中華蜜蜂轉(zhuǎn)錄組測序及雌性蜜蜂基因表達(dá)分析

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1、目錄3結(jié)果與分析??????????????????．¨???????????．3131中蜂Dnmt3基因的擴(kuò)增與鑒定3132中蜂Dnmt3基因與其編碼蛋白比較分析3l3,3中蜂Dnmt3基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)344討je??????????????????????????????????36第四章結(jié)論與展望?????????．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．381主要結(jié)論????????????????????????????????382研究展望????????????????????????????????38參考文獻(xiàn)???????????。附件1Unigene代謝通

2、路??????????????????44攻讀碩士期間發(fā)表論文情況?????致謝???????????????????????????53摘要本研究以中華蜜蜂(Apisceranafdw”d)為材料．通過轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)獲得了中華蜜蜂的轉(zhuǎn)錄組信息，并通過數(shù)字基因表達(dá)譜(DigitalGgeneExpressionProfile．DGE)測序分析比較丁中華蜜蜂蜂王和工蜂的基因表達(dá)差異。另外克隆了中華蜜蜂DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶3(DNAmethyltnmsferase3．Dnmt3)基因及分析了其mRNA的表達(dá)。通過轉(zhuǎn)錄組刪序技術(shù)．獲得丁51．581．510條cleanreads對應(yīng)464Gb核苷酸。這

3、些reads組裝成46．999個Unigene，平均長度676bp?；谖鍌€數(shù)據(jù)庫(衄、Swiss—Prot、GO、KEGG和COG)用Blastx進(jìn)行相似性比對(E值<10。)，共有24．630個unigenes被注釋。將獲得的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)作為參考數(shù)據(jù)庫，用DGE方法分析比較中華蜜蜂蜂王和工蜂的基因表達(dá)差異。分別從蜂王和工蜂中獲得5．962．735和5．663．952標(biāo)簽。檢測到414個基因有差異表達(dá)．蜂王與工蜂相比．其中189個是上調(diào)．225個是下調(diào)。我們選擇了10個差異表達(dá)的unigenes，用qRT．PCR驗證了在蜂王和工蜂中的表達(dá)．結(jié)果顯示這些基因的qRT-PCR結(jié)果與DGE數(shù)據(jù)相符臺

4、。采用RT．PCR技術(shù)克隆丁Dnmt3基因：采用熒光定量PCR檢測不同發(fā)育時期工蜂和蜂王頭部的Dnmt3基因mRNA的表達(dá)量。結(jié)果表明：該基因cDNA序列全長2277b口．編碼758個氨基酸殘基．預(yù)測的蛋白分子量為8824kD．等電點為785。經(jīng)氮基酸亭列比對，與西方蜜蜂加打mell；feraDnmt3有99％的同源性。該基因在工蜂和蜂王不同發(fā)育時期均有表達(dá)．1日齡工蜂與7日齡工蜂中沒有顯著差異(P>O05)，30日齡工蜂中的表達(dá)量顯著高于1日齡與7日齡工蜂(代005)：蜂王蛹中的表達(dá)量顯著高于工蜂蛹(尸(o05)：1日齡的蜂王中的表達(dá)量顯著高于1日齡的工蜂(P<005)：產(chǎn)卵工蜂與產(chǎn)卵蜂王中

5、的表達(dá)量沒有差異(P>005)。這表明Dnmt3可能與工蜂勞動分工及蜜蜂卵巢發(fā)育有關(guān)。關(guān)鍵詞：中華蜜蜂：轉(zhuǎn)錄組測序：數(shù)字基因表達(dá)譜測序：Dnmt3：表達(dá)分析AbstractWiththeApisceranaasmaterialslnthisstlJd、『_weobtainedthetlanscriptomelnfommtJonofAceranucerallabyRNA．seqandcomparedgeneexpressiondiffereneebetweenqueensandworkersofAcerdHaeelⅡ"abydigitalgeneexpression(DGEIanalvsisln

6、additon．cDNAcloningandexpressionanalysisofthe』ceganocera”aDNAmethvhransferase3(Dnml3)genewereperformedUsinghigh—thi'oughputilhiminaRNAsequencingweobtained51591．510ele2mreadscorrespondingto464GbtotaJnueleofidesThesereadswereassembledinto46999uniqueswithameanlengthof676bpBasedonsequencesmaritysearchag

7、ainstthefivepubiindatabases州R．Swissport．GOCOG．KEGGlwithacut—offE-valueof10’usingBlastxatotalof24．630unigeneswereannotatedUsingthesetranseriptomedataasreferencesequencesweanalyzedthegeneexpressiondiffe