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《試論dna計算——基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)方法的dna序列性質(zhì)研究》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學術(shù)論文-天天文庫。
1、江南大學碩士學位論文DNA計算——基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)方法的DNA序列性質(zhì)研究姓名：付新申請學位級別：碩士專業(yè)：計算機應(yīng)用技術(shù)指導(dǎo)教師：徐振源20070601摘嚶捅矍生物信息學是21世紀自然科學的核心領(lǐng)域之一，它的研究內(nèi)容是非常豐富的。本文的研究主要包括以下兩個方面：DNA計算和DNA序列性質(zhì)，它們分別涉及到以下內(nèi)容：(1)隨著生物技術(shù)的發(fā)展，DNA計算隨之產(chǎn)生，而DNA自動機是DNA計算研究領(lǐng)域中較新的內(nèi)容。對于不同的用戶，以及不同用戶的不同需求，給定相同實驗的DNA序列作為DNA自動機的輸入，可以得到不
2、同的輸出結(jié)果。DNA自動機當下研究的熱門便是從DNA序列中識別出編碼區(qū)以及非編碼區(qū)序列，本文在DNA自動機的狀念轉(zhuǎn)移機理中引入了兩種較為有效的分割方法：基于熵的分割方法和基于概率的分割方法。在研究過程中，給出了這兩種方法的異同點的同時，運用編程高級語占C++實現(xiàn)了上述兩種算法，并且利用實驗的DNA序列對比了上述兩種方法，得出其實驗值與理論值相一致的結(jié)論；(2)目前對DNA序列性質(zhì)的研究方法多種多樣，復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析的方法便是其中之一。復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析方法的傳統(tǒng)用途是揭示元素與元素之間的緊密關(guān)系，而它的新用途
3、是分析基因以及特定基因的在整條DNA序列中的某種特定作用，也可以對了解基因組進化做出貢獻。利用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的分析方法來解讀DNA序列，DNA編碼區(qū)以及非編碼區(qū)。在傳統(tǒng)眾多方法的基礎(chǔ)上給出了兩種新的構(gòu)造網(wǎng)絡(luò)的方法：基于前綴、后綴法和基于概率法。并利用選取的DNA序列進行實驗，通過描述網(wǎng)絡(luò)的兩大因素：聚類系數(shù)和度分布，很好的驗證了提出的這兩種方法是可行的。關(guān)鍵詞：生物信息學：DNA計算；DNA自動機：DNA序列；DNA序列編碼區(qū)；DNA序列非編碼區(qū)；復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析江南人學艦J學位論衛(wèi)AbstractBioin
4、formaticslsanimportantpartofnaturesciencesinthiscentury．ThecontentISenrichmentatthepresenttime．Thispaperincludestwoaspectsonbioinformatics．TheyareDNAcomputingandapproachingtopropertyofDNAsequence．(1)Withtherapiddevelopmentofbiologicaltechniques,anewdis
5、ciplinenamedDNAcomputinghascomeintobeing．DNAautomatonisanewcontentinresearchareaofDNAcomputing．InputtingthesameexperimentalDNAsequencefortheDNAautomatoncarlachievedifferentoutputtingonestosatisfydifferentdemands．DividingDNAsequencetoCDNAandNCDNAisthepo
6、pularresearchaboutDNAautomaton．ThetheoryofstatestransferaboutDNAautomatoncontainstwoeffectivesegmentationalgorithmsthatarebasedonentropyandprobability．Duringtheprocess，thealgorithmshavebeencarriedoutbyc++，andbeencontrastedbyexperimentation．Theresultsof
7、experimentareconsistentwiththeclassicconclusions．(2)TherearemanykindsofmethodstoinvestigateDNAsequence．Complexnetworktheoryisonepartofit．Thetraditionaluseofcomplexnetworktheoryistorevealthecloserelationshipsamongtheelements．Thenewpurposeistoanalyzethef
8、unctionofgeneandspecificallygeneinthewholeDNAsequence．Italsocontributestorealizethegenomeevolution．DNAsequence，CDNAandNCDNAcanbeanalyzedbyusingcomplexnetworktheoryinthispaper．Basedonsometraditionalmethods，thepapershowstwonewmethodstostu
