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《ntsys中文使用說(shuō)明》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫(kù)。
1、NTSYS-PC使用說(shuō)明具體的討論見(jiàn)http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=2179742&sty=1&tpg=1&age=0???????NTSYS是一個(gè)聚類分析的軟件，可以用來(lái)分析RFLP，RAPD等電泳帶型，也可用于微生物群落多樣性的相似性分析。下面簡(jiǎn)單介紹一下其用法：?1.先建立一個(gè)0，1構(gòu)成的矩陣：在excel中，按如下規(guī)則輸入數(shù)據(jù)，A1=1表示有帶記為1，B1=9表示RFLP有9個(gè)帶型，C1=35表示樣本數(shù)，D1=0表示無(wú)帶記為0。第二行表示的是樣本名稱。從第三行開(kāi)始的A列表示帶型名稱。見(jiàn)下圖：2.打開(kāi)NTSYS-PC程序
2、，點(diǎn)擊similarity出現(xiàn)如下界面：?再點(diǎn)擊Qualitativedata，出現(xiàn)如下界面：?點(diǎn)擊inputfile，打開(kāi)剛才生成的excel矩陣文件，點(diǎn)擊outfile起一個(gè)文件名（假設(shè)叫111），然后點(diǎn)擊compute按鈕。文件111是一個(gè)相似度表。?3.繼續(xù)點(diǎn)擊clustering，出現(xiàn)如下界面：??再點(diǎn)SHAN，出現(xiàn)如下界面：?點(diǎn)擊inputfile，打開(kāi)文件剛才保存的文件111，點(diǎn)擊outfile起一個(gè)文件名（假設(shè)叫222），把Incaseofties改為Find，然后點(diǎn)擊compute按鈕。計(jì)算完成！4.然后點(diǎn)Graphics,再點(diǎn)treeplot，出現(xiàn)下面的界面
3、：?點(diǎn)擊inputfile，打開(kāi)文件222，然后點(diǎn)擊compute按鈕，就會(huì)出現(xiàn)聚類圖。??????OK了！NTSYS-pcsoftwareprocedures?SetupExcelspreadsheet1strowatA1=1(typeofspreadsheet),B1=#rows,C1=#columns,D1=symbolformissings2ndrowshouldcontaincolumnlabelsoremptyMatrixshouldbeginonB3(noterow2isemptyasiscolumn1)SavespreadsheetasanxlsfileClos
4、eexcel.?MakingNTSYSmatrixClickonNteditFile/import/OLEfileSelectexcelspreadsheet(matrixshouldimport)CheckmatrixtomakesureitisinrightorientationClickCollabbuttonandinsertcolumnlabelsDothesameforrowlabelsifyouwantSavefileaswhateveryouwantbutshouldhaveaspreadsheet.ntsextension.Analysis(notemustk
5、eepallwindowsopentoproceedtonextstep)OpenNTSYS-pcprogramClicksimilaritythensimqualbuttonsInputfileclickonopenspacetobrowse,selectspreadsheet.ntsfilejustcreatedDon’tcheckbyrowsInsertsmincoefficientforsimilaritymatchingClickoutputfileasatextfilesimqual.ntsPositivecode=1.00Negativecode=0.00Then
6、computePrintoutreportfile/notebook/print/ok.?GobacktoNTSYS-pcscreenCheckclusteringthenSAHNInputfilewillbethesimqual.ntsfileaboveOutputfilewillbeSAHN.NTSClusteringmethod=UPMGAIncaseoftie=WARNMaximum#oftiedtrees=2Tietolerance=0.000000000Beta=0.000000000Compute.?MaketreeplotGotographicsinNTSYS-
7、pcprogramwindowClicktreeplot,plotshouldcomeinviewFile/savefile.emf?TomakesimilaritymatrixGotoNTSYS-pcwindowClickgeneralthenDcenterInputfile=simqual.ntsResultmatrix=matrix.ntsCompute.?OrdinationOpenNTSYS-pcwindowClickordinationClickeigenInputmatrix=
