黃喉擬水龜種群分化與種質(zhì)資源研究

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1、學(xué)校代碼：10264研究生學(xué)號：D120101002上海海洋大學(xué)博士學(xué)位論文題目：黃喉擬水龜種群分化與種質(zhì)資源研究PopulationDifferentiationandGermplasmresearchof英文題目：Asianyellowpondturtle,Mauremysmutica專業(yè)：水產(chǎn)養(yǎng)殖研究方向：水產(chǎn)種質(zhì)資源與遺傳育種姓名：趙建指導(dǎo)老師：朱新平研究員二O一五年四月十三日I上海海洋大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：我恪守學(xué)術(shù)道德，崇尚嚴(yán)謹(jǐn)學(xué)風(fēng)。所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，

2、獨(dú)立進(jìn)行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)明確注明和引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品及成果的內(nèi)容。論文為本人親自撰寫，我對所寫的內(nèi)容負(fù)責(zé)，并完全意識到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者簽名：日期：年月日上海海洋大學(xué)學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許論文被查閱或借閱。本人授權(quán)上海海洋大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印

3、或掃描等復(fù)制手段保存和匯編本學(xué)位論文。保密□，在年解密后適用本版權(quán)書。本學(xué)位論文屬于不保密□學(xué)位論文作者簽名：指導(dǎo)教師簽名：日期：年月日日期：年月日II上海海洋大學(xué)博士學(xué)位論文答辯委員會成員名單姓名工作單位職稱備注桂建芳中國科學(xué)院水生生物研究所研究員/院士主席中國水產(chǎn)科學(xué)研究院羅建仁研究員委員珠江水產(chǎn)研究所洪一江南昌大學(xué)教授委員胡成鈺南昌大學(xué)教授委員余祥勇廣東海洋大學(xué)水產(chǎn)學(xué)院教授委員中國水產(chǎn)科學(xué)研究院史燕副研究員秘書珠江水產(chǎn)研究所III上海海洋大學(xué)博士學(xué)位論文黃喉擬水龜種群分化與種質(zhì)資源研究摘要黃喉

4、擬水龜是在亞洲曾廣泛分布的龜類動物，而目前處于瀕危狀態(tài)。由于其較高的食用、藥用和觀賞價(jià)值，黃喉擬水龜養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展迅速。然而對其種質(zhì)資源的研究薄弱，其主要種群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)不清晰，且其與近緣種安南龜?shù)姆诸愱P(guān)系一直未能很好的解決。本研究針對黃喉擬水龜種質(zhì)資源研究中的主要問題，從形態(tài)、微衛(wèi)星標(biāo)記、線粒體和核基因的不同水平上對黃喉擬水龜遺傳資源進(jìn)行評估，并安南龜與黃喉擬水龜各種群的遺傳關(guān)系進(jìn)行了探討。1.黃喉擬水龜不同種群的形態(tài)變異分析本研究收集黃喉擬水龜4個不同種群的初孵稚龜，在相同環(huán)境下養(yǎng)殖至30

5、0g左右，進(jìn)行幾何形態(tài)分析。發(fā)現(xiàn)北方種群與臺灣種群相近，南方種群與海南種群相近，而南方龜與北方龜存在較大的差異。臺灣種群與北方種群也存在微弱的差異，并可通過主成分分析和判別分析區(qū)分開，說明臺灣種群與北方種群也存在一定的地理隔離，從而形成了獨(dú)有的種質(zhì)特征。南方種群與海南種群差異較小，多數(shù)指標(biāo)均不能明確分開。本研究還發(fā)現(xiàn)背甲和腹甲的變異程度是不同的，背甲對不同種群的辨別能力更強(qiáng)，而腹甲則較弱。2.黃喉擬水龜不同種群的微衛(wèi)星變異分析利用微衛(wèi)星分子標(biāo)記對黃喉擬水龜4個主要種群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。

6、黃喉擬水龜4個種群的期望雜合度為0.7260到0.7862，遺傳多樣性豐富，其較高的遺傳多樣性為黃喉擬水龜?shù)倪x育提供了豐富的種質(zhì)資源。4個群體間存在顯著的遺傳分化。其中南方群體和海南群體關(guān)系最近，遺傳距離僅0.352，且在散點(diǎn)圖上有一定重疊，而與北方種群和臺灣種群距離較遠(yuǎn)，北方種群和臺灣種群雖然關(guān)系較近，但能夠完全分開，說明遺傳分化較大。進(jìn)化樹表明南方種群和海南種群形成一支，而北方種群和臺灣種群形成另一支，與地理分布一致。3.利用線粒體和核基因探討黃喉擬水龜不同種群與安南龜?shù)倪M(jìn)化關(guān)系測定黃喉擬水龜4

7、個種群和安南龜?shù)?個線粒體基因序列和2個核基因序列，并進(jìn)行進(jìn)化分析。發(fā)現(xiàn)線粒體基因的進(jìn)化速率較快，而核基因進(jìn)化速度則慢的多，IV上海海洋大學(xué)博士學(xué)位論文證明線粒體基因組是獨(dú)立于核基因組之外獨(dú)自進(jìn)化的，而龜類線粒體的進(jìn)化速率慢于其他脊椎動物。黃喉擬水龜?shù)腄NA條形碼基因COI序列種群間的遺傳差異為5.3-6.7%，安南龜與黃喉擬水龜南方種群和海南種群差異小，說明安南龜與黃喉擬水龜南方種群屬同一母系來源。海南種群與南方種群未發(fā)現(xiàn)明顯進(jìn)化分支，為同一類群，但北方種群與臺灣種群存在較明顯分化，兩個種群形成各

8、自一支，說明臺灣種群與大陸的北方種群隔離時間較長。這與其形態(tài)和個體大小方面的差異是一致的。在進(jìn)行物種保護(hù)時應(yīng)予以特別關(guān)注，臺灣種群應(yīng)作為單獨(dú)的保護(hù)單元開展保護(hù)。基于核基因R35和RAG1研究安南龜與黃喉擬水龜?shù)倪z傳關(guān)系，得出不同的結(jié)果，其中R35基因與線粒體分析結(jié)果相反，而RAG1基因則支持線粒體基因的分析結(jié)果，這說明使用單一基因?qū)M(jìn)化關(guān)系的界定有其局限性。核基因組相對線粒體基因組大得多，所以需要對核基因進(jìn)行更多的研究，才能得出相對準(zhǔn)確的結(jié)果。4.黃喉擬水龜各種群及安