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《基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的鮸魚分子標(biāo)記篩選及基因差異表達(dá)分析》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、碩士學(xué)位論文內(nèi)封1：浙江海洋學(xué)院碩士學(xué)位論文基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的鮸魚分子標(biāo)記篩選及基因差異表達(dá)分析作者姓名：車榮波指導(dǎo)教師：徐田軍學(xué)位類別：理學(xué)碩士學(xué)科專業(yè)：海洋生物學(xué)學(xué)位授予單位：浙江海洋學(xué)院論文答辯日期：2015年6月10日碩士學(xué)位論文內(nèi)封2：ADissertationforMaster’sDegreeSubmittedtoZhejiangOceanUniversityDevelopmentofmoleculemarkersandgenedifferentialexpressionanalysisofMiichthysmiiu
2、ybasedontranscriptomesequencingdataCandidate：CheRongboSupervisor：XuTianjunSpeciality：MarineBiologyDateOfSubmission：April2015摘要摘要鮸魚，屬于石首魚科，是漁業(yè)和水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)中一種重要的海洋經(jīng)濟(jì)魚類。目前由于病原菌和寄生蟲引起的疾病使鮸魚的大規(guī)模養(yǎng)殖受到限制，大大降低了鮸魚的產(chǎn)量和經(jīng)濟(jì)價值。鮸魚轉(zhuǎn)錄組和基因組信息的缺乏限制了研究人員對鮸魚的發(fā)病機(jī)制和免疫系統(tǒng)的研究。本文中，我們首先構(gòu)建了健康鮸魚的肝臟、脾臟和
3、腎臟的cDNA文庫并使用Illumina公司雙末端測序方法測序，用于鮸魚功能基因的發(fā)掘和分子標(biāo)記的開發(fā)。為了了解鮸魚感染哈維氏弧菌后的免疫機(jī)制和獲得大量高表達(dá)的免疫基因，我們分別對健康的鮸魚脾臟(Ctrl)和感染哈維氏弧菌的鮸魚脾臟(Vha)進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序。在本研究中，通過兩次鮸魚轉(zhuǎn)錄組測序分析，我們獲得的主要結(jié)論如下：1.我們利用IlluminaHiSeq2000高通量技術(shù)平臺對鮸魚肝臟、脾臟和腎臟進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。通過篩選掉低質(zhì)量的rawreads我們共獲得了25,760,602條cleanreads，組裝得到69,071
4、條unigenes。采用BLAST相似性比對方法把這些序列比對NT,NR,Swiss-Prot和KEGG數(shù)據(jù)庫，共有45,676條unigenes得到了注釋。有8,423個unigenes獲得了GO注釋并分類到51個功能類別中，有21,662個unigenes被歸納到COG的25個功能分類，共有23,927條獲得了KEGG注釋，共參與123條代謝通路中。根據(jù)這些注釋，我們篩選得到了498個免疫相關(guān)基因，并根據(jù)功能分成了14類。2.經(jīng)過篩選，我們在11,251條unigenes中共獲得了14,885條SSR位點(diǎn)，其中雙堿基重復(fù)類
5、型最多。從設(shè)計(jì)的87對引物中共篩選出58對微衛(wèi)星引物，其中25條為多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記。這些位點(diǎn)的等位基因數(shù)為2-9，平均等位基因數(shù)為3.88。觀測雜合度(Ho)為0.100-1.00，平均值為0.433；期望雜合度(He)為0.095-0.784，平均值為0.489。PIC值為0.005-0.991，平均PIC值為0.49。另外，我們還檢索到了8,510個預(yù)測的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)，其中包括6,182個轉(zhuǎn)換和2,328個顛換。3.通過對鮸魚感染哈維氏弧菌前后脾臟的轉(zhuǎn)錄組測序，我們分別獲得50,339,252條reads和50,66
6、1,542條reads。通過與基因組比對篩選后，共得到37,410,818條cleanreads，組裝得到78,176條unigenes，并進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。4.通過對這兩組樣本進(jìn)行表達(dá)定量分析，共有41,845個基因在Ctrl樣品中表達(dá)，有41,989個基因在Vha樣品中表達(dá)。共獲得1,350個顯著性差異表達(dá)的基因，其中上調(diào)的有782個，下調(diào)的有568個，并進(jìn)行了差異表達(dá)基因的GO功能富集分析和I基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的鮸魚分子標(biāo)記篩選及基因差異表達(dá)分析KEGG信號通路富集分析。5.依據(jù)差異表達(dá)基因的GO富集分析和KEGG信號通
7、路富集分析，篩選獲得大量的免疫相關(guān)基因及其在哈維氏弧菌感染后的調(diào)控機(jī)制。如免疫球蛋白IgM、IgD和IgA，趨化因子及受體CCL19、CCL21、CCL25、CXCR3和CXCR7，以及補(bǔ)體C1Q、C3、C6和C7等。本文是第一次對鮸魚轉(zhuǎn)錄組的研究，該數(shù)據(jù)為獲得那些參與因病原菌和疾病引起免疫反應(yīng)的新基因提供了大量的資源，基因差異表達(dá)分析將有助于我們理解鮸魚抗細(xì)菌的免疫反應(yīng)機(jī)制。此外，在本研究中開發(fā)的成千上萬的潛在SSR和SNP標(biāo)記對將來鮸魚分子標(biāo)記輔助育種來說將是重要的資源。關(guān)鍵詞：鮸魚；轉(zhuǎn)錄組；免疫基因；分子標(biāo)記；差異表達(dá)基
8、因IIABSTRACTABSTRACTThemiiuycroaker(Miichthysmiiuy)whichbelongstofamilySciaenidae,isanimportantspeciesofmarinefishthatsupportscapturefisher
