資源描述：
《DNAMAN中文使用說明》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在教育資源-天天文庫。
1、DNAMAN中文使用說明好不容易找到了一個中文說明，希望可以幫助初學(xué)使用DNAMAN的朋友，更快的進入狀態(tài)，當(dāng)然現(xiàn)在網(wǎng)上也有漢化版的軟件了，但是這個說明還是可以起到很好的幫助作用，與大家分享！DNAMAN是一種常用的核酸序列分析軟件。由于它功能強大，使用方便，已成為一種普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN5.2.9Demoversion為例，簡單介紹其使用方法。打開DNAMAN，可以看到如下界面：第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有十個常用主菜單，第二欄為工具欄：第三欄為瀏覽器欄：在瀏覽器欄下方的工作區(qū)左側(cè)，可見Cha
2、nnel工具條，DNAMAN提供20個Channel，(如左所示：)點擊Channel工具條上相應(yīng)的數(shù)字，即可擊活相應(yīng)的Channel。每個Channel可以裝入一個序列。將要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以節(jié)約存取序列時間，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自動載入功能，用戶只需激活某個Channel，然后打開一個序列文件，則打開的序列自動載入被激活的Channel中。本文以具體使用DNAMAN的過程為例來說明如何使用DNAMAN分析序列。1．將待分析序列裝入Channel（１）通過FileOpen
3、命令打開待分析序列文件，則打開的序列自動裝入默認(rèn)Channel。（初始為channel1）可以通過激活不同的channel(例如：channel5)來改變序列裝入的Channel。（２）通過Sequence/LoadSequence菜單的子菜單打開文件或?qū)⑦x定的部分序列裝入Channel。通過Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打開一個對話框，通過此對話框可以設(shè)定序列的性質(zhì)（DNA或蛋白質(zhì)），名稱，要分析的片段等參數(shù)。2．以不同形式顯示序列通過Sequence//Display
4、Sequence命令打開對話框，如下圖所示：根據(jù)不同的需要，可以選擇顯示不同的序列轉(zhuǎn)換形式。對話框選項說明如下：Sequence&Composition顯示序列和成分ReverseComplementSequence顯示待分析序列的反向互補序列ReverseSequence顯示待分析序列的反向序列ComplementSequence顯示待分析序列的互補序列DoubleStrandedSequence顯示待分析序列的雙鏈序列RNASequence顯示待分析序列的對應(yīng)RNA序列3．DNA序列的限制性酶切位點分析將待分析的序列裝入Cha
5、nnel，點擊要分析的Channel，然后通過Restriction/Analysis命令打開對話框，如下所示：參數(shù)說明如下：Results分析結(jié)果顯示其中包括：Showsummary（顯示概要）Showsitesonsequence（在結(jié)果中顯示酶切位點）Drawrestrictionmap（顯示限制性酶切圖）Drawrestrictionpattern（顯示限制性酶切模式圖）Ignoreenzymeswithmorethan（忽略大于某設(shè)定值的酶切位點）Ignoreenzymeswithlessthan（忽略小于某設(shè)定值的酶切
6、位點）TargetDNA（目標(biāo)DNA特性）circular（環(huán)型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）allDNAinSequenceChannel（選擇此項，在SequenceChannel中的所有序列將被分析，如果選擇了Drawrestrictionpattern，那么當(dāng)所有的channel中共有兩條DNA時，則只能選擇兩個酶分析，如果共有三個以上DNA時，則只能用一個酶分析。選擇所需的項目，然后按提示操作點擊按扭，出現(xiàn)下列對話框：參數(shù)說明如下：Enzyme代表（enzymedatafile），
7、點擊旁邊的下拉按鈕，出現(xiàn)兩個默認(rèn)選項，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加過自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict.enz數(shù)據(jù)文件包含180種限制酶，dnamane.enz數(shù)據(jù)文件包含2524種限制酶。選擇其中一個數(shù)據(jù)文件，相應(yīng)的酶在左邊的顯示框中列出（按酶名稱字母表順序），鼠標(biāo)雙擊酶名稱，則對應(yīng)的酶被選中，在右邊空白框中列出。要自制酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶（例如puc18multiplecloningsites），然后點擊按鈕出現(xiàn)下列對話框：輸入要保存酶列表的文
8、件名，點擊按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位點。Cutter酶切識別序列長度；End酶切產(chǎn)生的末端，其中包括，Blunt（平頭末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系統(tǒng)根據(jù)cutt
