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《擬穴青蟹微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及應(yīng)用研究》由會員上傳分享,免費在線閱讀,更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文擬穴青蟹微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及應(yīng)用研究姓名:崔海玉申請學(xué)位級別:碩士專業(yè):水生生物學(xué)指導(dǎo)教師:馬凌波20110617上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文擬穴青蟹微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及應(yīng)用研究摘要擬穴青蟹(Scyllaparamamosain)隸屬于甲殼綱(Cmstacea)、十足日(Oecapoda)、短尾亞目(Brachyura)、梭子蟹科(Portunidac)、青蟹屬(Scylla),廣泛分布于印度.西太平洋沿岸水域,在我國主要分布于東南沿海水域。近年來擬穴青蟹養(yǎng)殖規(guī)模不斷擴大,對擬穴青蟹苗種的
2、需求量也越來越大,優(yōu)良品種的選育就顯得尤為重要。遺傳多樣性的高低是由遺傳變異的多少和群體遺傳結(jié)構(gòu)決定的,它與物種的進化潛力和耐受不良環(huán)境的能力息息相關(guān)。因此,研究遺傳多樣性對于物種保護、維持生態(tài)環(huán)境平衡等具有重要的理論意義和應(yīng)用價值。本研究采用5’錨定PCR技術(shù)開發(fā)擬穴青蟹微衛(wèi)星標(biāo)記,根據(jù)自行分離的微衛(wèi)星序列獲得多態(tài)性引物18對,并以中國東南沿海擬穴青蟹11個地理群體和6個家系群體為實驗材料,分別對擬穴青蟹野生群體和家系群體進行遺傳多樣性分析。獲得的實驗結(jié)果如下:1、設(shè)計5’錨定引物3對,以擬穴青蟹基
3、因組DNA為模板進行擴增,然后回收片段大小在250--750bp的片段進行克隆測序。挑取單克隆247個,其中220個克隆包含插入序列,占全部克隆數(shù)的89.07%。覷144個克隆測序,其中共有112條序列在序列兩端或/和中間存在串聯(lián)重復(fù)序列(77.78%)。根據(jù)測得的序列利用PrimerPremier5.0軟件設(shè)計引物90對,其中18對引物的擴增產(chǎn)物經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳分離后條帶清晰可見,且表現(xiàn)出多態(tài)性。18個微衛(wèi)星位點的觀測等位基因數(shù)Ⅳa在≯9之間,平均每個位點6.9個,有效等位基因數(shù)Ⅳe在1.7~7
4、.3之間,平均每個位點4.3個;等位基因大小在166--316bp之間。觀測雜合度Ho和期望雜合度HE分別在0.33~0.92和0.42~0.86之間,多態(tài)信息含量PIC在0.39-0.88之間;經(jīng)Bonferroni校正后,有3個位點(Scypal3、Scypal4和Scypal5)顯著偏離哈迪·溫伯格平衡(P<0.0028),這可能是由于群體數(shù)量有限或者無效等位基因的存在造成的。經(jīng)MICRO.CHECKER軟件計算,位點Scypal3、Scypal4和Scypal5的無效等位基因頻率分別為0.24
5、、0.15和0.15;位點之間不存在連鎖不平衡。這一結(jié)果表明,18個標(biāo)記均具有較高的多態(tài)信息含量,用于分析擬穴青蟹群體遺傳多樣性研究具有一定的可靠性和可信性。上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文2、利用9對微衛(wèi)星引物對我國東南沿海擬穴青蟹11個地理群體397個個體進行了遺傳多樣性分析,9個位點在11個群體共檢測至lJl04個等位基因,平均每個位點有11.6個等位基因,其中位點Scypal的Ⅳa最少(6個),位點Scypa8和Scpa03最多(16個);Ⅳe在2.5~11.8之間,平均每個位點5.3個;各個群體的平
6、均凰和魄分別在o.62~O.771和o.66--0.76之間。對11個群體的分子方差分析(AMOVA)結(jié)果顯示,群體間的遺傳分化系麴=0.0138,即總的遺傳變異中有1.38%的變異來自群體間,98.62%的變異來自群體內(nèi)。根據(jù)遺傳距離采用UPGMA法對11個群體進行聚類分析,深圳群體和漳州群體間的遺傳距離最小(O.0121),先聚合在一起,三門群體與其它群體間的遺傳距離較大??偟膩碚f,各個群體均具有較高的遺傳多樣性,且平均雜合度呈現(xiàn)出自南向北逐漸降低的趨勢,而群體間的遺傳分化程度較低。這一結(jié)果為擬穴
7、青蟹種質(zhì)資源的保護以及人工育種等工作提供了科學(xué)依據(jù)和資料支持。3、利用8個微衛(wèi)星標(biāo)記對擬穴青蟹6個家系共275個個體進行了遺傳多樣性分析,共檢測到50個等位基因,平均每個位點4~8個,其中3個家系各自在1個位點表現(xiàn)為單態(tài),8個位點的PIC、Ho和HE分別在0.40,--0.77、0.33~0.81和0.42~0.80之間。對6個家系的AMOVA分析結(jié)果顯示,家系間的遺傳分化系數(shù)Fsr=0.2057,即總的遺傳變異中有20.57%的變異來自家系間,79.43%的變異來自家系內(nèi)。根據(jù)遺傳距離采用UPGMA
8、法對6個家系進行聚類分析,4號家系和5號家系之間的遺傳距離最小,先聚合在一起,2號家系和6號家系間的遺傳距離最大.總的來說,各個家系的平均雜合度與野生群體接近,但家系間的遺傳分化程度遠(yuǎn)大于野生群體間的分化。這一結(jié)果對擬穴青蟹家系選育具有重要的指導(dǎo)意義,不但了解了種質(zhì)資源情況,也有助于在家系選育過程中避免近交衰退、有效群體減少等不良現(xiàn)象的產(chǎn)生。系關(guān)鍵詞擬穴青蟹,微衛(wèi)星標(biāo)記,5’錨定PCR,遺傳多樣性,野生群體,家上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文Developmen