松墨天牛氣味結合蛋白轉(zhuǎn)錄組測序分析及表達分析

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1、萬方數(shù)據(jù)論文題目：松墨天牛氣味結合蛋白轉(zhuǎn)錄組測序分析及表達分析答辯委員會主席：粱韶輝教授答辯委員會成員：林欣大教授論文答辯日期：王華弟研究員萬方數(shù)據(jù)目錄中文摘要???????????????????????????．1ABSTRACT????????????????????????????????．3前言???????????????????????????????????．6第一部分松墨天牛的轉(zhuǎn)錄組測序????????????????8方法??????????????????????????????????8結果????????????????????????

2、???11討j侖?????????????????????????????????一18第二部分松墨天牛氣味結合蛋白序列，結構分析????????19方法??????????????????????????????????19結果及結論????????????????????????19第三部分松墨天牛氣味結合蛋白基因的表達譜分析???????31材料與方法????????????????????????31結果及分析????????????????????????36討論??????????????????????????????????????．．4l全文小

3、結???????????????????????????42參考文獻(Reference)????????????????????．43綜述????????????????????????????????????47萬方數(shù)據(jù)溫州醫(yī)科大學碩士學位論文中文摘要松墨天牛氣味結合蛋白轉(zhuǎn)錄組測序分析及表達分析昆蟲的嗅覺系統(tǒng)是一套非常精密的化學感受系統(tǒng)，能夠精確地接收外界的化學氣味，進而調(diào)控昆蟲的各類生命活動，在昆蟲的體內(nèi)有蛋白通過與外界氣味物質(zhì)結合，將其傳輸?shù)礁惺芷?，我們稱之為氣味結合蛋白(odorantbindingprotein，OBP)，它在昆蟲嗅覺識別過程中有著舉

4、足輕重的作用。松墨天牛(Monochamusalternatus)是松樹的危害性極高的柱干類害蟲，同時也是松材線蟲病的媒介昆蟲，每年都有大量松樹受其危害，對生態(tài)環(huán)境具有嚴重的威脅。目的：現(xiàn)如今，人們對松墨天牛的認識尚不夠全面，在NCBI登陸的信息量滿足不了對其嗅覺識別機制的研究，因此我們對松墨天牛進行了轉(zhuǎn)錄組測序，并通過生物信息學和分子生物學的方法對篩選出來的氣味結合蛋白進行初步研究，為深入研究松墨天牛化學感受機制，氣味結合蛋白的功能以及開發(fā)新型防治技術奠定了基礎。方法：1．通過轉(zhuǎn)錄組測序，分析松墨天牛的核苷酸和蛋白序列，并從中篩選氣味結合蛋白；2．運用Sing

5、alP分析信號肽，通過ClustalW做保守性分析，用ProteinDateBankPBD和Swiss．Model進行三級結構預測，利用MEGA5．1構建系統(tǒng)發(fā)育樹；3．運用qPCR技術對松墨天牛氣味結合蛋白發(fā)育及組織的表達譜進行檢測與分析。研究結果及結論：1．通過華大基因公司對松墨天牛進行轉(zhuǎn)錄組測序，統(tǒng)計共組裝獲得72223個Contig，35601個Unigene，運用blastx比對蛋白數(shù)據(jù)庫NR，Swiss．Prot，KEGG，COG，對獲得的所有Unigene進行功能注釋．我們從中篩選出33個可靠性高的氣味結合蛋白，根據(jù)保守氨基酸殘基Cys的數(shù)目和它們

6、的相對位置把它們劃分至ClassicOBP屬，Minus．COBP屬，Plus．COBP屬，AtypicalOBP屬以及DimerOBP屬，將它們與松墨天牛已知的氣味結合蛋白進行比對，發(fā)現(xiàn)只有OBPl和OBP2在NCBI上有登錄，蛋白登錄號分別為ABR53888．1和AHA39267．1，剩余的都尚未被收錄，此次測序完善了松墨天牛的轉(zhuǎn)錄組信息，擴展了松墨天牛氣味結合蛋白的數(shù)目。萬方數(shù)據(jù)溫州醫(yī)科大學碩士學位論文2．在轉(zhuǎn)錄組測序的基礎上，將篩選出的33個氣味結合蛋白進行信號肽檢測，發(fā)現(xiàn)大部分的氣味結合蛋白在N末端都存在一段10-25個氨基酸殘基組成的序列，它們指引著

7、氣味結合蛋白在淋巴液中輸送氣味物質(zhì)；通過ClustalW軟件對這些氣味結合蛋白進行比對，發(fā)現(xiàn)至少有4個保守的半胱氨酸存在，運用在線工具ProteinDateBankPBD和Swiss．Model對它們進行3．D結構的模擬預測，半胱氨酸殘基組成的二硫鍵將氣味結合蛋白內(nèi)的Q螺旋連接起來，支撐起了氣味結合蛋白的三級結構，故這些氣味結合蛋白在蛋白三級結構的層次上又具有相似性。將NCBI數(shù)據(jù)庫中己登陸的昆蟲氣味結合蛋白序列同松墨天牛這些氣味結合蛋白序列混編在一起，采用MEGA5．1軟件鄰位相連法(Neighbour．Joining)進行系統(tǒng)進化樹構建，發(fā)現(xiàn)松墨天牛的氣味結

8、合蛋白坐落在系統(tǒng)進化樹的