu)和較高的連鎖不平衡（ＬＤ）水平［４］。理論上位點(diǎn)之間連鎖越緊密，ＬＤ水平則越高，而ＬＤ較高的物種或群體應(yīng)用較少的標(biāo)記即可實(shí)現(xiàn)全基因組掃描。此外，自花授粉的物種，在經(jīng)歷了瓶頸效應(yīng)和強(qiáng)烈的人工選擇后，群體中僅包含所有群體中少
8、部分的等位基因，這更適宜于全基因組關(guān)聯(lián)分析的應(yīng)用［５］。豇豆是典型的自花授粉植物，基因組較?。s５８７Ｍｂ）［６］，群體內(nèi)的ＬＤ水平較高。因此，全基因組掃描的關(guān)聯(lián)分析可以應(yīng)用在豇豆研究中。多態(tài)性ＤＮＡ分子標(biāo)記是開展全基因組關(guān)聯(lián)分析的前提。與ＲＡＤＰ、ＡＦＬＰ、ＩＳＳＲ等分子標(biāo)記相比較，簡(jiǎn)單重復(fù)序列（Ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔ，ＳＳＲ）分子標(biāo)記由于在基因組上分布廣、經(jīng)濟(jì)方便、多態(tài)性高、重復(fù)性好、易于基因分型等優(yōu)點(diǎn)，在植物中的應(yīng)用備受青睞。在豇豆的ＤＮＡ分子標(biāo)記研究中，國(guó)內(nèi)外的研究者陸
