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《基于指紋相似度的藥物靶點(diǎn)相互作用預(yù)測(cè)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在應(yīng)用文檔-天天文庫。
1、為了確?！敖虒W(xué)點(diǎn)數(shù)字教育資源全覆蓋”項(xiàng)目設(shè)備正常使用，我校做到安裝、教師培訓(xùn)同步進(jìn)行。設(shè)備安裝到位后，中心校組織各學(xué)點(diǎn)管理人員統(tǒng)一到縣教師進(jìn)修學(xué)校進(jìn)行培訓(xùn)，熟悉系統(tǒng)的使用和維護(hù)?；谥讣y相似度的藥物靶點(diǎn)相互作用預(yù)測(cè)[摘要]藥物通過結(jié)合人體靶點(diǎn)發(fā)揮藥效，識(shí)別藥物靶點(diǎn)相互作用?τ諞┪鐨鹿δ芊⑾種涼刂匾?。該文提出基于分子子結(jié)構(gòu)的靶點(diǎn)指紋特征和基于指紋相似度的藥物靶點(diǎn)特征計(jì)算方法，構(gòu)建隨機(jī)森林分類模型識(shí)別和預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn)相互作用，通過酶、離子通道、G蛋白偶聯(lián)受體和核受體數(shù)據(jù)集測(cè)試并與現(xiàn)有方法對(duì)比分析，并將所提模型應(yīng)用于中藥成分靶點(diǎn)相互作用預(yù)測(cè)，實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明所提方法的有
2、效性。[關(guān)鍵詞]藥物靶點(diǎn)相互作用；分子指紋；隨機(jī)森林PredictionofdrugtargetinteractionbasedonfingerprintsimilarityYUYayun1，LIUYongguo1，JIANGYu1，LILimin2[Abstract]Drugsplaythepharmacologicaleffectsbycombiningwithtargetproteins.Identificationofdrugtargetinteractionsisimportantfordiscoveringnewfunctionsofdrugs.I
3、nthispaper，thetargetfingerprintsbasedonmolecularsubstructureandthedrugtargetsimilaritybasedonfingerprintsareproposedtoarandomforestbasedclassificationmethod，inordertoidentifythedrugtargetinteractions.為了充分發(fā)揮“教學(xué)點(diǎn)數(shù)字教育資源全覆蓋”項(xiàng)目設(shè)備的作用，我們不僅把資源運(yùn)用于課堂教學(xué)，還利用系統(tǒng)的特色欄目開展課外活動(dòng)，對(duì)學(xué)生進(jìn)行安全教育、健康教育、反邪教教育等豐富
4、學(xué)生的課余文化生活。為了確?！敖虒W(xué)點(diǎn)數(shù)字教育資源全覆蓋”項(xiàng)目設(shè)備正常使用，我校做到安裝、教師培訓(xùn)同步進(jìn)行。設(shè)備安裝到位后，中心校組織各學(xué)點(diǎn)管理人員統(tǒng)一到縣教師進(jìn)修學(xué)校進(jìn)行培訓(xùn)，熟悉系統(tǒng)的使用和維護(hù)。Experimentsonenzymes，ionchannels，Gproteincoupledreceptorsandnuclearreceptorsprovedtheeffectivenessoftheproposedmethod.Inaddition，theproposedmethodisappliedtopredicttheinteractionsbetwe
5、eningredientsandtargetsoftraditionalChinesemedicines.[Keywords]drugtargetinteraction；molecularfingerprint；randomforest藥物靶點(diǎn)是存在于人體組織細(xì)胞內(nèi)與藥物分子相互作用并賦予藥物效應(yīng)的特定蛋白質(zhì)分子，如受體、酶等[1]。藥物通過與靶點(diǎn)相互作用影響靶點(diǎn)的藥理作用以達(dá)到表型效應(yīng)[23]。識(shí)別藥物靶點(diǎn)相互作用對(duì)于理解藥物的作用機(jī)制至關(guān)重要，而藥物靶點(diǎn)間關(guān)系尚未完全明確[4]。目前，通過生物實(shí)驗(yàn)手段識(shí)別藥物靶點(diǎn)相互作用不僅代價(jià)高而且耗時(shí)長[5]。Mei等
6、認(rèn)為借助計(jì)算機(jī)可快速有效預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn)相互作用，提出BLMNII模型從KEGG數(shù)據(jù)庫識(shí)別藥物D00163，D00506和D05341分別與靶點(diǎn)hsa9971，hsa9970和hsa3174具有相互作用，實(shí)現(xiàn)通過計(jì)算機(jī)技術(shù)在有限時(shí)間內(nèi)大規(guī)模預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn)相互作用，協(xié)助研究人員有效開展生物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證[67]。為了充分發(fā)揮“教學(xué)點(diǎn)數(shù)字教育資源全覆蓋”項(xiàng)目設(shè)備的作用，我們不僅把資源運(yùn)用于課堂教學(xué)，還利用系統(tǒng)的特色欄目開展課外活動(dòng)，對(duì)學(xué)生進(jìn)行安全教育、健康教育、反邪教教育等豐富學(xué)生的課余文化生活。為了確保“教學(xué)點(diǎn)數(shù)字教育資源全覆蓋”項(xiàng)目設(shè)備正常使用，我校做到安裝、教師培訓(xùn)同步
7、進(jìn)行。設(shè)備安裝到位后，中心校組織各學(xué)點(diǎn)管理人員統(tǒng)一到縣教師進(jìn)修學(xué)校進(jìn)行培訓(xùn)，熟悉系統(tǒng)的使用和維護(hù)。近年來，研究人員基于計(jì)算機(jī)技術(shù)從不同角度研究藥物靶點(diǎn)特征，構(gòu)建機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)藥物靶點(diǎn)相互作用[8]。Yamanishi等從KEGGBRITE，BRENDA，SuperTarget和DrugBank數(shù)據(jù)庫搜集藥物靶點(diǎn)相互作用數(shù)據(jù)，根據(jù)靶點(diǎn)類型創(chuàng)建酶、離子通道、G蛋白偶聯(lián)受體和核受體數(shù)據(jù)集，基于化學(xué)結(jié)構(gòu)和基因序列信息采用統(tǒng)計(jì)方法分析藥物靶點(diǎn)相互作用，采用ROC曲線下面積作為評(píng)價(jià)指標(biāo)，4個(gè)數(shù)據(jù)集的AUC值分別為0904，0851，0899，0843[9]。vanLaa
8、rhoven等通過二值矩陣表示藥物靶點(diǎn)
